| 缩略词 | 第1-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 1 研究背景 | 第12-15页 |
| 2 材料与方法 | 第15-27页 |
| ·样本菌株及参照菌株数据来源 | 第15-18页 |
| ·临床分离株 | 第15-17页 |
| ·BCG疫苗株 | 第17页 |
| ·NCBI已经公布数据 | 第17-18页 |
| ·样本菌株培养及基因组DNA提取 | 第18-20页 |
| ·罗氏培养基制备 | 第19-20页 |
| ·基因组DNA提取 | 第20页 |
| ·目标基因序列扩增 | 第20-23页 |
| ·PCR引物设计 | 第21页 |
| ·PCR反应体系 | 第21页 |
| ·PCR反应条件 | 第21-23页 |
| ·PCR产物检测及测序 | 第23页 |
| ·测序结果检查及拼装 | 第23-24页 |
| ·蛋白抗原编码基因序列中人T/B细胞抗原表位区的确定 | 第24页 |
| ·测序数据分析 | 第24-27页 |
| ·数据初步处理 | 第24-25页 |
| ·序列alignment处理 | 第25页 |
| ·SNP突变信息的注释 | 第25页 |
| ·蛋白编码基因中T/B细胞抗原表位序列截取 | 第25页 |
| ·序列变异对T/B细胞表位区的影响 | 第25-26页 |
| ·蛋白抗原编码基因中不同序列区的dN和dS值计算 | 第26-27页 |
| 3 结果 | 第27-54页 |
| ·PCR引物序列 | 第27-28页 |
| ·蛋白抗原编码基因信息 | 第28-29页 |
| ·蛋白抗原编码基因中的人T/B细胞表位分布信息 | 第29-41页 |
| ·MPT64基因 | 第29-30页 |
| ·pstS1基因 | 第30-32页 |
| ·Ag85基因家族 | 第32-35页 |
| ·ESAT6基因 | 第35-37页 |
| ·CFP10基因 | 第37-39页 |
| ·14kDa基因 | 第39-41页 |
| ·蛋白抗原编码基因中的序列变异 | 第41-45页 |
| ·MPT64基因 | 第41-42页 |
| ·pstS1基因 | 第42页 |
| ·Ag85基因家族 | 第42-43页 |
| ·ESAT6基因 | 第43-44页 |
| ·CFP10基因 | 第44页 |
| ·14kDa基因 | 第44-45页 |
| ·蛋白抗原编码基因中的T/B细胞抗原表位区的多态性 | 第45-54页 |
| ·MPT64基因 | 第45-46页 |
| ·pstSl基因 | 第46-48页 |
| ·Ag85基因家族 | 第48-51页 |
| ·ESAT6基因 | 第51-52页 |
| ·CFP10基因 | 第52页 |
| ·14kDa基因 | 第52-54页 |
| 4 讨论 | 第54-62页 |
| 小结 | 第62-63页 |
| 参考文献 | 第63-67页 |
| 文献综述 | 第67-75页 |
| 参考文献 | 第72-75页 |
| 已发表论文 | 第75-77页 |
| 附件 | 第77-90页 |
| 附录 | 第90-99页 |
| 附录1. 合并序列脚本 | 第90-91页 |
| 附录2. 方向调整脚本 | 第91-92页 |
| 附录3. 批量Clustal Alignment脚本 | 第92-93页 |
| 附录4. 基因区序列截取脚本 | 第93-94页 |
| 附录5. 基因序列中插入或缺失突变信息获取脚本 | 第94-95页 |
| 附录6. 细胞抗原表位基因定位画图脚本 | 第95-96页 |
| 附录7. 细胞表位区及非细胞表位区提取及合并脚本 | 第96-97页 |
| 附录8. SNP突变注释脚本 | 第97-99页 |
| 致谢 | 第99页 |
