| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-7页 |
| 第1章 引言 | 第12-20页 |
| 1.1 鱼类肠道微生物的研究概况 | 第12-17页 |
| 1.1.1 肠道微生物的组成 | 第12页 |
| 1.1.2 肠道细菌的形成、特性及影响因素 | 第12-13页 |
| 1.1.3 肠道细菌的生理功能 | 第13-14页 |
| 1.1.4 肠道微生物的研究方法 | 第14-16页 |
| 1.1.5 鱼类肠道微生物的研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2 大黄鱼的研究概况 | 第17-18页 |
| 1.3 本研究的目的和意义 | 第18-20页 |
| 第2章 材料与方法 | 第20-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第20-21页 |
| 2.1.1 样品来源及相关信息 | 第20页 |
| 2.1.2 主要药品试剂 | 第20-21页 |
| 2.1.3 主要仪器设备 | 第21页 |
| 2.1.4 引物 | 第21页 |
| 2.2 试验方法 | 第21-32页 |
| 2.2.1 实验流程 | 第21-22页 |
| 2.2.2 样品的采集、保存与处理 | 第22-23页 |
| 2.2.3 总DNA的提取 | 第23-24页 |
| 2.2.4 16S rRNA基因克隆文库的构建 | 第24-26页 |
| 2.2.5 变性梯度凝胶电泳（DGGE） | 第26-27页 |
| 2.2.6 肠道细菌的分离培养及分子鉴定 | 第27-29页 |
| 2.2.7 序列分析及系统进化树的构建 | 第29-30页 |
| 2.2.8 肠道样品高通量测序 | 第30-32页 |
| 第3章 结果和分析 | 第32-68页 |
| 3.1 不同发育阶段养殖大黄鱼肠道、饲料及养殖水体细菌 16S rRNA基因克隆文库的构建与分析 | 第32-51页 |
| 3.1.1 克隆文库RFLP结果分析 | 第32-33页 |
| 3.1.2 OTUs和多样性指数分析 | 第33-35页 |
| 3.1.3 各克隆文库细菌构成 | 第35-38页 |
| 3.1.4 系统进化分析 | 第38-51页 |
| 3.2 大黄鱼肠道细菌的分离培养 | 第51-54页 |
| 3.2.1 菌落形态记录、分类和计数 | 第51页 |
| 3.2.2 细菌的分离与纯化 | 第51-52页 |
| 3.2.3 RFLP分析 | 第52页 |
| 3.2.4 OTUs分析 | 第52-53页 |
| 3.2.5 序列比对和系统进化分析 | 第53-54页 |
| 3.3 不同发育阶段养殖大黄鱼肠道、饲料及养殖水体中细菌 16S rRNA基因的DGGE图谱分析 | 第54-58页 |
| 3.3.1 PCR扩增结果 | 第54页 |
| 3.3.2 DGGE图谱与聚类分析 | 第54-56页 |
| 3.3.3 序列分析 | 第56-58页 |
| 3.4 一龄和12日龄养殖大黄鱼肠道样品细菌 16S rRNA基因V4--V5区的高通量测序 | 第58-68页 |
| 3.4.1 细菌多样性统计分析 | 第58-60页 |
| 3.4.2 肠道细菌群落不同分类层次的组成与分布 | 第60-68页 |
| 第4章 讨论 | 第68-72页 |
| 4.1 大黄鱼肠道细菌群落结构 | 第68-69页 |
| 4.2 大黄鱼不同发育阶段肠道细菌的群落结构及动态变化 | 第69页 |
| 4.3 大黄鱼养殖水体及饲料中细菌的群落结构 | 第69-70页 |
| 4.4 不同研究方法的比较 | 第70-72页 |
| 第5章 小结 | 第72-75页 |
| 5.1 不同发育阶段养殖大黄鱼肠道、饲料及养殖水体细菌 16S rRNA基因克隆文库的构建与分析 | 第72页 |
| 5.2 大黄鱼肠道细菌的分离培养 | 第72-73页 |
| 5.3 不同发育阶段养殖大黄鱼肠道、饲料及养殖水体中细菌 16S rRNA基因的DGGE图谱分析 | 第73页 |
| 5.4 一龄和12日龄养殖大黄鱼肠道样品细菌 16S rRNA基因V4-V5区的高通量测序62致谢 | 第73-75页 |
| 致谢 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-84页 |
| 附录 | 第84-95页 |
| 在学期间发表论文 | 第95页 |
