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结核分枝杆菌八种蛋白抗原中人T/B细胞抗原表位多态性研究

缩略词第1-6页
中文摘要第6-9页
ABSTRACT第9-12页
1 研究背景第12-15页
2 材料与方法第15-27页
   ·样本菌株及参照菌株数据来源第15-18页
     ·临床分离株第15-17页
     ·BCG疫苗株第17页
     ·NCBI已经公布数据第17-18页
   ·样本菌株培养及基因组DNA提取第18-20页
     ·罗氏培养基制备第19-20页
     ·基因组DNA提取第20页
   ·目标基因序列扩增第20-23页
     ·PCR引物设计第21页
     ·PCR反应体系第21页
     ·PCR反应条件第21-23页
   ·PCR产物检测及测序第23页
   ·测序结果检查及拼装第23-24页
   ·蛋白抗原编码基因序列中人T/B细胞抗原表位区的确定第24页
   ·测序数据分析第24-27页
     ·数据初步处理第24-25页
     ·序列alignment处理第25页
     ·SNP突变信息的注释第25页
     ·蛋白编码基因中T/B细胞抗原表位序列截取第25页
     ·序列变异对T/B细胞表位区的影响第25-26页
     ·蛋白抗原编码基因中不同序列区的dN和dS值计算第26-27页
3 结果第27-54页
   ·PCR引物序列第27-28页
   ·蛋白抗原编码基因信息第28-29页
   ·蛋白抗原编码基因中的人T/B细胞表位分布信息第29-41页
     ·MPT64基因第29-30页
     ·pstS1基因第30-32页
     ·Ag85基因家族第32-35页
     ·ESAT6基因第35-37页
     ·CFP10基因第37-39页
     ·14kDa基因第39-41页
   ·蛋白抗原编码基因中的序列变异第41-45页
     ·MPT64基因第41-42页
     ·pstS1基因第42页
     ·Ag85基因家族第42-43页
     ·ESAT6基因第43-44页
     ·CFP10基因第44页
     ·14kDa基因第44-45页
   ·蛋白抗原编码基因中的T/B细胞抗原表位区的多态性第45-54页
     ·MPT64基因第45-46页
     ·pstSl基因第46-48页
     ·Ag85基因家族第48-51页
     ·ESAT6基因第51-52页
     ·CFP10基因第52页
     ·14kDa基因第52-54页
4 讨论第54-62页
小结第62-63页
参考文献第63-67页
文献综述第67-75页
 参考文献第72-75页
已发表论文第75-77页
附件第77-90页
附录第90-99页
 附录1. 合并序列脚本第90-91页
 附录2. 方向调整脚本第91-92页
 附录3. 批量Clustal Alignment脚本第92-93页
 附录4. 基因区序列截取脚本第93-94页
 附录5. 基因序列中插入或缺失突变信息获取脚本第94-95页
 附录6. 细胞抗原表位基因定位画图脚本第95-96页
 附录7. 细胞表位区及非细胞表位区提取及合并脚本第96-97页
 附录8. SNP突变注释脚本第97-99页
致谢第99页

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