| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 缩略词表 | 第11-12页 |
| 第一章 前言 | 第12-19页 |
| 1.1 红系发育及阶段特异性 | 第12-14页 |
| 1.2 RNA-seq | 第14页 |
| 1.3 生物网络 | 第14-16页 |
| 1.3.1 生物网络关键节点 | 第15-16页 |
| 1.3.2 基因共表达网络 | 第16页 |
| 1.4 RNA-seq及生物网络的应用 | 第16-18页 |
| 1.5 课题研究目的和意义 | 第18-19页 |
| 第二章 材料与方法 | 第19-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第19页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第19页 |
| 2.2 实验方法 | 第19-28页 |
| 2.2.1 全文技术路线 | 第19-20页 |
| 2.2.2 RNA-seq数据处理流程 | 第20-23页 |
| 2.2.2.1 FastQC质量控制 | 第21-22页 |
| 2.2.2.2 Tophat比对 | 第22页 |
| 2.2.2.3 Cuffquant定量 | 第22页 |
| 2.2.2.4 Cuffdiff差异分析 | 第22-23页 |
| 2.2.2.5 CummeRbund结果展示 | 第23页 |
| 2.2.3 WGCNA构建基因共表达网络 | 第23-25页 |
| 2.2.3.1 邻接矩阵权重参数值的选择 | 第24页 |
| 2.2.3.2 模块识别 | 第24页 |
| 2.2.3.3 存储基因网络节点文件和边文件 | 第24-25页 |
| 2.2.4 Pajek及网络结构参数计算 | 第25-27页 |
| 2.2.4.1 网络结构参数 | 第25-26页 |
| 2.2.4.2 Pajek和txt2Pajek | 第26页 |
| 2.2.4.3 Pajek3XL计算网络结构参数 | 第26-27页 |
| 2.2.5 基因功能注释分析 | 第27-28页 |
| 第三章 RNA-seq分析获得基因表达数据 | 第28-32页 |
| 3.1 引言 | 第28页 |
| 3.2 RNA-seq分析结果 | 第28-30页 |
| 3.2.1 质控分析结果 | 第28页 |
| 3.2.2 比对结果 | 第28-29页 |
| 3.2.3 cummeRbund展示分析结果 | 第29-30页 |
| 3.3 结果讨论 | 第30-32页 |
| 第四章 WGCNA构建红系发育基因共表达网络 | 第32-40页 |
| 4.1 引言 | 第32页 |
| 4.2 结果 | 第32-38页 |
| 4.2.1 数据处理结果 | 第32页 |
| 4.2.2 阶段划分结果 | 第32-34页 |
| 4.2.3 WGCNA构建红系发育基因共表达网络 | 第34-35页 |
| 4.2.3.1 邻接矩阵权重参数β值的选择 | 第34-35页 |
| 4.2.3.2 存储基因网络节点文件和边文件 | 第35页 |
| 4.2.4 网络度分布(degreedistribution)分析 | 第35-38页 |
| 4.2.5 网络结构参数的计算 | 第38页 |
| 4.2.6 核心基因(hubgenes)的鉴定 | 第38页 |
| 4.3 结果讨论 | 第38-40页 |
| 第五章 阶段特异性模块的获得 | 第40-58页 |
| 5.1 引言 | 第40页 |
| 5.2 结果 | 第40-56页 |
| 5.2.1 模块的识别 | 第40-43页 |
| 5.2.2 独立模块的获得 | 第43-44页 |
| 5.2.3 阶段特异高表达基因的获得 | 第44-47页 |
| 5.2.3.1 阶段特异高表达基因分析 | 第45-47页 |
| 5.2.4 网络结构参数的计算和核心基因的筛选 | 第47-50页 |
| 5.2.5 基因功能注释分析 | 第50-56页 |
| 5.3 结果讨论 | 第56-58页 |
| 第六章 结论和展望 | 第58-60页 |
| 6.1 结论 | 第58页 |
| 6.2 展望 | 第58-60页 |
| 参考文献 | 第60-64页 |
| 附录A | 第64-65页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第65-66页 |
| 致谢 | 第66页 |