| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略词表（Abbreviation） | 第8-9页 |
| 1 前言 | 第9-21页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第9-10页 |
| 1.2 文献综述 | 第10-19页 |
| 1.2.1 反转座基因 | 第10-12页 |
| 1.2.2 新基因的起源 | 第12-14页 |
| 1.2.3 新基因的演化过程 | 第14-15页 |
| 1.2.4 DNA甲基化及其机制 | 第15-17页 |
| 1.2.5 二代测序中基因组甲基化测序的几种常规方法 | 第17-19页 |
| 1.3 研究目的和意义 | 第19-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-25页 |
| 2.1 猪反转座拷贝的鉴定 | 第21-22页 |
| 2.2 Ka、Ks估算及选择压力计算 | 第22页 |
| 2.3 甲基化数据的获取和分析 | 第22-23页 |
| 2.4 相对甲基化分歧度 | 第23页 |
| 2.5 GO富集分析 | 第23-24页 |
| 2.6 统计学分析 | 第24-25页 |
| 3 结果 | 第25-38页 |
| 3.1 猪中反转座新基因的鉴定 | 第25-26页 |
| 3.2 基因起源的年限的估计 | 第26页 |
| 3.3 反转座功能基因的鉴定 | 第26-28页 |
| 3.4 新基因的功能富集和信号通路分析 | 第28-31页 |
| 3.5 反转座基因和其父基因的甲基化修饰模式的建立 | 第31-33页 |
| 3.6 反转座基因启动子区域的甲基化水平的变化趋势 | 第33-34页 |
| 3.7 重复基因的甲基化水平分歧度与选择压力的关系的分析 | 第34-35页 |
| 3.8 DNA甲基化与反转座基因表达水平之间的关系的探究 | 第35-36页 |
| 3.9 反转座基因呈现组织特异性表达 | 第36-37页 |
| 3.10 启动子DNA甲基化水平与反转座基因的表达水平之间的关系的研究 | 第37-38页 |
| 4 讨论 | 第38-45页 |
| 4.1 在猪基因组中反转座新基因的爆发 | 第38页 |
| 4.2 大多数反转座基因可能是功能基因 | 第38-39页 |
| 4.3 有助于肌肉和脂肪的发育的反转座新基因因人工或自然选择而被保留了下来 | 第39-40页 |
| 4.4 DNA甲基化水平的变化有利于反转座基因的起源和存活 | 第40-42页 |
| 4.5 反转座基因的启动子区域的DNA甲基化水平随着演化时间的推移而变化 | 第42页 |
| 4.6 基因体DNA甲基化分歧度与选择压力有关 | 第42-43页 |
| 4.7 DNA甲基化调控反转座基因的表达 | 第43-45页 |
| 5 结论 | 第45-46页 |
| 参考文献 | 第46-51页 |
| 致谢 | 第51页 |
