| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-23页 |
| 1.1 水稻纹枯病 | 第12-16页 |
| 1.1.1 纹枯病菌分类、生活史和病害流行 | 第13-14页 |
| 1.1.2 纹枯病菌侵染过程 | 第14-15页 |
| 1.1.3 纹枯病菌致病机制 | 第15-16页 |
| 1.1.4 水稻纹枯病鉴定 | 第16页 |
| 1.2 植物抗病机制 | 第16-20页 |
| 1.2.1 植物PTI免疫反应 | 第17-19页 |
| 1.2.2 植物ETI免疫反应 | 第19-20页 |
| 1.3 基于RNA-seq的植物抗病转录组学研究 | 第20-21页 |
| 1.4 立体依据和研究意义 | 第21-23页 |
| 第二章 基于RNA-Seq技术的纹枯病菌AG1 IA侵染水稻叶片比较转录组分析 | 第23-57页 |
| 2.1 材料与方法 | 第23-29页 |
| 2.1.1 试验材料 | 第23页 |
| 2.1.2 试验方法 | 第23-24页 |
| 2.1.3 菌丝侵染染色及观察 | 第24页 |
| 2.1.4 总RNA提取、cDNA文库构建及Illumina测序 | 第24-25页 |
| 2.1.5 转录组数据与参考基因组序列比对 | 第25-26页 |
| 2.1.6 转录本组装、合并与比较分析 | 第26页 |
| 2.1.7 转录本定量分析 | 第26-27页 |
| 2.1.8 转录本数据探索分析 | 第27页 |
| 2.1.9 时间序列表达模式挖掘 | 第27-28页 |
| 2.1.10 SOM网络的基因表达数据聚类 | 第28页 |
| 2.1.11 功能富集分析 | 第28-29页 |
| 2.1.12 荧光定量PCR验证 | 第29页 |
| 2.2 结果与分析 | 第29-51页 |
| 2.2.1 关于材料的选择和取样时间点的确定 | 第29-31页 |
| 2.2.2 转录组样本的测序结果统计 | 第31-32页 |
| 2.2.3 转录组数据注释 | 第32-34页 |
| 2.2.4 水稻转录组数据的聚类分析和基因表达情况的Real-time PCR检测 | 第34-36页 |
| 2.2.5 特青和莱蒙特各接种时间点差异基因分析 | 第36-39页 |
| 2.2.6 特青和莱蒙特上调差异基因的GO富集分析 | 第39-44页 |
| 2.2.7 特青和莱蒙特差异表达基因KEGG富集分析 | 第44-46页 |
| 2.2.8 苯丙氨酸类代谢 | 第46-47页 |
| 2.2.9 茉莉酸代谢 | 第47-48页 |
| 2.2.10 基于自组织映射网络的基因聚类 | 第48-51页 |
| 2.3 讨论 | 第51-57页 |
| 2.3.1 光合作用 | 第52-53页 |
| 2.3.2 光呼吸 | 第53页 |
| 2.3.3 抗性次生代谢产物 | 第53-54页 |
| 2.3.4 植物-病原物互作 | 第54-55页 |
| 2.3.5 茉莉酸信号途径 | 第55-57页 |
| 第三章 基于WGCNA的水稻纹枯病抗感基因模块识别及共表达网络构建分析 | 第57-75页 |
| 3.1 试验材料与方法 | 第57-60页 |
| 3.1.1 数据收集及处理 | 第57页 |
| 3.1.2 基因共表达网络构建与基因模块划分 | 第57-58页 |
| 3.1.3 基因共表达模块与表型和外界作用的关联 | 第58-59页 |
| 3.1.4 基于核心基因的基因共表达网络构建 | 第59页 |
| 3.1.5 模块内基因功能注释 | 第59-60页 |
| 3.2 结果与分析 | 第60-71页 |
| 3.2.1 样品聚类 | 第60页 |
| 3.2.2 基因共表达网络的构建 | 第60-61页 |
| 3.2.3 特青特异性模块查找及分析 | 第61-63页 |
| 3.2.4 莱蒙特特异性模块查找及分析 | 第63-65页 |
| 3.2.5 特青和莱蒙特枢纽基因表达网络比较 | 第65-68页 |
| 3.2.6 全局核心基因分析及抗性核心基因分析 | 第68-71页 |
| 3.3 讨论 | 第71-75页 |
| 第四章 水稻胞质激酶OsRL CK5调节水稻的纹枯病抗性 | 第75-105页 |
