| 中文摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 目录 | 第8-10页 |
| 第一章 前言 | 第10-24页 |
| 1.1 群体遗传学(Population Genetics) | 第10-15页 |
| 1.1.1 哈迪-温伯格平衡(The Hardy-Weinberg Equilibrium) | 第10-11页 |
| 1.1.2 中性理论(The Neutral Theory) | 第11-12页 |
| 1.1.3 溯祖理论(The Coalescent Theory) | 第12页 |
| 1.1.4 自然选择(Natural Selection) | 第12-15页 |
| 1.2 景观遗传学(Landscape Genetics) | 第15-18页 |
| 1.2.1 地理隔离和生态隔离(Isolation by Geography and Isolation by Ecology,IBDand IBE) | 第15-16页 |
| 1.2.2 频度梯度变异(Clinal Variation) | 第16-18页 |
| 1.3 气候变化适应(Adaptation to Climate Change) | 第18-19页 |
| 1.4 同倍体杂交物种形成(Homoploid Hybrid Speciation) | 第19-20页 |
| 1.5 松柏类植物(Coniferous Species) | 第20-22页 |
| 1.5.1 油松(Chinese pine,Pinus tabulaeformis Carr.) | 第21页 |
| 1.5.2 高山松(High mountain pine,Pinus densata Mast.) | 第21-22页 |
| 1.6 本研究的目的(Study questions) | 第22-24页 |
| 第二章 材料方法 | 第24-41页 |
| 2.1 研究材料 | 第24-25页 |
| 2.1.1 油松 | 第24页 |
| 2.1.2 高山松 | 第24-25页 |
| 2.1.3 云南松 | 第25页 |
| 2.2 采样以及气候环境数据收集 | 第25-27页 |
| 2.2.1 采样 | 第25-27页 |
| 2.2.2 气候环境数据 | 第27页 |
| 2.3 测序 | 第27-34页 |
| 2.3.1 松树胚乳单倍体DNA提取 | 第27-29页 |
| 2.3.2 基因选取和引物设计 | 第29页 |
| 2.3.3 PCR扩增,产物纯化以及测序 | 第29-34页 |
| 2.4 数据处理 | 第34-41页 |
| 2.4.1 序列比对和注释 | 第34页 |
| 2.4.2 遗传多样性分析 | 第34-35页 |
| 2.4.3 连锁与重组 | 第35页 |
| 2.4.4 群体遗传结构 | 第35-36页 |
| 2.4.5 三个进化时间尺度检测选择信号 | 第36-39页 |
| 2.4.6 景观遗传分析 | 第39-41页 |
| 2.4.6.1 物种分布模拟(Species distribution modeling) | 第39-40页 |
| 2.4.6.2 环境因子和基因频率的关联分析 | 第40-41页 |
| 第三章 研究结果 | 第41-52页 |
| 3.1 核苷酸多样性(Intraspecific genetic diversity) | 第41-43页 |
| 3.2 种间分化(Interspecific genetic divergence) | 第43-45页 |
| 3.3 近代的本地选择信号 | 第45-47页 |
| 3.4 古代选择信号 | 第47-48页 |
| 3.5 基因流 | 第48-49页 |
| 3.6 物种分布模拟 | 第49-52页 |
| 第四章 讨论 | 第52-57页 |
| 4.1 核苷酸多态性 | 第52-53页 |
| 4.2 连锁不平衡 | 第53-54页 |
| 4.3 适应性渗入(Adaptive introgression)以及高山松适应于青藏高原的旱寒环境 | 第54-57页 |
| 第五章 总结与展望 | 第57-59页 |
| 参考文献 | 第59-66页 |
| 在学期间的研究成果 | 第66-67页 |
| 致谢 | 第67-69页 |
| 附件 | 第69-76页 |
