| 摘要 | 第4-8页 |
| ABSTRACT | 第8-13页 |
| 缩略词表 | 第17-18页 |
| 第一章 文献综述 Hox基因在脊椎动物发育过程中调控模式的研究概况 | 第18-31页 |
| 1.脊椎动物的脊椎发育原理 | 第18-21页 |
| 2.Hox基因影响胚胎的发育过程 | 第21-31页 |
| 2.1 Hox基因控制胚胎体轴前后表达的功能 | 第24-25页 |
| 2.2 Hox基因控制轴向骨架的区域模式 | 第25-31页 |
| 2.2.1 HoxPG10基因和腰椎 | 第25-28页 |
| 2.2.2 HoxPG5-9和胸椎的关系 | 第28-30页 |
| 2.2.3 Hoxc8基因调控乌珠穆沁羊多脊椎形成机制的相关研究 | 第30-31页 |
| 第二章 Hoxc8基因过表达和敲除干细胞的获得 | 第31-63页 |
| 引言 | 第31-33页 |
| 1 实验材料 | 第33-36页 |
| 1.1 实验仪器设备 | 第33-34页 |
| 1.2 菌种与载体 | 第34页 |
| 1.3 主要实验材料、试剂与耗材 | 第34-36页 |
| 2 实验方法 | 第36-50页 |
| 2.1 脂肪间充质干细胞的培养 | 第36-37页 |
| 2.1.1 脂肪间充质干细胞的原代培养 | 第36页 |
| 2.1.2 脂肪间充质干细胞的传代培养 | 第36-37页 |
| 2.1.3 脂肪间充质干细胞的冷冻保存及复苏 | 第37页 |
| 2.1.4 脂肪间充质干细胞的鉴定 | 第37页 |
| 2.2 绵羊Hoxc8的CDS区域克隆 | 第37-40页 |
| 2.3 Hoxc8基因过表达载体的构建 | 第40页 |
| 2.4 Hoxc8基因过表达干细胞系的获得 | 第40-43页 |
| 2.4.1 电穿孔技术进行细胞转染 | 第41页 |
| 2.4.2 不同方法筛选过表达干细胞 | 第41-43页 |
| 2.4.3 过表达干细胞的活性检测 | 第43页 |
| 2.4.4 过表达干细胞的EdU增殖检测 | 第43页 |
| 2.4.5 流式细胞术检测过表达干细胞的凋亡情况 | 第43页 |
| 2.5 Hoxc8基因敲除载体的构建 | 第43-48页 |
| 2.5.1 sgRNA的设计 | 第43-44页 |
| 2.5.2 sgRNA的敲除载体的构建 | 第44-46页 |
| 2.5.3 sgRNA的活性检测 | 第46-48页 |
| 2.6 Hoxc8基因敲除阳性克隆干细胞系的获得 | 第48-49页 |
| 2.6.1 敲除阳性克隆细胞系的筛选 | 第48页 |
| 2.6.2 Hoxc8基因敲除干细胞系的鉴定 | 第48-49页 |
| 2.7 Hoxc8基因过表达干细胞系和敲除干细胞系的蛋白质表达水平鉴定 | 第49-50页 |
| 3 实验结果 | 第50-60页 |
| 3.1 脂肪间充质干细胞的分离培养 | 第50-51页 |
| 3.1.1 脂肪间充质干细胞的培养 | 第50页 |
| 3.1.2 脂肪间充质干细胞的鉴定 | 第50-51页 |
| 3.2 绵羊Hoxc8的CDS区域克隆 | 第51-52页 |
| 3.3 Hoxc8基因过表达载体的构建 | 第52-53页 |
| 3.4 Hoxc8基因过表达干细胞系的获得 | 第53-56页 |
| 3.4.1 不同方法筛选过表达干细胞 | 第53页 |
| 2.4.2 过表达干细胞的活性检测 | 第53-54页 |
| 2.4.3 过表达干细胞的EdU增殖检测 | 第54-55页 |
| 2.4.4 流式细胞术检测过表达干细胞凋亡 | 第55-56页 |
| 3.5 Hoxc8基因高效敲除载体的构建 | 第56-58页 |
| 3.5.1 sgRNA的设计 | 第56-57页 |
| 3.5.2 sgRNA的敲除载体的构建 | 第57页 |
| 3.5.3 sgRNA的活性检测 | 第57-58页 |
| 3.6 Hoxc8基因敲除细胞系的获得 | 第58-59页 |
| 3.6.1 敲除阳性克隆细胞系的筛选 | 第58-59页 |
| 3.6.2 敲除阳性克隆细胞系的鉴定 | 第59页 |
| 3.7 Hoxc8基因过表达干细胞系和敲除干细胞系的蛋白质表达水平鉴定 | 第59-60页 |
| 4 讨论 | 第60-63页 |
| 第三章 Hoxc8基因过表达干细胞与敲除干细胞的基因差异表达分析 | 第63-90页 |
| 引言 | 第63-64页 |
