| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 缩略语表 | 第11-12页 |
| 1 前言 | 第12-32页 |
| 1.1 全基因组测序发展综述 | 第12-14页 |
| 1.1.1 全基因组测序的提出和重要性 | 第12-13页 |
| 1.1.2 基因组测序的常见方法 | 第13-14页 |
| 1.2 DNA测序的方法发展 | 第14-17页 |
| 1.2.1 第一代测序方法 | 第14-15页 |
| 1.2.2 第二代测序方法 | 第15-16页 |
| 1.2.3 第三代测序方法 | 第16-17页 |
| 1.3 全基因组测序技术的发展 | 第17-18页 |
| 1.4 水稻研究的重要性 | 第18-20页 |
| 1.5 水稻的分类和特点 | 第20页 |
| 1.6 水稻全基因组测序的研究进展 | 第20-26页 |
| 1.6.1 水稻全基因组测序的发展 | 第20-23页 |
| 1.6.2 水稻全基因组测序存在的问题 | 第23-26页 |
| 1.6.2.1 水稻基因组中序列中的空缺 | 第23页 |
| 1.6.2.2 水稻基因组中序列中的组装错误 | 第23-25页 |
| 1.6.2.3 水稻基因组序列的测序质量 | 第25-26页 |
| 1.7 高质量的全基因组序列在生物研究中的重要性 | 第26-27页 |
| 1.7.1 全基因组序列对功能基因组学研究的重要性 | 第26-27页 |
| 1.7.2 全基因组序列对比较基因组学研究的重要性 | 第27页 |
| 1.8 完善全基因组序列的方法和进展 | 第27-30页 |
| 1.9 本研究的目的和意义 | 第30-32页 |
| 2 材料与方法 | 第32-41页 |
| 2.1 实验材料 | 第32-33页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第32页 |
| 2.1.2 BAC文库材料 | 第32页 |
| 2.1.3 指纹分析及BAC末端序列 | 第32页 |
| 2.1.4 水稻全基因组序列 | 第32-33页 |
| 2.1.5 物理图谱资源 | 第33页 |
| 2.2 BAC末端序列的比对分析 | 第33页 |
| 2.3 基因组DNA的提取 | 第33-34页 |
| 2.4 水稻BAC原位荧光杂交技术(BAC-FISH) | 第34-38页 |
| 2.4.1 染色体切片制备 | 第34页 |
| 2.4.2 BAC克隆质粒提取 | 第34-36页 |
| 2.4.3 BAC探针的制备 | 第36页 |
| 2.4.4 荧光原位杂交实验 | 第36-37页 |
| 2.4.4.1 杂交 | 第36-37页 |
| 2.4.4.2 检测 | 第37页 |
| 2.4.5 镜检 | 第37-38页 |
| 2.5 基因组参考序列与物理图谱的比对分析 | 第38页 |
| 2.6 序列分析 | 第38-41页 |
| 3 结果与分析 | 第41-75页 |
| 3.1 日本晴全基因组序列中组装错误的检测与修正 | 第41-57页 |
| 3.1.1 93-11和中花11物理图谱与同本晴序列比对中的反向匹配末端序列 | 第41-44页 |
| 3.1.2 日本晴物理图谱与日本晴序列比对中的反向匹配末端序列 | 第44-46页 |
| 3.1.3 含有反向匹配末段的双末端BAC克隆分析 | 第46-49页 |
| 3.1.4 对于可能存在组装错误区段的序列分析和点阵图分析 | 第49-53页 |
| 3.1.5 日本晴基因组序列中组装倒置错误的验证 | 第53-55页 |
| 3.1.6 日本晴中得到验证的组装倒置错误的纠正 | 第55-57页 |
| 3.2 日本晴基因组序列中空缺补缺资源的构建 | 第57-68页 |
| 3.2.1 日本晴基因组序列中的空缺分析 | 第57-59页 |
| 3.2.2 93-11、中花11、珍汕97、明恢63物理图谱与日本晴序列比对 | 第59-60页 |
| 3.2.3 不同水稻品种基因组比对分析中可以覆盖日本晴空缺的克隆和克隆群分析 | 第60-66页 |
| 3.2.4 覆盖日本晴基因组物理空缺的克隆的验证 | 第66-68页 |
| 3.3 93-11全基因组序列中存在的部分错误 | 第68-75页 |
| 3.3.1 93-11和日本晴全基因组序列与93-11物理图谱比对中有争议的BAC克隆 | 第68-71页 |
| 3.3.2 93-11物理图谱与日本晴和93-11全基因组序列比对中有争议的BAC克隆在93-11中的核型定位 | 第71-75页 |
| 4 讨论 | 第75-81页 |
| 4.1 日本晴全基因组序列中组装错误产生的原因和类型分析 | 第75-77页 |
| 4.2 日本晴基因组序列中存在的潜在的拼装错误 | 第77-78页 |
| 4.3 日本晴基因组序列中空缺的闭合资源 | 第78-79页 |
| 4.4 93-11基因组序列中存在的组装错误 | 第79页 |
| 4.5 总结 | 第79-81页 |
| 参考文献 | 第81-90页 |
| 附录 | 第90-107页 |
| 附录A 附表 | 第90-106页 |
| 附录B 简历 | 第106-107页 |
| 论文发表和投稿情况 | 第107-108页 |
| 会议摘要 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109页 |
