| 摘要 | 第1-6页 |
| ABSTRACT | 第6-12页 |
| 第一章 引言 | 第12-34页 |
| ·酸性矿坑水的来源及化学性质 | 第12-14页 |
| ·酸性矿坑水的来源及化学性质 | 第12-13页 |
| ·硫化矿物的溶解 | 第13-14页 |
| ·酸性浸矿水中微生物的多样性 | 第14-23页 |
| ·细菌和古菌 | 第14-15页 |
| ·真核生物 | 第15-16页 |
| ·AMD环境中嗜酸性微生物的一般特征 | 第16-17页 |
| ·酸性矿坑水中嗜酸性微生物的代谢途径 | 第17-20页 |
| ·酸性矿坑水中嗜酸性微生物的金属耐受性能及抗性 | 第20-21页 |
| ·酸性矿坑水中嗜酸性微生物的丰度,群落结构以及与物理、化学特征的关系 | 第21-23页 |
| ·环境微生物多样性的基因组学分析方法 | 第23-34页 |
| ·基因的选择 | 第23-24页 |
| ·微生物多样性分析常用的基因组学方法及其优缺点 | 第24-27页 |
| ·基因芯片技术及其在环境微生物研究中的应用 | 第27-34页 |
| 第二章 德兴铜矿酸性浸矿水中微生物群落的多样性及群落结构变化 | 第34-50页 |
| ·材料与方法 | 第35-38页 |
| ·采样点描述及样品收集 | 第35-36页 |
| ·地理化学参数分析 | 第36页 |
| ·群落基因组DNA的抽提、纯化以及16S rRNA基因的扩增和克隆 | 第36-37页 |
| ·序列测定及系统发育分析 | 第37页 |
| ·数据统计及分析 | 第37-38页 |
| ·核苷酸序列登记号 | 第38页 |
| ·结果 | 第38-45页 |
| ·样品的地理化学特征 | 第38-40页 |
| ·RFLP分析 | 第40页 |
| ·系统发育分析 | 第40-44页 |
| ·微生物群落,地理距离和环境变量 | 第44-45页 |
| ·讨论 | 第45-49页 |
| ·小结 | 第49-50页 |
| 第三章 16S RRNA和GYRB基因在分析微生物群落结构上的比较 | 第50-63页 |
| ·材料与方法 | 第51-53页 |
| ·样品描述和样品收集 | 第51页 |
| ·A.ferrooxidans的培养 | 第51页 |
| ·DNA抽提与纯化 | 第51页 |
| ·16S rDNA和gyrB基因的PCR扩增 | 第51-52页 |
| ·16S rRNA和gyrB基因的克隆和限制型酶切 | 第52页 |
| ·DNA测序和系统发育分析 | 第52页 |
| ·数据分析 | 第52-53页 |
| ·核苷酸序列登记号 | 第53页 |
| ·结果 | 第53-59页 |
| ·16S rDNA and gyrB基因克隆文库的RFLP分析 | 第53-54页 |
| ·微生物群落的系统发育分析 | 第54-59页 |
| ·Acidithiobacillus ferrooxidans菌株的系统发育分析 | 第59页 |
| ·讨论 | 第59-61页 |
| ·小结 | 第61-63页 |
| 第四章 利用16S RRNA和GYRB基因分析德兴铜矿酸性浸矿水中微生物群落结构研究 | 第63-75页 |
| ·材料与方法 | 第64-66页 |
| ·样点描述及样品采集 | 第64页 |
| ·水样的化学分析 | 第64页 |
| ·DNA抽提及纯化 | 第64页 |
| ·16S rRNA和gyrB基因的PCR扩增及纯化 | 第64页 |
| ·16S rRNA和gyrB基因的克隆及限制性酶切 | 第64页 |
| ·序列测定和系统发育分析 | 第64-65页 |
| ·统计方法 | 第65-66页 |
| ·核苷酸序列登记号 | 第66页 |
| ·结果 | 第66-69页 |
| ·样点的地理化学变量 | 第66页 |
| ·16S rRNA和gyrB基因克隆文库的RFLP分析 | 第66-67页 |
| ·主成分分析(PCA) | 第67-68页 |
| ·系统发育分析 | 第68-69页 |
| ·讨论 | 第69-74页 |
| ·小结 | 第74-75页 |
| 第五章 用于酸性矿浸水及生物浸出体系中微生物群落及功能分析的50MER寡核苷酸芯片的构建与评估 | 第75-87页 |
| ·材料与方法 | 第76-79页 |
| ·细菌及环境样品DNA的抽提和纯化 | 第76-77页 |
| ·16S rRNA,iro,cbbQ,gyrB和pufM基因的PCR扩增和纯化 | 第77页 |
| ·芯片设计和构建 | 第77-78页 |
| ·DNA的荧光标记 | 第78页 |
| ·芯片杂交 | 第78-79页 |
| ·图像处理和数据分析 | 第79页 |
| ·结果 | 第79-84页 |
| ·探针设计 | 第79-80页 |
| ·基因芯片的特异性评估 | 第80页 |
| ·基因芯片的灵敏度 | 第80-81页 |
| ·芯片杂交的定量性能 | 第81页 |
| ·运用50mer寡核苷酸基因芯片揭示酸性环境样品中的微生物群落结构 | 第81-84页 |
| ·讨论 | 第84-86页 |
| ·小结 | 第86-87页 |
| 第六章 应用寡核苷酸基因芯片检测酸性浸矿水中微生物群落和功能 | 第87-95页 |
| ·材料与方法 | 第87-88页 |
| ·样品描述 | 第87-88页 |
| ·环境样品中DNA的抽提和纯化及定量 | 第88页 |
| ·DNA的荧光标记 | 第88页 |
| ·芯片杂交 | 第88页 |
| ·图像处理和数据分析 | 第88页 |
| ·结果分析 | 第88-94页 |
| ·建立在基因芯片16S rRNA数据上的微生物群落分析 | 第88-93页 |
| ·应用基因芯片检测AMD样品中微生物群落的功能 | 第93-94页 |
| ·讨论与小结 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-119页 |
| 致谢 | 第119-120页 |
| 攻读博士学位期间所发表的论文 | 第120页 |
