| 摘要 | 第8-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 第1章 绪论 | 第11-16页 |
| 1.1 系统开发背景 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外同类课题状况 | 第12-13页 |
| 1.3 本文的主要工作 | 第13-15页 |
| 1.4 论文的组织结构 | 第15-16页 |
| 第2章 宏基因组测序与序列拼接综述 | 第16-24页 |
| 2.1 测序技术简介 | 第16-21页 |
| 2.1.1 Sanger测序 | 第16-17页 |
| 2.1.2 第二代测序技术 | 第17-19页 |
| 2.1.3 第三代测序技术 | 第19-20页 |
| 2.1.4 测序技术的选择 | 第20-21页 |
| 2.2 宏基因组序列拼接 | 第21-22页 |
| 2.3 宏基因组数据分析及其挑战 | 第22页 |
| 2.4 Meta-ARCS的目标和解决的问题 | 第22-24页 |
| 第3章 针对NGS数据的全局拼接算法 | 第24-40页 |
| 3.1 De Bruijn图策略 | 第24-25页 |
| 3.2 概念和符号定义 | 第25-26页 |
| 3.3 基因组拼接软件ACRS | 第26-33页 |
| 3.3.1 Build condensed de Bruijn graph | 第27页 |
| 3.3.2 Linearization | 第27页 |
| 3.3.3 gap closure | 第27-29页 |
| 3.3.4 ARCS间隙填充 | 第29-32页 |
| 3.3.5 数据纠错 | 第32-33页 |
| 3.4 第二代测序数据的序列拼接软件 | 第33-40页 |
| 3.4.1 SOAPdenovo2 | 第33-35页 |
| 3.4.2 MetaVelvet | 第35-36页 |
| 3.4.3 IDBA_UD | 第36-38页 |
| 3.4.4 SPAdes | 第38-40页 |
| 第4章 MetaARCS实现与测试 | 第40-56页 |
| 4.1 Meta-ARCS总体思路 | 第40-42页 |
| 4.1.1 差分分析 | 第40-42页 |
| 4.1.2 Binning模块 | 第42页 |
| 4.2 测序数据集 | 第42-44页 |
| 4.2.1 数据及其来源 | 第42-43页 |
| 4.2.2 FSATQ格式和FASTA格式文件 | 第43-44页 |
| 4.3 拼接结果分析 | 第44-54页 |
| 4.3.1 评价方法 | 第44-45页 |
| 4.3.2 测试流程 | 第45-47页 |
| 4.3.3 每个物种结果分析 | 第47-54页 |
| 4.4 拼接结果小结 | 第54-56页 |
| 第5章 总结与展望 | 第56-58页 |
| 5.1 总结 | 第56-57页 |
| 5.2 展望 | 第57-58页 |
| 参考文献 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60-61页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文和其他科研成果 | 第61-62页 |
| 攻读硕士期间参加的课题 | 第62-63页 |
| 附件 | 第63页 |