| 摘要 | 第4-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第一章 绪论 | 第14-20页 |
| 1.1 引言 | 第14-15页 |
| 1.2 内含子 | 第15-16页 |
| 1.2.1 内含子的起源和进化 | 第15页 |
| 1.2.2 内含子存在的意义和功能 | 第15-16页 |
| 1.3 微小非编码RNA | 第16-17页 |
| 1.3.1 microRNA | 第16页 |
| 1.3.2 siRNA | 第16页 |
| 1.3.3 piRNA | 第16-17页 |
| 1.4 长非编码RNA | 第17页 |
| 1.5 环状RNA | 第17-18页 |
| 1.6 论文的研究内容与安排 | 第18-20页 |
| 第二章 研究方法 | 第20-23页 |
| 2.1 比对方法 | 第20-21页 |
| 2.2 最佳匹配频数分布 | 第21页 |
| 2.3 信息熵分析 | 第21-22页 |
| 2.4 分析序列差异的方法 | 第22-23页 |
| 第三章 线虫外显子和内含子之间的序列匹配偏好与EJC结合区域的关系 | 第23-37页 |
| 3.1 基因序列数据 | 第23-24页 |
| 3.2 结果 | 第24-33页 |
| 3.2.1 线虫核糖核蛋白基因内含子位置和长度对EJC位置的影响 | 第24-26页 |
| 3.2.2 最佳匹配片段特征 | 第26-28页 |
| 3.2.3 最佳匹配片段的序列结构 | 第28页 |
| 3.2.4 最佳匹配区域的GC含量对外显子连接序列F值的影响 | 第28-30页 |
| 3.2.5 最佳匹配区域CG二核苷酸对外显子连接序列F值的影响 | 第30-31页 |
| 3.2.6 最佳匹配区域参数λ_(CG)对外显子连接序列F值的影响 | 第31-32页 |
| 3.2.7 对比所有内含子 | 第32-33页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第33-37页 |
| 3.3.1 最佳匹配片段的生物学意义 | 第33-34页 |
| 3.3.2 EJC结合区域 | 第34页 |
| 3.3.3 共同进化关系 | 第34页 |
| 3.3.4 竞争和协作机制 | 第34-35页 |
| 3.3.5 剪切后内含子的功能 | 第35-37页 |
| 第四章 核糖核蛋白基因mRNA序列与相应内含子的序列匹配偏好 | 第37-49页 |
| 4.1 基因序列数据 | 第37-39页 |
| 4.2 结果 | 第39-46页 |
| 4.2.1 mRNA上最佳匹配频率分布 | 第39-40页 |
| 4.2.2 编码序列的最佳匹配频率分布 | 第40-42页 |
| 4.2.3 翻译起始区域 | 第42-43页 |
| 4.2.4 翻译终止区域 | 第43-44页 |
| 4.2.5 外显子连接处 | 第44-46页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第46-49页 |
| 第五章 内含子长度进化机制 | 第49-59页 |
| 5.1 结果 | 第49-57页 |
| 5.1.1 内含子序列上最佳匹配频率分布 | 第49-51页 |
| 5.1.2 内含子序列的进化 | 第51-55页 |
| 5.1.3 内含子结构特征 | 第55-56页 |
| 5.1.4 内含子长进化机制 | 第56-57页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第57-59页 |
| 第六章 mRNA序列与相应内含子的序列匹配普适性分析 | 第59-74页 |
| 6.1 基因序列数据 | 第59-60页 |
| 6.2 结果 | 第60-71页 |
| 6.2.1 最佳匹配片段长度、配对率和GC含量分析 | 第60-63页 |
| 6.2.2 最佳匹配区域的GC含量对mRNA序列F值的影响 | 第63-66页 |
| 6.2.3 翻译起始区域最佳匹配频率分布 | 第66-68页 |
| 6.2.4 翻译终止区域最佳匹配频率分布 | 第68-71页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第71-74页 |
| 第七章 总结和展望 | 第74-77页 |
| 7.1 工作总结 | 第74-75页 |
| 7.2 工作展望 | 第75-77页 |
| 参考文献 | 第77-90页 |
| 致谢 | 第90-91页 |
| 作者攻读博士学位期间发表和完成的论文目录 | 第91-92页 |