| 1 实验材料 | 第64-65页 |
| 1.1 实验仪器设备 | 第64页 |
| 1.2 主要实验材料、试剂与耗材 | 第64页 |
| 1.3 主要使用软件与数据库 | 第64-65页 |
| 2 实验方法 | 第65-71页 |
| 2.1 实验材料RNA的提取和检测 | 第65页 |
| 2.2 转录组测序文库的构建 | 第65-66页 |
| 2.3 文库的信息分析 | 第66-67页 |
| 2.3.1 测序原始数据过滤 | 第66-67页 |
| 2.3.2 测序质量分布 | 第67页 |
| 2.3.3 测序碱基分布 | 第67页 |
| 2.4 测序比对分析 | 第67-68页 |
| 2.4.1 比对率分析 | 第67-68页 |
| 2.4.2 基因区域分布 | 第68页 |
| 2.5 文库的表达量分析 | 第68-69页 |
| 2.5.1 表达量评估 | 第68-69页 |
| 2.5.2 基因差异表达分析 | 第69页 |
| 2.6 文库的功能分析 | 第69-70页 |
| 2.7 qRT-RCR验证测序数据 | 第70-71页 |
| 3 结果 | 第71-88页 |
| 3.1 实验材料RNA的提取和检测 | 第71页 |
| 3.2 数据过滤 | 第71-72页 |
| 3.3 测序的质量分布 | 第72页 |
| 3.4 测序碱基分布 | 第72-73页 |
| 3.5 比对率分析 | 第73页 |
| 3.6 基因区域分布 | 第73-74页 |
| 3.7 基因表达量估计 | 第74-75页 |
| 3.8 基因表达差异分析 | 第75-81页 |
| 3.9 GO功能分析 | 第81-83页 |
| 3.10 KEGG通路分析 | 第83-86页 |
| 3.11 qRT-RCR验证测序数据 | 第86-88页 |
| 4 讨论 | 第88-90页 |
| 第四章 Hoxc8基因在干细胞向成骨方向诱导的变化趋势 | 第90-101页 |
| 引言 | 第90-91页 |
| 1 实验材料 | 第91-92页 |
| 1.1 实验仪器设备 | 第91页 |
| 1.2 主要实验材料、试剂与耗材 | 第91-92页 |
| 1.3 主要培养液 | 第92页 |
| 2 实验方法 | 第92-94页 |
| 2.1 间充质干细胞成骨诱导分化 | 第92-93页 |
| 2.1.1 间充质干细胞的传代培养 | 第92页 |
| 2.1.2 间充质干细胞的成骨诱导及收样 | 第92-93页 |
| 2.2 成骨细胞鉴定 | 第93页 |
| 2.2.1 茜素红染色 | 第93页 |
| 2.2.2 碱性磷酸酶染色 | 第93页 |
| 2.3 检测成骨诱导过程Hoxc8基因mRNA水平变化趋势 | 第93-94页 |
| 2.4 检测成骨诱导过程Hoxc8基因蛋白质水平变化趋势 | 第94页 |
| 3 实验结果 | 第94-98页 |
| 3.1 间充质干细胞成骨诱导分化 | 第94-97页 |
| 3.2 检测成骨诱导过程Hoxc8基因mRNA水平变化趋势 | 第97-98页 |
| 3.3 检测成骨诱导过程Hoxc8基因蛋白质水平变化趋势 | 第98页 |
| 4 讨论 | 第98-101页 |
| 第五章 整合多脊椎与非多脊椎个体的重测序数据探究Hoxc8基因在基因组层面的差异 | 第101-118页 |
| 引言 | 第101-102页 |
| 1 实验材料 | 第102-103页 |
| 1.1 实验样本材料 | 第102页 |
| 1.2 主要数据库和生物分析软件 | 第102-103页 |
| 2 实验方法 | 第103-105页 |
| 2.1 样品采集和基因组重测序 | 第103-105页 |
| 2.2 测序比对和差异位点检测 | 第105页 |
| 3 实验结果 | 第105-116页 |
| 3.1 测序数据的质量和比对统计 | 第105-110页 |
| 3.2 SNP/Indel差异检测 | 第110-116页 |
| 3.2.1 SNP差异位点统计 | 第110-113页 |
| 3.2.2 Indel差异区域统计 | 第113-116页 |
| 4 讨论 | 第116-118页 |
| 第五章 结论 | 第118-119页 |
| 参考文献 | 第119-136页 |
| 附录 | 第136-147页 |
| 致谢 | 第147-148页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第148页 |
