| 中文摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-7页 |
| 符号说明 | 第11-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-24页 |
| 1 先天性免疫概述 | 第12-14页 |
| 1.1 先天性免疫 | 第12-13页 |
| 1.2 模式识别受体 | 第13-14页 |
| 2 RIG-I研究进展 | 第14-22页 |
| 2.1 RIG-I的分子结构 | 第14-15页 |
| 2.2 RIG-I的激活机制 | 第15页 |
| 2.3 RIG-I识别的配体 | 第15-19页 |
| 2.4 RIG-I诱导Ⅰ型干扰素中的作用 | 第19页 |
| 2.5 RIG-I介导的信号转导调控 | 第19-20页 |
| 2.6 病毒干扰RIG-I介导的信号转导 | 第20-22页 |
| 3 RIG-I在家禽上的研究进展 | 第22页 |
| 4 研究的目的和意义 | 第22-24页 |
| 第二章 鸭RIG-I基因克隆、表达及结构域功能的初步分析 | 第24-52页 |
| 1 材料和方法 | 第24-31页 |
| 1.1 实验材料 | 第24-25页 |
| 1.1.1 实验动物 | 第24页 |
| 1.1.2 实验试剂 | 第24-25页 |
| 1.2 实验方法 | 第25-31页 |
| 1.2.1 总RNA提取及cDNA合成 | 第25页 |
| 1.2.2 基因全长获取 | 第25-27页 |
| 1.2.3 生物信息学分析 | 第27-28页 |
| 1.2.4 启动子系列缺失表达载体的构建 | 第28页 |
| 1.2.5 结构域缺失突变体的构建 | 第28-29页 |
| 1.2.6 细胞培养与瞬时转染 | 第29页 |
| 1.2.7 间接免疫荧光 | 第29页 |
| 1.2.8 荧光定量PCR分析 | 第29-30页 |
| 1.2.9 Western blot | 第30页 |
| 1.2.10 双荧光素酶报告基因实验 | 第30页 |
| 1.2.11 BSP实验(亚硫酸盐测序) | 第30-31页 |
| 1.2.12 数据处理与分析 | 第31页 |
| 2 结果与分析 | 第31-49页 |
| 2.1 鸭RIG-I基因克隆与序列分析 | 第31-36页 |
| 2.1.1 鸭RIG-I基因克隆 | 第31-32页 |
| 2.1.2 鸭RIG-I基因序列分析与分子进化分析 | 第32-36页 |
| 2.2 鸭RIG-I基因表达规律分析 | 第36-38页 |
| 2.2.1 鸭RIG-I基因亚细胞定位 | 第36-37页 |
| 2.2.2 鸭RIG-I基因不同组织表达规律分析 | 第37页 |
| 2.2.3 poly[I：C]模拟病毒感染对鸭RIG-I基因表达的影响 | 第37-38页 |
| 2.3 鸭RIG-I基因启动子克隆及甲基化分析 | 第38-42页 |
| 2.3.1 鸭RIG-I基因启动子区克隆及序列分析 | 第38-39页 |
| 2.3.2 鸭RIG-I基因启动子转录活性的检测 | 第39-40页 |
| 2.3.3 鸭RIG-I基因甲基化分析 | 第40-42页 |
| 2.4 鸭RIG-I基因结构域功能的初步分析 | 第42-49页 |
| 2.4.1 鸭RIG-I全长及不同结构域的缺失突变体的构建及鉴定 | 第42-47页 |
| 2.4.2 鸭RIG-I不同结构域对RLR信号通路诱导激活作用 | 第47-48页 |
| 2.4.3 poly[I：C]诱导下,不同结构域的表达对IFN-p表达的影响 | 第48-49页 |
| 3 讨论 | 第49-52页 |
| 第三章 RIG-I介导的抗病毒信号通路调控机制研究 | 第52-80页 |
| 1 材料与方法 | 第52-58页 |
| 1.1 实验材料 | 第52-53页 |
| 1.1.1 慢病毒法建立稳转细胞株相关材料 | 第52页 |
| 1.1.2 转录组实验相关材料 | 第52-53页 |
| 1.2 实验方法 | 第53-58页 |
| 1.2.1 慢病毒法建立过表达duRIG-I-His的DF-1细胞株 | 第53-54页 |
| 1.2.2 5'ppp-dsRNA模拟病毒感染实验 | 第54页 |
| 1.2.3 RNA-Seq样品制备及测序 | 第54-55页 |
| 1.2.4 RNA-Seq测序数据处理及生物信息学分析 | 第55-56页 |
| 1.2.5 RNA-Seq测序数据差异基因荧光定量PCR验证 | 第56-58页 |
| 2 结果与分析 | 第58-77页 |
| 2.1 慢病毒转染技术实现duRIG-I基因在DF-1细胞中持续稳定高表达 | 第58-63页 |
| 2.1.1 DF-1细胞慢病毒感染效率评价 | 第58-59页 |
| 2.1.2 Puromycin致死浓度筛选 | 第59-60页 |
| 2.1.3 DF-1靶细胞感染与稳转实验 | 第60-63页 |
| 2.1.4 Real-time PCR及western blot检测稳转细胞株 | 第63页 |
| 2.2 RNA提取及质量检测 | 第63-64页 |
| 2.3 RNA-Seq产量统计与评估 | 第64-65页 |
| 2.3.1 测序数据统计与评估 | 第64-65页 |
| 2.3.2 RNA-Seq整体质量评估 | 第65页 |
| 2.4 基因表达水平分析 | 第65-68页 |
| 2.4.1 基因表达定量 | 第65页 |
| 2.4.2 RIG-I基因的定量分析 | 第65-67页 |
| 2.4.3 样品重复性检验 | 第67-68页 |
| 2.5 RIG-I介导的抗病毒信号通路相关基因表达分析 | 第68-74页 |
| 2.5.1 差异表达基因筛选 | 第68-69页 |
| 2.5.2 差异表达基因相关信号通路的富集 | 第69-71页 |
| 2.5.3 差异表达基因网络关系 | 第71-74页 |
| 2.6 差异表达基因的实时荧光定量PCR验证 | 第74-77页 |
| 2.7 RIG-I基因介导的信号转导的假设图构建 | 第77页 |
| 3 讨论 | 第77-80页 |
| 3.1 稳转鸭RIG-I蛋白DF-1细胞系的建立 | 第77-78页 |
| 3.2 抗病毒信号通路的crosstalk | 第78-79页 |
| 3.3 鸭RIG-I介导的抗病毒信号通路中泛素分子的响应 | 第79页 |
| 3.4 鸭RIG-I介导的抗病毒信号通路应答基因 | 第79-80页 |
| 全文结论 | 第80-81页 |
| 主要创新点 | 第81页 |
| 进一步研究设想 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-93页 |
| 附录 | 第93-100页 |
| 致谢 | 第100-101页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第101-103页 |
