| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-13页 |
| 本文所用主要缩略词 | 第13-15页 |
| 第一部分 文献综述 | 第15-65页 |
| 第一章 棉花分子标记定位研究进展 | 第15-29页 |
| 1 棉花的种类和基因型 | 第15-16页 |
| 2 遗传图谱的DNA分子标记技术 | 第16-21页 |
| 3 遗传连锁图谱的作图群体 | 第21页 |
| 4 棉花分子遗传图谱研究进展 | 第21-23页 |
| 5 植物QTL定位的方法 | 第23-24页 |
| 6 棉花QTL作图研究进展 | 第24-29页 |
| 第二章 棉花纤维发育转录组研究进展 | 第29-51页 |
| 1 棉花纤维细胞发育概述 | 第29-30页 |
| 2 EST数据库 | 第30-31页 |
| 3 转录组学的主要分析方法 | 第31-34页 |
| ·基于杂交的表达谱分析手段 | 第32-33页 |
| ·基于测序的表达谱分析手段 | 第33-34页 |
| 4 棉花纤维发育转录组学研究进展 | 第34-36页 |
| ·微阵列技术在棉纤维上的应用 | 第34-36页 |
| ·第二代测序技术在棉纤维上的应用 | 第36页 |
| 5 棉花纤维发育相关基因 | 第36-48页 |
| ·棉花纤维起始发育相关基因 | 第38-40页 |
| ·棉花纤维伸长发育相关基因 | 第40-47页 |
| ·棉花纤维次生壁加厚相关基因 | 第47-48页 |
| 6 棉花转录组学未来的研究方向 | 第48-51页 |
| 第三章 植物遗传基因组学研究进展 | 第51-63页 |
| 1 遗传基因组学概述 | 第51页 |
| 2 eQTL研究方法 | 第51-52页 |
| 3 植物eQTL研究进展 | 第52-60页 |
| ·基因表达的调控热点/主调控子 | 第54-55页 |
| ·顺式作用eQTL和反式作用eQTL | 第55-56页 |
| ·筛选候选基因 | 第56-59页 |
| ·筛选基因调控网络 | 第59-60页 |
| 4 eQTL研究的展望 | 第60-63页 |
| 本研究目的与意义 | 第63-65页 |
| 第二部分研究报告 | 第65-135页 |
| 第四章 海岛棉和陆地棉分子标记的开发及纤维品质性状QTL定位 | 第65-93页 |
| 1 材料与方法 | 第65-75页 |
| ·供试材料 | 第65页 |
| ·棉花DNA的提取 | 第65-67页 |
| ·AFLP方法 | 第67-70页 |
| ·SAMPL和SABPL方法 | 第70-71页 |
| ·REMAP标记的方法 | 第71-73页 |
| ·发掘EST标记的方法 | 第73-74页 |
| ·PCR产物检测 | 第74页 |
| ·琼脂糖电泳检测 | 第74页 |
| ·PAGE/银染检测 | 第74页 |
| ·遗传连锁分析 | 第74页 |
| ·表型性状调查纤维品质性状测定 | 第74-75页 |
| ·数量性状位点作图 | 第75页 |
| 2 结果与分析 | 第75-89页 |
| ·海岛棉Hai7124和陆地棉TM-1的表型 | 第75-76页 |
| ·多态引物分析结果 | 第76-81页 |
| ·遗传连锁图的加密 | 第81-83页 |
| ·海岛棉和陆地棉回交群体纤维品质QTL的定位 | 第83-89页 |
| ·亲本和分离群体的数量性状表现 | 第83-84页 |
| ·纤维品质QTL的定位与分析 | 第84-89页 |
| 3 讨论 | 第89-93页 |
| ·遗传图谱的加密 | 第89-90页 |
| ·纤维品质QTL定位分析 | 第90-93页 |
| 第五章 陆地棉纤维发育不同时期特异基因表达谱分析 | 第93-107页 |
| 1 材料与方法 | 第93-96页 |
| ·植物材料 | 第93页 |
| ·RNA提取和纯化 | 第93页 |
| ·RNA样品标记探针 | 第93-94页 |
| ·cDNA芯片杂交 | 第94页 |
| ·芯片扫描 | 第94页 |
| ·统计分析 | 第94-95页 |
| ·聚类分析和功能注释 | 第95页 |
| ·定量PCR分析 | 第95-96页 |
| 2 结果与分析 | 第96-103页 |
| ·陆地棉纤维发育不同时期转录组分析 | 第96-97页 |
| ·陆地棉纤维发育不同时期特异表达基因 | 第97-102页 |
| ·陆地棉纤维发育不同时期特异表达基因定量验证 | 第102-103页 |
| 3 讨论 | 第103-107页 |
| 第六章 海岛棉和陆地棉纤维分化的遗传基因组学研究 | 第107-135页 |
| 1 材料与方法 | 第107-110页 |
| ·试验材料 | 第107页 |
| ·纤维长度测量 | 第107页 |
| ·RNA提取和纯化 | 第107-108页 |
| ·RNA样品标记探针 | 第108页 |
| ·cDNA芯片杂交 | 第108页 |
| ·芯片扫描 | 第108页 |
| ·统计分析 | 第108页 |
| ·连锁分析 | 第108-109页 |
| ·定量分析 | 第109-110页 |
| ·分子定位 | 第110页 |
| 2 结果与分析 | 第110-128页 |
| ·海岛棉Hai7124和陆地棉TM-1的纤维发育 | 第110-111页 |
| ·海岛棉和陆地棉种间和时期表达分析 | 第111-116页 |
| ·表达谱全基因组连锁分析 | 第116-117页 |
| ·eQTL热点 | 第117-120页 |
| ·整合纤维品质QTL和基因表达QTL | 第120-124页 |
| ·主要差异基因的时期表达谱 | 第124-126页 |
| ·主要候选差异基因的定量验证 | 第126-128页 |
| 3 讨论 | 第128-135页 |
| ·棉花微阵列芯片在差异基因表达方面的应用 | 第128-129页 |
| ·海岛棉纤维品质优异的分子机制 | 第129-135页 |
| ·海岛棉持续伸长的分子基础 | 第129-131页 |
| ·陆地棉过早停止伸长的分子基础 | 第131-135页 |
| 全文结论 | 第135-137页 |
| 参考文献 | 第137-163页 |
| 发表论文 | 第163-165页 |
| 致谢 | 第165页 |