| 摘要 | 第5-7页 |
| abstract | 第7-8页 |
| 第1章 绪论 | 第12-19页 |
| 1.1 miRNA概述 | 第12-15页 |
| 1.1.1 miRNA的发现 | 第12页 |
| 1.1.2 miRNA的生物合成 | 第12-13页 |
| 1.1.3 miRNA作用机制 | 第13-14页 |
| 1.1.4 miRNA功能 | 第14页 |
| 1.1.5 miRNA在鱼类中的研究进展 | 第14-15页 |
| 1.2 miRNA研究的生物信息学方法 | 第15-16页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第16-17页 |
| 1.4 创新点 | 第17页 |
| 1.5 研究内容及技术路线 | 第17-19页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第17页 |
| 1.5.2 技术路线 | 第17-19页 |
| 第2章 半滑舌鳎miRNA前体预测 | 第19-33页 |
| 2.1 数据来源 | 第19页 |
| 2.2 主要编程语言、软件及实验平台 | 第19-20页 |
| 2.3 半滑舌鳎基因组中pre-miRNA的预测方法 | 第20-21页 |
| 2.3.1 数据搜集 | 第20页 |
| 2.3.2 利用Perl脚本去除miRNA中的冗余序列 | 第20页 |
| 2.3.3 构建本地半滑舌鳎基因组数据库 | 第20页 |
| 2.3.4 本地Blast比对 | 第20-21页 |
| 2.3.5 提取匹配位点两侧75bp的序列 | 第21页 |
| 2.3.6 利用ViennaRNA Package的RNAfold预测miRNA前体的二级结构 | 第21页 |
| 2.3.7 利用Triplet–SVM-classifier和LibSVM预测miRNA前体 | 第21页 |
| 2.3.8 依据miRNA命名规则对预测到的miRNA前体进行命名 | 第21页 |
| 2.3.9 鉴定的mir-20家族和mir-133家族系统发育分析 | 第21页 |
| 2.4 结果及分析 | 第21-31页 |
| 2.4.1 数据搜集 | 第22页 |
| 2.4.2 利用Perl脚本去除miRNA中的冗余序列 | 第22页 |
| 2.4.3 构建本地半滑舌鳎基因组数据库 | 第22页 |
| 2.4.4 本地Blast比对 | 第22-23页 |
| 2.4.5 提取匹配位点两侧75bp的序列 | 第23页 |
| 2.4.6 利用ViennaRNA Package的RNAfold预测miRNA前体的二级结构 | 第23页 |
| 2.4.7 利用Triplet-SVM-classifier和LibSVM预测miRNA前体 | 第23-24页 |
| 2.4.8 依据miRNA命名规则对预测到的miRNA前体进行命名 | 第24-29页 |
| 2.4.9 鉴定的mir-20家族和mir-133家族系统发育分析 | 第29-31页 |
| 2.5 讨论 | 第31-33页 |
| 第3章 靶基因预测及功能注释 | 第33-41页 |
| 3.1 靶基因预测及功能注释流程 | 第33-34页 |
| 3.1.1 数据准备 | 第33页 |
| 3.1.2 靶基因预测 | 第33-34页 |
| 3.1.3 Blast到NR库 | 第34页 |
| 3.1.4 GO注释 | 第34页 |
| 3.2 结果与分析 | 第34-40页 |
| 3.2.1 提取的成熟miRNA序列 | 第34-36页 |
| 3.2.2 靶基因预测及功能注释 | 第36-40页 |
| 3.3 讨论 | 第40-41页 |
| 第4章 靶蛋白WSB1的生物信息学分析 | 第41-48页 |
| 4.1 生物信息学软件 | 第41-42页 |
| 4.2 实验方法及步骤 | 第42页 |
| 4.2.1 转录本序列分析 | 第42页 |
| 4.2.2 理化性质及亲水性/疏水性分析 | 第42页 |
| 4.2.3 信号肽剪切位点预测 | 第42页 |
| 4.2.4 亚细胞定位 | 第42页 |
| 4.2.5 氨基酸N位糖基化位点和磷酸化位点预测 | 第42页 |
| 4.2.6 蛋白结构域分析及二级结构预测 | 第42页 |
| 4.2.7 蛋白三级结构预测 | 第42页 |
| 4.3 结果与分析 | 第42-47页 |
| 4.3.1 转录本序列分析 | 第42-43页 |
| 4.3.2 理化性质及亲水性/疏水性分析 | 第43-44页 |
| 4.3.3 信号肽剪切位点预测 | 第44-45页 |
| 4.3.4 亚细胞定位 | 第45页 |
| 4.3.5 磷酸化位点预测 | 第45页 |
| 4.3.6 蛋白结构域分析及二级结构预测 | 第45-46页 |
| 4.3.7 蛋白三级结构预测 | 第46-47页 |
| 4.4 讨论 | 第47-48页 |
| 第5章 结论 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-54页 |
| 附录 | 第54-67页 |
| 致谢 | 第67-68页 |
| 攻读学位期间取得的科研成果 | 第68页 |
