| 缩略词表 | 第9-11页 |
| 摘要 | 第11-15页 |
| 英文摘要 | 第15-19页 |
| 第一章 研究背景与立题依据 | 第20-34页 |
| 1.1 研究背景 | 第20-30页 |
| 1.1.1 硫循环简介 | 第20-22页 |
| 1.1.2 海洋中的二甲基巯基丙酸内盐(DMSP)、二甲基硫(DMS)和丙烯酸 | 第22-25页 |
| 1.1.2.1 DMSP的来源 | 第22-23页 |
| 1.1.2.2 DMSP的生理功能 | 第23页 |
| 1.1.2.3 DMSP和DMS在海洋硫循环中的重要作用 | 第23-25页 |
| 1.1.3 海洋细菌对DMSP的降解 | 第25-26页 |
| 1.1.4 DMSP裂解酶 | 第26-27页 |
| 1.1.4.1 DMSP裂解酶的分类 | 第26-27页 |
| 1.1.4.2 DMSP裂解酶DddP | 第27页 |
| 1.1.5 丙烯酸的碳源属性和胞内毒性 | 第27-28页 |
| 1.1.6 海洋细菌对丙烯酸的代谢 | 第28-29页 |
| 1.1.7 丙烯酸代谢相关酶简介 | 第29-30页 |
| 1.1.7.1 AcuN-AcuK途径的关键酶AcuN和AcuK | 第29-30页 |
| 1.1.7.2 PrpE-AcuI途径的关键酶PrpE和AcuI | 第30页 |
| 1.2 立题依据及研究内容 | 第30-34页 |
| 1.2.1 立题依据 | 第30-32页 |
| 1.2.2 研究内容 | 第32-34页 |
| 第二章 海洋玫瑰杆菌类群细菌DMSP裂解酶DddP催化DMSP裂解的分子机制 | 第34-58页 |
| 2.1 引言 | 第34页 |
| 2.2 材料与方法 | 第34-44页 |
| 2.2.1 菌株与载体 | 第34-35页 |
| 2.2.2 主要药品和试剂盒 | 第35-36页 |
| 2.2.3 主要仪器设备 | 第36页 |
| 2.2.4 主要分析软件 | 第36-37页 |
| 2.2.5 培养基的配制 | 第37页 |
| 2.2.6 基因克隆、表达载体构建及突变体构建 | 第37-38页 |
| 2.2.7 RT-qPCR检测 | 第38-39页 |
| 2.2.8 蛋白异源表达及纯化 | 第39-40页 |
| 2.2.9 酶活检测及酶学性质分析 | 第40-41页 |
| 2.2.10 蛋白质结晶及数据收集 | 第41-43页 |
| 2.2.11 晶体结构解析及数据提交 | 第43页 |
| 2.2.12 金属离子检测 | 第43页 |
| 2.2.13 圆二色谱分析 | 第43-44页 |
| 2.3 结果与分析 | 第44-56页 |
| 2.3.1 RldddP基因的生物信息学分析 | 第44页 |
| 2.3.2 RldddP基因功能的确定 | 第44-45页 |
| 2.3.3 RlDddP酶学性质分析 | 第45-48页 |
| 2.3.4 RlDddP整体结构 | 第48-51页 |
| 2.3.5 RlDddP催化中心关键氨基酸的作用 | 第51-53页 |
| 2.3.6 RlDddP催化过程中的iron-shift现象 | 第53-54页 |
| 2.3.7 RlDddP裂解DMSP的分子机制 | 第54-56页 |
| 2.4 讨论 | 第56-58页 |
| 第三章 M24金属蛋白酶来源的DMSP裂解酶DddP的进化机制 | 第58-70页 |
| 3.1 引言 | 第58页 |
| 3.2 材料与方法 | 第58-61页 |
| 3.2.1 菌株与载体 | 第58页 |
| 3.2.2 主要药品和试剂盒 | 第58-59页 |
| 3.2.3 主要仪器设备 | 第59页 |
| 3.2.4 主要分析软件 | 第59页 |
| 3.2.5 培养基的配制 | 第59页 |
| 3.2.6 基因克隆、表达载体构建 | 第59页 |
| 3.2.7 RT-qPCR检测 | 第59-60页 |
| 3.2.8 蛋白异源表达及纯化 | 第60页 |
| 3.2.9 酶活检测 | 第60页 |
| 3.2.10 蛋白质结晶及数据收集 | 第60页 |
| 3.2.11 晶体结构解析及数据提交 | 第60页 |
| 3.2.12 系统发生分析 | 第60-61页 |
| 3.2.13 蛋白三维结构比较分析 | 第61页 |
