蛋白质微秒级折叠过程的模拟研究
| 中文摘要 | 第1-8页 |
| Abstract | 第8-10页 |
| 第一章 综述 | 第10-16页 |
| ·蛋白质的折叠 | 第10-12页 |
| ·模拟蛋白质折叠的模型 | 第12-16页 |
| ·简单模型 | 第12-13页 |
| ·晶格模型 | 第13-14页 |
| ·去晶格极简化模型 | 第14页 |
| ·原子级模拟模型 | 第14-16页 |
| 第二章 基本理论 | 第16-32页 |
| ·分子动力学模拟理论 | 第16-19页 |
| ·介绍 | 第16页 |
| ·统计力学理论 | 第16-18页 |
| ·积分算法 | 第18-19页 |
| ·生物分子的势能函数 | 第19-21页 |
| ·溶剂模型 | 第21-26页 |
| ·隐性水溶剂框架的关键近似 | 第22页 |
| ·广义伯恩(GB)模型的理论基础 | 第22-25页 |
| ·盐效应 | 第25页 |
| ·计算非极化部分 | 第25-26页 |
| ·GB模型的应用 | 第26-27页 |
| ·蛋白质的设计和折叠模拟 | 第26页 |
| ·研究大分子的大范围运动 | 第26-27页 |
| ·构象取样 | 第27-28页 |
| ·高温分子动力学法 | 第27-28页 |
| ·蒙特卡罗(Monte Carlo,MC)方法 | 第28页 |
| ·构象分析 | 第28-30页 |
| ·相似度测量 | 第29页 |
| ·聚类分析 | 第29-30页 |
| ·模拟所用硬件 | 第30页 |
| ·图形处理单元(GPU)：一个数据并行的计算设备 | 第30页 |
| ·CUDA：GPU计算的一种新架构和可程序化模型 | 第30页 |
| ·模拟所用软件 | 第30-32页 |
| 第三章 蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟 | 第32-44页 |
| ·引言 | 第32页 |
| ·计算细节 | 第32-33页 |
| ·结果与讨论 | 第33-42页 |
| ·模拟的折叠态与实验晶体结构比较 | 第33-35页 |
| ·温度和能量 | 第35-37页 |
| ·均方根偏差(RMSD) | 第37-39页 |
| ·氢键分析 | 第39-41页 |
| ·聚类分析(Cluster analysis) | 第41-42页 |
| ·小结 | 第42-44页 |
| 第四章 总结与展望 | 第44-46页 |
| 参考文献 | 第46-52页 |
| 攻读硕士学位期间发表的学术论文 | 第52-54页 |
| 致谢 | 第54-55页 |
