基于流处理器的分子动力学模拟的优化方法研究
| 摘要 | 第1-4页 |
| Abstract | 第4-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-14页 |
| ·研究背景与意义 | 第8-11页 |
| ·国内外研究现状与发展趋势 | 第11页 |
| ·本文研究内容与组织结构 | 第11-14页 |
| ·研究内容 | 第11-12页 |
| ·本文组织结构 | 第12-14页 |
| 第二章 CUDA介绍 | 第14-26页 |
| ·GPU通用计算概述 | 第14-15页 |
| ·CUDA介绍 | 第15-23页 |
| ·CUDA编程模型 | 第16-19页 |
| ·CUDA软件体系 | 第19-21页 |
| ·CUDA存储器模型 | 第21-23页 |
| ·CUDA程序优化相关 | 第23页 |
| ·小结 | 第23-26页 |
| 第三章 分子动力学模拟原理与计算过程分析 | 第26-36页 |
| ·分子动力学模拟简介 | 第26页 |
| ·模拟基本原理 | 第26-27页 |
| ·相关概念 | 第27-29页 |
| ·模拟步骤 | 第29页 |
| ·计算过程分析 | 第29-35页 |
| ·速度与坐标初始化 | 第29-31页 |
| ·作用力的计算 | 第31-32页 |
| ·运动方程积分 | 第32-34页 |
| ·趋于平衡判断 | 第34-35页 |
| ·小结 | 第35-36页 |
| 第四章 系统优化方法设计 | 第36-46页 |
| ·系统总体设计 | 第36页 |
| ·程序的并行化 | 第36-39页 |
| ·全局存储器访问优化 | 第39-41页 |
| ·共享存储器访问优化 | 第41-44页 |
| ·小结 | 第44-46页 |
| 第五章 分子动力学的CUDA实现及优化 | 第46-62页 |
| ·分子动力学的CUDA实现 | 第46-51页 |
| ·作用力的计算实现 | 第46-47页 |
| ·运动方程求解实现 | 第47-48页 |
| ·趋于平衡实现 | 第48-49页 |
| ·结果及分析 | 第49-51页 |
| ·分子动力学的CUDA优化 | 第51-61页 |
| ·作用力的计算优化 | 第51-56页 |
| ·运动方程求解优化实现 | 第56-58页 |
| ·趋于平衡判断优化实现 | 第58页 |
| ·结果及分析 | 第58-61页 |
| ·小结 | 第61-62页 |
| 第六章 总结 | 第62-64页 |
| ·本文工作总结 | 第62-63页 |
| ·下一步工作展望 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-70页 |
| 附录 (攻读硕士期间取得的研究成果) | 第70页 |
