| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-25页 |
| 1.1. 蛋白质对接研究意义 | 第10-11页 |
| 1.2. 蛋白质对接研究现状 | 第11-18页 |
| 1.2.1. 自由态分子对接和复合态分子对接 | 第11-12页 |
| 1.2.2. 实验手段研究进展 | 第12-15页 |
| 1.2.3. 数据处理算法研究现状 | 第15-18页 |
| 1.3. Docking算法介绍 | 第18-25页 |
| 1.3.1. ZDOCK和ZRANK | 第19-21页 |
| 1.3.2. ATTRACT-DOCK | 第21页 |
| 1.3.3. ATTRACT-SAXS-DOCK | 第21-23页 |
| 1.3.4. 评价方法CAPRI及测试集 | 第23-25页 |
| 第二章 实验设计 | 第25-36页 |
| 2.1. 实验提纲 | 第25页 |
| 2.2. 测试蛋白的选择 | 第25-27页 |
| 2.3. Ewald球 | 第27-28页 |
| 2.4. 模拟算法 | 第28-30页 |
| 2.5. 噪声的引入 | 第30-33页 |
| 2.5.1. 泊松噪声 | 第30-31页 |
| 2.5.2. 泊松噪声光子数的估计 | 第31-32页 |
| 2.5.3. 高斯噪声 | 第32-33页 |
| 2.6. 三种打分函数 | 第33-36页 |
| 2.6.1. SPI距离 | 第33-34页 |
| 2.6.2. Auto-correlation函数法 | 第34页 |
| 2.6.3. 径向函数法 | 第34-36页 |
| 第三章 结果 | 第36-56页 |
| 3.1. 3D打分函数 | 第36页 |
| 3.2. 收敛性 | 第36-37页 |
| 3.3. 打分函数的比较 | 第37-42页 |
| 3.4. 在原始结构/原始取向附近SPI-score的收敛性 | 第42-43页 |
| 3.5. 分子对称性对打分函数的影响 | 第43-45页 |
| 3.6. 寻找复合大分子的取向 | 第45-50页 |
| 3.7. 取向未知时寻找复合大分子的结构 | 第50-51页 |
| 3.8. 三个打分函数的时间复杂度 | 第51-52页 |
| 3.9. 第二个欧拉角的高选择性 | 第52-54页 |
| 3.10. 噪声的影响 | 第54-55页 |
| 3.11. 使用其他函数联合排序 | 第55-56页 |
| 第四章 实验中多构象问题的初步探究 | 第56-65页 |
| 4.1. 打分函数 | 第56-58页 |
| 4.2. 线性回归分类器的训练 | 第58-60页 |
| 4.3. 综合考虑多个因素精细分类 | 第60-62页 |
| 4.4. 区别结构的研究意义 | 第62-65页 |
| 第五章 讨论 | 第65-67页 |
| 5.1. 合适的距离 | 第65页 |
| 5.2. 合适的权重 | 第65-66页 |
| 5.3. 更快速的模拟方式 | 第66页 |
| 5.4. XFEL与Docking类软件更深入的结合 | 第66-67页 |
| 第六章 展望 | 第67-68页 |
| 6.1. 在小数据集上的应用 | 第67-68页 |
| 结论 | 第68-69页 |
| 致谢 | 第69-70页 |
| 论文发表情况 | 第70-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 附录 | 第75-81页 |
