| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略表 | 第14-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-23页 |
| 1.1 绿肥的研究进展 | 第15-16页 |
| 1.2 植物与微生物互作体系 | 第16-18页 |
| 1.2.1 土壤微生物研究进展 | 第16-17页 |
| 1.2.2 根际微生物研究进展 | 第17页 |
| 1.2.3 植物内生菌研究进展 | 第17-18页 |
| 1.3 植物固氮菌研究进展 | 第18-19页 |
| 1.4 微生物多样性及其研究方法 | 第19-21页 |
| 1.4.1 微生物多样性 | 第19页 |
| 1.4.2 微生物多样性的研究方法 | 第19-20页 |
| 1.4.3 Illumina测序技术的发展与应用 | 第20-21页 |
| 1.5 研究目的与意义 | 第21-22页 |
| 1.6 技术路线 | 第22-23页 |
| 第二章 实验材料与方法 | 第23-32页 |
| 2.1 实验材料 | 第23-24页 |
| 2.1.1 实验地点描述及样品采集 | 第23页 |
| 2.1.2 实验试剂 | 第23-24页 |
| 2.1.3 实验仪器 | 第24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-32页 |
| 2.2.1 土壤理化性质的测定方法 | 第24-25页 |
| 2.2.2 土壤固氮酶活性的测定方法 | 第25页 |
| 2.2.3 基因组DNA提取与检测 | 第25-26页 |
| 2.2.4 PCR预扩增(Polymerase Chain Reaction) | 第26-27页 |
| 2.2.5 目的基因回收纯化 | 第27页 |
| 2.2.6 克隆文库的建立 | 第27-28页 |
| 2.2.7 定量PCR（Quantitative Polymerase Chain Reaction） | 第28-29页 |
| 2.2.8 聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳PCR-DGGE | 第29-30页 |
| 2.2.9 Illumina Miseq测序准备 | 第30-31页 |
| 2.2.10 测序数据处理 | 第31-32页 |
| 第三章 水稻根系不同部位微生物群落结构分析 | 第32-39页 |
| 3.1 散土、根际土和水稻根内生菌的DNA提取 | 第32-33页 |
| 3.2 高通量测序结果与分析 | 第33-37页 |
| 3.2.1 高通量测序情况概述 | 第33-34页 |
| 3.2.2 水稻根系微生物不同空间分布群落结构分析 | 第34-36页 |
| 3.2.3 水稻根系微生物不同空间分布关联OTU及群落组成分析 | 第36-37页 |
| 3.3 讨论 | 第37-39页 |
| 第四章 不同绿肥对水稻根系微生物群落的影响 | 第39-55页 |
| 4.1 不同绿肥对水稻根际微生物群落的影响 | 第39-45页 |
| 4.1.1 不同绿肥处理下的水稻根际土微生物多样性分析 | 第39-40页 |
| 4.1.2 不同绿肥处理下水稻根际土微生物群落结构分析 | 第40-45页 |
| 4.2 不同绿肥对水稻根内生菌群落结构的影响 | 第45-49页 |
| 4.2.1 不同绿肥处理下的水稻根内生菌多样性及丰富度统计分析 | 第45-47页 |
| 4.2.2 不同绿肥处理下的水稻根内生菌群落结构分析 | 第47页 |
| 4.2.3 不同绿肥处理下的水稻根内生菌群落组成分析 | 第47-49页 |
| 4.3 不同绿肥稻田散土微生物群落结构的影响 | 第49-53页 |
| 4.3.1 土壤理化性质 | 第49-50页 |
| 4.3.2 不同绿肥处理下的稻田散土微生物多样性及数量分析 | 第50-52页 |
| 4.3.3 不同绿肥处理下的稻田微生物群落结构分析 | 第52页 |
| 4.3.4 不同绿肥处理下的稻田散土微生物群落组成分析 | 第52-53页 |
| 4.4 讨论 | 第53-55页 |
| 第五章 不同绿肥对水稻根系固氮菌群落结构的影响 | 第55-60页 |
| 5.1 定量PCR的方法研究水稻根系微生物中nifH基因的拷贝数 | 第55-56页 |
| 5.2 DGGE的方法研究水稻根系微生物群落结构 | 第56-59页 |
| 5.2.1 nifH基因的PCR扩增 | 第56-57页 |
| 5.2.2 水稻根系固氮菌DGGE图谱及多样性分析。 | 第57-59页 |
| 5.3 讨论 | 第59-60页 |
| 第六章 全文结论 | 第60-62页 |
| 参考文献 | 第62-69页 |
| 附录 | 第69-83页 |
| 致谢 | 第83-84页 |
| 作者简历 | 第84页 |