| 3.3 结果与分析 | 第61-69页 |
| 3.3.1 RldddP基因的胞内qPCR检测 | 第61-62页 |
| 3.3.2 RlDddP蛋白酶活性的体外酶活检测 | 第62页 |
| 3.3.3 RlDddP蛋白的系统发生分析 | 第62-65页 |
| 3.3.4 RlDddP与典型M24金属蛋白酶的结构比较 | 第65-68页 |
| 3.3.5 RlDddP进化的分子机制 | 第68-69页 |
| 3.4 讨论 | 第69-70页 |
| 第四章 海洋玫瑰杆菌类群细菌胞内代谢丙烯酸的分子机制 | 第70-100页 |
| 4.1 引言 | 第70-71页 |
| 4.2 材料与方法 | 第71-75页 |
| 4.2.1 菌株与载体 | 第71页 |
| 4.2.2 主要药品和试剂盒 | 第71页 |
| 4.2.3 主要仪器设备 | 第71页 |
| 4.2.4 主要分析软件 | 第71页 |
| 4.2.5 培养基的配制 | 第71页 |
| 4.2.6 基因克隆、表达载体构建及突变体构建 | 第71-72页 |
| 4.2.7 RT-qPCR检测 | 第72-73页 |
| 4.2.8 蛋白质异源表达及纯化 | 第73页 |
| 4.2.9 酶活检测及酶学性质分析 | 第73-74页 |
| 4.2.10 蛋白质结晶及数据收集 | 第74-75页 |
| 4.2.11 晶体结构解析及数据提交 | 第75页 |
| 4.2.12 圆二色谱分析 | 第75页 |
| 4.3 结果与分析 | 第75-97页 |
| 4.3.1 丙烯酸代谢相关功能基因在海洋玫瑰杆菌类群中的丰度 | 第75-77页 |
| 4.3.2 丙烯酸代谢相关功能基因的qPCR验证 | 第77-78页 |
| 4.3.3 丙烯酸代谢相关功能基因PrpE和AcuI的体外酶活检测 | 第78-80页 |
| 4.3.4 辅酶A连接酶PrpE整体结构 | 第80-83页 |
| 4.3.5 烯酰辅酶A还原酶AcuI整体结构 | 第83-87页 |
| 4.3.6 辅酶A连接酶PrpE关键氨基酸分析 | 第87-92页 |
| 4.3.7 辅酶A连接酶PrpE催化丙烯酸与辅酶A生成丙烯酰辅酶A的分子机制 | 第92-94页 |
| 4.3.8 烯酰辅酶A还原酶AcuI关键氨基酸分析 | 第94-97页 |
| 4.3.9 烯酰辅酶A还原酶AcuI还原丙烯酰辅酶A生成丙酸辅酶A的分子机制 | 第97页 |
| 4.4 讨论 | 第97-100页 |
| 第五章 海洋玫瑰杆菌类群细菌分解代谢DMSP的动力学调控机制 | 第100-112页 |
| 5.1 引言 | 第100-101页 |
| 5.2 材料与方法 | 第101-103页 |
| 5.2.1 菌株与载体 | 第101页 |
| 5.2.2 主要药品和试剂盒 | 第101页 |
| 5.2.3 主要仪器设备 | 第101页 |
| 5.2.4 主要分析软件 | 第101-102页 |
| 5.2.5 培养基的配制 | 第102页 |
| 5.2.6 基因克隆与表达载体构建 | 第102页 |
| 5.2.7 蛋白质异源表达及纯化 | 第102页 |
| 5.2.8 酶的动力学参数的测定 | 第102-103页 |
| 5.3 结果与分析 | 第103-111页 |
| 5.3.1 不同来源的DMSP裂解酶、辅酶A连接酶PrpE和烯酰辅酶A还原酶AcuI的K_m值的计算和比较 | 第103-107页 |
| 5.3.2 不同来源的DMSP裂解酶、辅酶A连接酶PrpE和烯酰辅酶A还原酶AcuI的k_(cat)K_m值的计算和比较 | 第107-108页 |
| 5.3.3 海洋玫瑰杆菌类群细菌DMSP代谢的动力学调控模型 | 第108-110页 |
| 5.3.4 辅酶A连接酶PrpE和烯酰辅酶A还原酶AcuI的分布及丰度 | 第110-111页 |
| 5.4 讨论 | 第111-112页 |
| 全文总结及展望 | 第112-114页 |
| 参考文献 | 第114-124页 |
| 在读期间发表论文及主要获奖情况 | 第124-126页 |
| 致谢 | 第126-128页 |
| 附件 | 第128-141页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第141页 |