| 4.1 试验材料 | 第75页 |
| 4.2 试验方法 | 第75-88页 |
| 4.2.1 序列分析 | 第75-76页 |
| 4.2.2 水稻叶片总DNA提取(CTAB法) | 第76页 |
| 4.2.3 总RNA提取 | 第76-77页 |
| 4.2.4 质粒小量提取方法 | 第77-78页 |
| 4.2.5 OsRL CK5 PCR扩增和载体构建 | 第78-80页 |
| 4.2.6 亚细胞定位 | 第80页 |
| 4.2.7 酵母双杂交技术 | 第80-81页 |
| 4.2.8 酵母质粒提取 | 第81-82页 |
| 4.2.9 双分子荧光互补技术 | 第82-83页 |
| 4.2.10 cDNA合成和qRT-PCR | 第83-84页 |
| 4.2.11 农杆菌转化及注射本生烟 | 第84-85页 |
| 4.2.12 病原菌接菌及鉴定 | 第85页 |
| 4.2.13 叶绿素含量测定 | 第85页 |
| 4.2.14 抗性相关基因测定 | 第85-86页 |
| 4.2.15 活性氧检测 | 第86页 |
| 4.2.16 相关防御酶测定 | 第86-88页 |
| 4.3 结果与分析 | 第88-101页 |
| 4.3.1 OsRL CK5基因表达分析 | 第88-89页 |
| 4.3.2 OsRL CK5基因编码蛋白质生物信息学分析 | 第89页 |
| 4.3.3 OsRL CK5蛋白质的保守结构域及同源性 | 第89-91页 |
| 4.3.4 OsRL CK5基因亚细胞定位 | 第91-92页 |
| 4.3.5 酵母双杂交和BiFC验证 | 第92-94页 |
| 4.3.6 OsRL CK5干涉降低了特青对纹枯病的抗性 | 第94-95页 |
| 4.3.7 OsRL CK5过表达增强了莱蒙特对纹枯病的抗性 | 第95-96页 |
| 4.3.8 接菌后叶绿素含量变化 | 第96-97页 |
| 4.3.9 活性氧及相关防御酶基因表达 | 第97-99页 |
| 4.3.10 抗性相关基因 | 第99页 |
| 4.3.11 茉莉酸合成相关基因 | 第99-101页 |
| 4.4 讨论 | 第101-105页 |
| 第五章 OsBURP16对水稻纹枯病抗性的研究 | 第105-116页 |
| 5.1 试验材料与方法 | 第105-108页 |
| 5.1.1 试验材料及生长条件 | 第105页 |
| 5.1.2 DNA提取 | 第105页 |
| 5.1.3 叶片总RNA提取 | 第105-106页 |
| 5.1.4 质粒提取 | 第106页 |
| 5.1.5 载体构建和水稻遗传转化 | 第106-107页 |
| 5.1.6 亚细胞定位 | 第107页 |
| 5.1.7 酵母双杂交及酵母质粒提取 | 第107页 |
| 5.1.8 qRT-PCR | 第107页 |
| 5.1.9 农杆菌转化及注射本生烟 | 第107页 |
| 5.1.10 病原菌接菌 | 第107页 |
| 5.1.11 抗性相关基因检测 | 第107页 |
| 5.1.12 数据分析 | 第107-108页 |
| 5.2 结果与分析 | 第108-113页 |
| 5.2.1 接菌后OsBURP16基因表达特点 | 第108页 |
| 5.2.2 OsBURP16亚细胞定位 | 第108-109页 |
| 5.2.3 酵母双杂交 | 第109-111页 |
| 5.2.4 干涉降低了特青对纹枯病菌AG1 IA抗性 | 第111页 |
| 5.2.5 过表达增强了莱蒙特对纹枯病菌AG1 IA抗性 | 第111-112页 |
| 5.2.6 抗性相关基因测定 | 第112-113页 |
| 5.3 讨论 | 第113-115页 |
| 5.4 研究存在的不足 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-137页 |
| 附录1 | 第137-140页 |
| 附录2 | 第140-142页 |
| 附录3 | 第142-144页 |
| 附录4 | 第144-145页 |
| 附录5 | 第145-146页 |
| 附录6 | 第146-149页 |
| 附录7 | 第149-152页 |
| 攻读博士学位期间学术成果完成情况 | 第152-153页 |
| 致谢 | 第153页 |
