| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第1章 绪论 | 第10-16页 |
| 第2章 理论基础和计算方法 | 第16-24页 |
| 2.1 分子动力学方法 | 第16-17页 |
| 2.2 模拟的物理体系 | 第17-19页 |
| 2.2.1 Lennrad—Jones 势能函数 | 第17-18页 |
| 2.2.2 截断和远程相关 | 第18-19页 |
| 2.3 周期性边界条件 | 第19-21页 |
| 2.3.1 最小映像法则 | 第20页 |
| 2.3.2 表面几何图形 | 第20-21页 |
| 2.4 时间积分算法 | 第21-24页 |
| 2.4.1 Verlet 算法 | 第21-23页 |
| 2.4.2 预测矫正算法 | 第23-24页 |
| 第3章 拉伸分子动力学模拟两种状态下的甲硫氨酸转运蛋白 | 第24-36页 |
| 3.1 建立模型和实验过程 | 第24-25页 |
| 3.2 结果和讨论 | 第25-36页 |
| 3.2.1 构象稳定性和结构柔韧性 | 第25-26页 |
| 3.2.2 蛋白质中各个结构域总体构象变化 | 第26-31页 |
| 3.2.3 在 MetNI 态中的核苷酸结合域二聚体和 C2 域二聚体的 含义 | 第31-33页 |
| 3.2.4 在 MetN.met 态中 C2 域里的底物位置情况 | 第33-36页 |
| 第4章 结论 | 第36-39页 |
| 参考文献 | 第39-45页 |
| 攻读学位期间发表论文 | 第45-46页 |
| 致谢 | 第46页 |
