| 缩略词 | 第4-10页 |
| 中文摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第14-35页 |
| 1 “朱草”类植物与紫草素类化合物 | 第14-24页 |
| 1.1 “朱草”类植物的定义 | 第14-15页 |
| 1.2 常见的“朱草”类植物_ | 第15-16页 |
| 1.3 紫草目的进化分类地位 | 第16-17页 |
| 1.4 紫草素类化合物 | 第17-18页 |
| 1.5 紫草素类化合物的生物合成 | 第18-22页 |
| 1.5.1 萜类骨架途径 | 第19-20页 |
| 1.5.2 萜类骨架途径中已研究的基因 | 第20页 |
| 1.5.3 苯丙素途径 | 第20-21页 |
| 1.5.4 苯丙素途径中已研究的基因 | 第21页 |
| 1.5.5 紫草素生物合成的下游途径 | 第21-22页 |
| 1.6 紫草素生物合成的调控因素 | 第22-24页 |
| 1.6.1 光信号 | 第22页 |
| 1.6.2 植物激素 | 第22-23页 |
| 1.6.3 无机盐离子 | 第23页 |
| 1.6.4 真菌因子 | 第23页 |
| 1.6.5 已研究的调控因素相关基因 | 第23-24页 |
| 2 高通量测序 | 第24-26页 |
| 2.1 测序技术的发展 | 第24-25页 |
| 2.2 第二代、第三代测序技术简介 | 第25-26页 |
| 2.2.1 Illumina公司的Solexa技术 | 第25-26页 |
| 2.2.2 PacBio公司的SMRT技术 | 第26页 |
| 3 基因组测序 | 第26-28页 |
| 3.1 植物基因组测序的研究进展 | 第26-27页 |
| 3.2 药用植物基因组测序的研究进展 | 第27-28页 |
| 4 转录组测序 | 第28-30页 |
| 4.1 基于转录组测序的研究方向 | 第29-30页 |
| 4.1.1 新基因筛选 | 第29页 |
| 4.1.2 基因表达谱 | 第29页 |
| 4.1.3 分子标记开发 | 第29-30页 |
| 4.2 药用植物转录组的研究进展 | 第30页 |
| 5 分子进化研究 | 第30-33页 |
| 5.1 分子进化的研究方法 | 第31-32页 |
| 5.1.1 序列获取 | 第31页 |
| 5.1.2 分析方法与工具 | 第31-32页 |
| 5.2 比较转录组用于分子进化研究的进展 | 第32-33页 |
| 6 本研究的目的、意义与技术路线 | 第33-35页 |
| 第二章 软紫草框架基因组的测序、组装与初步分析 | 第35-54页 |
| 1 材料与方法 | 第35-43页 |
| 1.1 材料 | 第35页 |
| 1.2 主要仪器 | 第35页 |
| 1.3 总DNA提取 | 第35-36页 |
| 1.4 文库构建与测序 | 第36-37页 |
| 1.5 原始数据过滤与评估 | 第37页 |
| 1.6 基因组的特征分析 | 第37-38页 |
| 1.6.1 基因组大小分析 | 第37页 |
| 1.6.2 基因组杂合度分析 | 第37-38页 |
| 1.7 基因组组装 | 第38页 |
| 1.8 基因组的注释 | 第38-41页 |
| 1.8.1 基因结构的预测 | 第39-40页 |
| 1.8.2 基因功能的注释 | 第40页 |
| 1.8.3 非编码RNA的预测 | 第40-41页 |
| 1.9 比较基因组分析与分子进化分析 | 第41-42页 |
| 1.9.1 基因家族鉴定与统计 | 第41-42页 |
| 1.9.2 系统进化模型的构建 | 第42页 |
| 1.10 软紫草叶绿体基因组的初步组装、注释与分子进化分析 | 第42-43页 |
| 1.10.1 叶绿体基因组的初步组装与注释 | 第42页 |
| 1.10.2 基于叶绿体基因组的系统进化分析 | 第42-43页 |
| 2 结果与讨论 | 第43-54页 |
| 2.1 基因组总DNA的提取与检测 | 第43-44页 |
| 2.2 基因组测序及特征分析 | 第44-45页 |
| 2.3 框架基因组的组装 | 第45-46页 |
| 2.4 测序深度分析与GC含量分析 | 第46页 |
| 2.5 基因组的注释 | 第46-49页 |
| 2.5.1 基因结构的预测 | 第46-48页 |
| 2.5.2 基因功能的注释 | 第48页 |
| 2.5.3 非编码RNA的预测 | 第48-49页 |
| 2.6 基因家族分析与比较基因组分子进化分析 | 第49-51页 |
| 2.7 叶绿体基因组的初步组装 | 第51-52页 |
| 2.8 基于叶绿体基因组的系统进化分析 | 第52-54页 |
| 第三章 朱草类植物转录组的测序、组装与初步分析 | 第54-97页 |
| 1 材料与方法 | 第54-60页 |
| 1.1 材料 | 第54页 |
| 1.2 主要试剂 | 第54-55页 |
| 1.3 主要仪器 | 第55页 |
| 1.4 紫草素类化合物的提取 | 第55页 |
| 1.5 紫草素类化合物的HPLC检测 | 第55-56页 |
| 1.6 总RNA提取与检测 | 第56页 |
| 1.7 转录组文库构建及测序 | 第56-57页 |
| 1.8 转录组的从头组装 | 第57-58页 |
| 1.8.1 测序原始数据的处理 | 第57页 |
| 1.8.2 转录组的组装 | 第57-58页 |
| 1.9 Unigenes的功能注释 | 第58页 |
| 1.10 Unigenes的差异表达分析 | 第58-59页 |
| 1.11 差异表达Unigenes的KEGG富集分析 | 第59-60页 |
| 1.12 比较转录组分子进化分析与正选择基因的筛选 | 第60页 |
| 2 结果与讨论 | 第60-97页 |
| 2.1 紫草素类化合物的HPLC检测 | 第60-63页 |
| 2.2 总RNA的提取与检测 | 第63-65页 |
| 2.3 原始数据统计与过滤 | 第65页 |
| 2.4 转录组的组装 | 第65-66页 |
| 2.5 Unigenes的功能注释 | 第66-71页 |
| 2.6 Unigenes的表达分析 | 第71-72页 |
| 2.7 Unigenes与DEGs的KEGG分类以及富集分析 | 第72-85页 |
| 2.8 紫草素生物合成相关基因的挖掘 | 第85-94页 |
| 2.8.1 紫草素生物合成途径的基因表达情况 | 第85-89页 |
| 2.8.2 茉莉酸甲酯生物合成途径的基因表达情况 | 第89-91页 |
| 2.8.3 多胺/乙烯生物合成途径的基因表达情况 | 第91-94页 |
| 2.9 比较转录组分子进化分析与“朱草”植物正选择基因的筛选 | 第94-97页 |
| 全文总结 | 第97-99页 |
| 论文创新点 | 第99-100页 |
| 参考文献 | 第100-108页 |
| 科研成果 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
