| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-27页 |
| 1.1 牛脂肪生成与脂肪组织发育 | 第13-15页 |
| 1.1.1 脂肪组织和脂肪细胞的发育与分化 | 第13-14页 |
| 1.1.2 脂肪生成的调控机制 | 第14-15页 |
| 1.2 牛脂肪组织转录组学研究现状 | 第15-16页 |
| 1.3 长链非编码RNA研究现状 | 第16-26页 |
| 1.3.1 lncRNA的定义及特点 | 第16-18页 |
| 1.3.2 lncRNA的调控机制 | 第18-21页 |
| 1.3.3 lncRNA在各种生物学过程中发挥作用 | 第21-24页 |
| 1.3.4 lncRNA在牛上的研究进展 | 第24-26页 |
| 1.4 本研究的目的、意义及内容 | 第26-27页 |
| 1.4.1 研究的目的及意义 | 第26页 |
| 1.4.2 研究主要内容 | 第26-27页 |
| 第二章 秦川牛不同脂肪组织差异表达基因的筛选和鉴定 | 第27-53页 |
| 2.1 前言 | 第27页 |
| 2.2 材料与方法 | 第27-33页 |
| 2.2.1 试验动物及样本采集 | 第27页 |
| 2.2.2 转录组测序 | 第27-29页 |
| 2.2.3 测序数据的统计与分析 | 第29-31页 |
| 2.2.4 差异表达基因的功能富集分析 | 第31页 |
| 2.2.5 差异表达基因的qRT-PCR定量验证 | 第31-32页 |
| 2.2.6 主要仪器 | 第32-33页 |
| 2.2.7 主要试剂 | 第33页 |
| 2.3 结果与分析 | 第33-49页 |
| 2.3.1 RNA提取质量检测 | 第33页 |
| 2.3.2 测序原始数据质量评估 | 第33-35页 |
| 2.3.3 测序序列与参考基因组的比对 | 第35-36页 |
| 2.3.4 转录本的拼接及表达情况 | 第36-37页 |
| 2.3.5 差异表达基因的筛选和功能富集分析 | 第37-44页 |
| 2.3.6 差异表达基因的鉴定 | 第44-47页 |
| 2.3.7 单核苷酸变异和插入缺失突变的分析 | 第47-49页 |
| 2.4 讨论 | 第49-52页 |
| 2.4.1 链特异性转录组测序技术 | 第49-50页 |
| 2.4.2 成年牛不同部位脂肪组织转录组差异 | 第50-51页 |
| 2.4.3 不同年龄段牛皮下脂肪组织转录组差异 | 第51-52页 |
| 2.4.4 牛脂肪组织单核苷酸变异和插入缺失突变 | 第52页 |
| 2.5 小结 | 第52-53页 |
| 第三章 秦川牛不同脂肪组织差异表达长链非编码RNA的筛选和鉴定 | 第53-75页 |
| 3.1 前言 | 第53页 |
| 3.2 材料与方法 | 第53-56页 |
| 3.2.1 试验样本及总RNA提取 | 第53页 |
| 3.2.2 lncRNA筛选 | 第53-55页 |
| 3.2.3 lncRNA序列结构分析 | 第55页 |
| 3.2.4 lncRNA表达量计算及差异表达lncRNA的筛选 | 第55页 |
| 3.2.5 lncRNA邻近基因的筛选和功能富集分析 | 第55-56页 |
| 3.2.6 lncRNA表达的实时定量验证 | 第56页 |
| 3.2.7 主要仪器、试剂 | 第56页 |
| 3.3 结果与分析 | 第56-70页 |
| 3.3.1 牛脂肪组织表达lncRNA的筛选 | 第56-57页 |
| 3.3.2 牛脂肪组织长链非编码RNA序列结构分析 | 第57-60页 |
| 3.3.3 不同脂肪组织差异表达lncRNA的筛选及其邻近基因的功能富集分析 | 第60-67页 |
| 3.3.4 差异表达lncRNA的鉴定 | 第67-70页 |
| 3.4 讨论 | 第70-73页 |
| 3.4.1 牛脂肪组织lncRNA的筛选 | 第70-71页 |
| 3.4.2 牛脂肪组织lncRNA染色体分布 | 第71页 |
| 3.4.3 牛脂肪组织lncRNA序列特征 | 第71-72页 |
| 3.4.4 牛脂肪组织lncRNA表达模式及功能预测 | 第72-73页 |
| 3.5 小结 | 第73-75页 |
| 第四章Lnc_625 miRNA结合位点验证 | 第75-84页 |
| 4.1 前言 | 第75页 |
| 4.2 材料与方法 | 第75-79页 |
| 4.2.1 试验材料 | 第75页 |
| 4.2.2 试验方法 | 第75-78页 |
| 4.2.3 主要仪器、试剂 | 第78-79页 |
| 4.3 结果与分析 | 第79-82页 |
| 4.3.1 Lnc_625 在牛皮下脂肪组织特异性表达 | 第79-80页 |
| 4.3.2 Lnc_625 序列miRNA结合位点分析 | 第80页 |
| 4.3.3 测序及序列分析比对 | 第80-81页 |
| 4.3.4 Lnc625 与bta-miR-125b作用验证结果 | 第81-82页 |
| 4.4 讨论 | 第82-83页 |
| 4.4.1 miRNA靶基因的预测 | 第82页 |
| 4.4.2 miRNA靶基因的验证 | 第82-83页 |
| 4.5 小结 | 第83-84页 |
| 第五章 牛生长发育性状相关候选基因遗传变异分析 | 第84-96页 |
| 5.1 前言 | 第84页 |
| 5.2 材料与方法 | 第84-86页 |
| 5.2.1 试验材料 | 第84页 |
| 5.2.2 DNA提取和基因遗传变异的扫描 | 第84-85页 |
| 5.2.3 基因分型 | 第85-86页 |
| 5.2.4 数据统计与分析 | 第86页 |
| 5.3 结果与分析 | 第86-94页 |
| 5.3.1 SNP的筛查 | 第86-88页 |
| 5.3.2 遗传变异的基因分型 | 第88-89页 |
| 5.3.3 群体遗传学参数分析 | 第89-90页 |
| 5.3.4 遗传变异与牛生长和胴体性状的关联分析 | 第90-94页 |
| 5.4 讨论 | 第94页 |
| 5.4.1 IGFALS基因遗传变异效应分析 | 第94页 |
| 5.4.2 NCAPG基因遗传变异效应分析 | 第94页 |
| 5.5 小结 | 第94-96页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第96-98页 |
| 6.1 结论 | 第96-97页 |
| 6.2 创新点 | 第97页 |
| 6.3 进一步研究内容 | 第97-98页 |
| 参考文献 | 第98-113页 |
| 附录 | 第113-123页 |
| 缩略词表 | 第123-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 个人简介 | 第125页 |
