磷烯与蛋白质相互作用的分子动力学模拟研究
| 致谢 | 第5-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 1 绪论 | 第11-22页 |
| 1.1 引言 | 第11-13页 |
| 1.2 生物大分子与物理学 | 第13-17页 |
| 1.2.1 生物分子结合类型 | 第13-14页 |
| 1.2.2 自由能与吉布斯函数 | 第14-16页 |
| 1.2.3 水与氢键 | 第16-17页 |
| 1.3 新兴纳米材料——磷烯 | 第17-20页 |
| 1.4 研究方法和内容 | 第20-22页 |
| 2 分子动力学模拟技术 | 第22-41页 |
| 2.1 分子动力学简介 | 第22-23页 |
| 2.2 量子力学模拟方法 | 第23-27页 |
| 2.2.1 H-F方程 | 第24-26页 |
| 2.2.2 密度泛函理论(DFT) | 第26-27页 |
| 2.3 经典力学模拟方法 | 第27-29页 |
| 2.3.1 蒙特卡洛方法(MC) | 第28页 |
| 2.3.2 分子力学方法(MM) | 第28页 |
| 2.3.3 分子动力学模拟方法(MD) | 第28-29页 |
| 2.3.4 布朗动力学方法(BD) | 第29页 |
| 2.4 分子动力学基本原理 | 第29-30页 |
| 2.5 运动方程与算法 | 第30-31页 |
| 2.6 周期性边界条件 | 第31-32页 |
| 2.7 势函数与力场 | 第32-37页 |
| 2.7.1 非成键势能(UVDW) | 第33页 |
| 2.7.2 键长势能(Ubond) | 第33-34页 |
| 2.7.3 键角势能(Uangle) | 第34-35页 |
| 2.7.4 二面角势能(Udihedral) | 第35-36页 |
| 2.7.5 库仑能(U_(ele)) | 第36-37页 |
| 2.7.6 其它势能(U_(res)) | 第37页 |
| 2.8 初始条件 | 第37页 |
| 2.9 统计力学与系综理论 | 第37-39页 |
| 2.9.1 温度耦合 | 第38-39页 |
| 2.9.2 压力耦合 | 第39页 |
| 2.10 GROMACS简介 | 第39-41页 |
| 3 磷烯与WW domain蛋白质相互作用研究 | 第41-57页 |
| 3.1 模型与方法 | 第41-43页 |
| 3.2 磷烯对WW domain纳米毒性研究 | 第43-56页 |
| 3.2.1 竞争吸附 | 第45-51页 |
| 3.2.2 结构破坏 | 第51-56页 |
| 3.3 小结 | 第56-57页 |
| 4 磷烯与HP35蛋白质相互作用研究 | 第57-64页 |
| 4.1 模型与方法 | 第57-58页 |
| 4.2 磷烯对HP35纳米毒性研究 | 第58-60页 |
| 4.3 磷烯与石墨烯比较研究 | 第60-63页 |
| 4.4 小结 | 第63-64页 |
| 总结和展望 | 第64-66页 |
| 参考文献 | 第66-69页 |
