基于Go模型的三叶结蛋白质折叠机理研究
| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 1 引言 | 第8-16页 |
| 1.1. 蛋白质的重要性 | 第8-11页 |
| 1.1.1. 蛋白质的定义 | 第8页 |
| 1.1.2. 蛋白质的组成 | 第8-9页 |
| 1.1.3. 蛋白质的结构 | 第9-11页 |
| 1.2. 蛋白质折叠 | 第11-14页 |
| 1.2.1. 蛋白质折叠理论的主要进展 | 第11-12页 |
| 1.2.2. 蛋白质折叠的两个主要理论 | 第12-14页 |
| 1.3. 研究蛋白质折叠的意义 | 第14页 |
| 1.4. 国内外研究现状 | 第14-15页 |
| 1.4.1. 国外的研究现状 | 第14-15页 |
| 1.4.2. 国内的研究现状 | 第15页 |
| 1.5. 论文结构 | 第15-16页 |
| 2 分子动力学模拟及主要模型介绍主要模型介绍 | 第16-26页 |
| 2.1. 分子动力学模拟简介 | 第16-18页 |
| 2.1.1. 分子动力学模拟的基本原理 | 第16-17页 |
| 2.1.2. 分子动力学模拟的数值解法 | 第17-18页 |
| 2.1.3. 时间步长的选取和周期性边界条件 | 第18页 |
| 2.2. 常规全原子动力学模拟 | 第18-19页 |
| 2.3. Go模型 | 第19-25页 |
| 2.3.1. Go模型介绍 | 第19-20页 |
| 2.3.2. Contact Map | 第20-23页 |
| 2.3.3. RMSD | 第23页 |
| 2.3.4. Gromos聚类 | 第23-25页 |
| 2.3.5. TICA降维分析 | 第25页 |
| 2.4. 本章小节 | 第25-26页 |
| 3 三叶结蛋白质折叠机理研究折叠机理研究 | 第26-39页 |
| 3.1. 三叶结蛋白质简介 | 第26-27页 |
| 3.2. 材料与方法 | 第27-28页 |
| 3.2.1. PDB数据的预处理 | 第27页 |
| 3.2.2. 2RH3的二级结构 | 第27页 |
| 3.2.3. 采用方法 | 第27-28页 |
| 3.3. 动力学模拟的结果与分析 | 第28-38页 |
| 3.3.1. 研究流程 | 第28-29页 |
| 3.3.2. 全原子在水溶液中的分子动力学模拟 | 第29页 |
| 3.3.3. 蛋白质在升温后的分子动力学模拟 | 第29页 |
| 3.3.4. 基于全原子GO模型的分子动力学模拟 | 第29-38页 |
| 3.3.5. Go模型结果的总结分析 | 第38页 |
| 3.4. 本章小节 | 第38-39页 |
| 4 总结与展望 | 第39-40页 |
| 4.1. 工作总结 | 第39页 |
| 4.2. 展望 | 第39-40页 |
| 参考 文献 | 第40-44页 |
| 攻读硕士学位期间发表学术论文情况 | 第44-45页 |
| 致谢 | 第45页 |
