| 摘要 | 第8-10页 |
| ABSTRACT | 第10-11页 |
| 缩略词表(Abbreviation) | 第12-13页 |
| 第1章 前言 | 第13-28页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第13页 |
| 1.2 文献综述 | 第13-27页 |
| 1.2.1 猪的起源与品种特性 | 第13-16页 |
| 1.2.1.1 猪的起源与驯化 | 第13-14页 |
| 1.2.2.2 中外猪品种的遗传资源与特性 | 第14-16页 |
| 1.2.2 全基因组选择信号检测方法及在猪上的应用 | 第16-25页 |
| 1.2.2.1 基因组SNP分子标记 | 第16-18页 |
| 1.2.2.2 选择信号 | 第18-19页 |
| 1.2.2.3 选择信号检测方法 | 第19-23页 |
| 1.2.2.4 选择信号在猪上的应用 | 第23-25页 |
| 1.2.3 转录组测序技术分析及在猪上的应用 | 第25-27页 |
| 1.2.3.1 RNA-seq技术简介 | 第25页 |
| 1.2.3.2 RNA-seq技术在猪上的应用 | 第25-27页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 第2章 基于连锁不平衡发掘中外猪的选择信号 | 第28-39页 |
| 2.1 引言 | 第28页 |
| 2.2 材料与方法 | 第28-31页 |
| 2.2.1 基因型数据收集和SNP筛选 | 第28-29页 |
| 2.2.2 群体结构分析 | 第29页 |
| 2.2.3 选择信号分析 | 第29-31页 |
| 2.2.4 基因注释和QTL分析 | 第31页 |
| 2.3 结果与分析 | 第31-35页 |
| 2.3.1 群体结构 | 第31-32页 |
| 2.3.2 选择信号检测 | 第32-33页 |
| 2.3.3 选择信号注释及其相关QTL和性状 | 第33-35页 |
| 2.4 讨论 | 第35-39页 |
| 2.4.1 中外猪品种的群体结构 | 第35-36页 |
| 2.4.2 不同猪品种群体的候选基因 | 第36-37页 |
| 2.4.3 VarLD的检出结果与其他方法的比较 | 第37-39页 |
| 第3章 基于单倍型和群体分化指数发掘大白猪和通城猪的选择信号 | 第39-53页 |
| 3.1 引言 | 第39页 |
| 3.2 材料与方法 | 第39-41页 |
| 3.2.1 基因型数据 | 第39-40页 |
| 3.2.2 选择信号分析 | 第40页 |
| 3.2.3 SNP注释和QTL分析 | 第40页 |
| 3.2.4 IPA通路分析 | 第40-41页 |
| 3.3 结果与分析 | 第41-47页 |
| 3.3.1 SNP质控结果 | 第41页 |
| 3.3.2 选择信号的分布 | 第41-44页 |
| 3.3.3 候选区域注释 | 第44-46页 |
| 3.3.4 候选基因的生物学通路 | 第46-47页 |
| 3.4 讨论 | 第47-53页 |
| 3.4.1 大白猪和通城猪品种内选择信号 | 第49-51页 |
| 3.4.2 大白猪和通城猪品种间选择信号 | 第51页 |
| 3.4.3 影响选择信号检出效率的因素 | 第51-53页 |
| 第4章 整合基因组和转录组分析发掘影响猪繁殖和免疫性状的关键基因 | 第53-83页 |
| 4.1 引言 | 第53页 |
| 4.2 材料与方法 | 第53-56页 |
| 4.2.1 DNA重测序搜集 | 第53页 |
| 4.2.2 SNP获取和质控 | 第53-55页 |
| 4.2.3 选择信号检测分析 | 第55页 |
| 4.2.4 转录组数据对比与表达分析 | 第55-56页 |
| 4.2.5 受选择基因和差异表达基因的功能富集分析 | 第56页 |
| 4.3 结果与分析 | 第56-79页 |
| 4.3.1 大白猪和通城猪的选择信号 | 第56-57页 |
| 4.3.2 大白猪和通城猪受选择基因的富集 | 第57-62页 |
| 4.3.2.1 大白猪受选择基因的富集 | 第57-60页 |
| 4.3.2.2 通城猪受选择基因的富集 | 第60-62页 |
| 4.3.3 大白猪和通城猪的群体分化 | 第62-68页 |
| 4.3.3.1 标准化的F_(ST)在基因组上的分布 | 第62-64页 |
| 4.3.3.2 大白猪和通城猪群体分化基因的富集 | 第64-68页 |
| 4.3.4 选择信号在不同组织中的差异表达 | 第68-79页 |
| 4.3.4.1 选择信号在睾丸组织的差异表达 | 第69-73页 |
| 4.3.4.2 选择信号在脾脏和腹股沟淋巴结组织的差异表达 | 第73-79页 |
| 4.4 讨论 | 第79-83页 |
| 4.4.1 家猪和野猪的遗传分化 | 第79-80页 |
| 4.4.2 大白猪和通城猪繁殖性状的差异 | 第80-81页 |
| 4.4.3 大白猪和通城猪免疫性状的差异 | 第81-83页 |
| 第5章 全文小结 | 第83-86页 |
| 5.1 本研究的主要结果与结论 | 第83-84页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第84-85页 |
| 5.3 本研究不足之处与下一步工作的建议 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-100页 |
| 附录 | 第100-118页 |
| 读博士期间其他工作 | 第118-148页 |
| 致谢 | 第148-150页 |
| 作者简介 | 第150-151页 |
