| 摘要 | 第1-8页 |
| ABSTRACT | 第8-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-26页 |
| ·异化铁还原作用 | 第13-18页 |
| ·异化铁还原的概念 | 第13页 |
| ·异化铁还原菌及多样性 | 第13-15页 |
| ·异化铁还原机理 | 第15-16页 |
| ·异化铁还原菌的生理学多样性 | 第16页 |
| ·异化铁还原的环境生态学意义 | 第16-18页 |
| ·水稻土与异化铁还原作用关系 | 第18页 |
| ·梭菌的研究进展 | 第18-19页 |
| ·芽孢杆菌的研究进展 | 第19-20页 |
| ·研究微生物群落结构的分子生物学技术 | 第20-24页 |
| ·末端限制性片段长度多态性（T-RFLPs） | 第21页 |
| ·单链构象多态性（SSCP） | 第21-22页 |
| ·随机引物扩增多态性（RAPD） | 第22页 |
| ·限制性片段长度多态性分析（ARDRA） | 第22页 |
| ·变性梯度凝胶电泳（DGGE） | 第22-23页 |
| ·实时荧光定量 PCR | 第23-24页 |
| ·本研究的目的意义、研究内容和技术路线 | 第24-26页 |
| ·研究的目的意义 | 第24页 |
| ·研究内容 | 第24-25页 |
| ·实验的技术路线 | 第25-26页 |
| 第二章 材料与方法 | 第26-32页 |
| ·材料 | 第26-28页 |
| ·供试土壤 | 第26页 |
| ·试剂 | 第26-27页 |
| ·主要仪器设备 | 第27页 |
| ·菌种和 PCR 扩增引物 | 第27页 |
| ·主要应用软件 | 第27-28页 |
| ·试验方法 | 第28-32页 |
| ·土样的采集 | 第28页 |
| ·厌氧恒温培养及土样中 Fe（Ⅲ）还原量测定 | 第28页 |
| ·感受态细胞的制备 | 第28页 |
| ·土壤微生物总 DNA 的提取和纯化 | 第28-29页 |
| ·可培养梭菌和芽孢杆菌的 16S rDNA 的 PCR 扩增 | 第29页 |
| ·PCR 产物的变性梯度凝胶电泳（DGGE）分析 | 第29-30页 |
| ·切胶回收测序 | 第30页 |
| ·多样性指数统计分析 | 第30页 |
| ·系统发育树的构建 | 第30页 |
| ·实时定量 PCR | 第30-32页 |
| 第三章 结果与分析 | 第32-50页 |
| ·不同淹水时间的土壤中铁还原特征 | 第32页 |
| ·不同淹水时间水稻土中可培养梭菌和芽孢杆菌的 PCR 扩增 | 第32-33页 |
| ·不同淹水时间水稻土中可培养梭菌的 DGGE 及相似性聚类分析 | 第33-35页 |
| ·不同淹水时间水稻土中可培养芽孢杆菌 DGGE 及相似性聚类分析 | 第35-36页 |
| ·不同淹水时间水稻土中可培养细菌的α多样性分析 | 第36-38页 |
| ·不同淹水时间水稻土中可培养梭菌和芽孢杆菌优势条带的演替变化 | 第38-41页 |
| ·可培养梭菌优势条带的演替变化 | 第38-40页 |
| ·可培养芽孢杆菌优势条带的演替变化 | 第40-41页 |
| ·不同淹水时间处理的 PCA 分析 | 第41-43页 |
| ·不同淹水时间水稻土中优势菌的系统发育树 | 第43-48页 |
| ·优势梭菌的系统发育树 | 第43-46页 |
| ·优势芽孢杆菌的系统发育树 | 第46-48页 |
| ·不同淹水时间水稻土中可培养梭菌和芽孢杆菌的丰度变化 | 第48-50页 |
| ·可培养梭菌的丰度变化 | 第48页 |
| ·可培养芽孢杆菌的丰度变化 | 第48-50页 |
| 第四章 讨论 | 第50-55页 |
| ·培养方法对水稻土中细菌多样性的影响 | 第50页 |
| ·不同水稻土中同种菌的群落结构的变化 | 第50-51页 |
| ·相同水稻土中不同菌的群落结构及丰度的变化 | 第51页 |
| ·淹水时间对水稻土中可培养细菌群落结构多样性的影响 | 第51-53页 |
| ·淹水时间对水稻土中可培养细菌优势类群的影响 | 第53-54页 |
| ·可培养细菌的丰度变化与 Fe（Ⅲ）还原能力的关系 | 第54-55页 |
| 第五章 结论与展望 | 第55-57页 |
| 1. 本研究的主要结论 | 第55页 |
| 2. 研究展望 | 第55-57页 |
| 参考文献 | 第57-62页 |
| 附录 | 第62-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 作者简介 | 第65页 |
