| 附件 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 英文缩略表 | 第14-16页 |
| 第一章 文献综述 | 第16-30页 |
| ·杂种优势 | 第16-17页 |
| ·杂种优势的概念及表现 | 第16页 |
| ·杂种优势的衡量指标 | 第16-17页 |
| ·水稻杂种优势的发现与利用 | 第17页 |
| ·杂种优势机理的遗传假说 | 第17-18页 |
| ·显性假说 | 第17-18页 |
| ·超显性假说 | 第18页 |
| ·上位性假说 | 第18页 |
| ·杂种优势的研究方法 | 第18-24页 |
| ·QTL 定位 | 第18-19页 |
| ·转录组学 | 第19-21页 |
| ·蛋白组学 | 第21-23页 |
| ·表观遗传学 | 第23-24页 |
| ·水稻杂种优势的研究进展 | 第24-26页 |
| ·QTL 效应与水稻杂种优势 | 第24页 |
| ·基因表达水平与水稻杂种优势 | 第24-25页 |
| ·蛋白质表达水平与杂种优势 | 第25页 |
| ·等位基因变异与水稻杂种优势 | 第25-26页 |
| ·表观遗传调控与水稻杂种优势 | 第26页 |
| ·水稻根系杂种优势的研究进展 | 第26页 |
| ·水稻根系抗非生物胁迫的研究进展 | 第26-28页 |
| ·水稻根系抗旱研究进展 | 第27页 |
| ·水稻根系抗营养胁迫的研究进展 | 第27-28页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第28-30页 |
| 第二章 不同水分条件下水稻苗期根系性状的 QTL 分析 | 第30-38页 |
| ·材料与方法 | 第30-34页 |
| ·材料 | 第30页 |
| ·试验设计 | 第30页 |
| ·测定 | 第30-31页 |
| ·数据统计及 QTL 分析 | 第31-34页 |
| ·结果与分析 | 第34-36页 |
| ·亲本与 RIL 群体根系性状的表型分析 | 第34页 |
| ·根系性状间的相关分析 | 第34页 |
| ·两种水分处理条件下水稻根系性状的 QTL 分析 | 第34-36页 |
| ·讨论 | 第36-38页 |
| 第三章 超级稻协优 9308 根系中基因差异表达与杂种优势关系 | 第38-62页 |
| ·材料与方法 | 第38-43页 |
| ·供试材料 | 第38页 |
| ·试验方法 | 第38-43页 |
| ·结果与分析 | 第43-55页 |
| ·超级稻协优 9308 及亲本的表型分析 | 第43页 |
| ·Solexa 测序结果分析 | 第43-46页 |
| ·超级稻协优 9308 及亲本的转录谱分析 | 第46-47页 |
| ·差异表达基因（Differentially expressed genes, DEGs）鉴定 | 第47-51页 |
| ·DG_(HP)的功能分类 | 第51-52页 |
| ·DG_(HP)参与的代谢途经分析 | 第52-55页 |
| ·qRT-PCR 验证 | 第55页 |
| ·讨论 | 第55-62页 |
| ·DG_(HP)的比较分析 | 第55-57页 |
| ·碳代谢与杂种优势 | 第57-59页 |
| ·植物激素信号转导与杂种优势 | 第59-60页 |
| ·重要 DG_(HP)与产量和根系性状 QTLs 的对应关系 | 第60-62页 |
| 第四章 超级稻协优 9308 转录组 SNP 分析及等位基因特异性表达 | 第62-80页 |
| ·材料与方法 | 第62-63页 |
| ·供试材料 | 第62页 |
| ·试验方法 | 第62-63页 |
| ·结果与分析 | 第63-78页 |
| ·转录组 SNP 鉴定 | 第63-65页 |
| ·SNPs 的比较验证 | 第65-68页 |
| ·等位基因偏向性表达与亲本差异相关 | 第68-75页 |
| ·杂交种协优 9308 中等位基因特异性表达分析 | 第75-78页 |
| ·讨论 | 第78-80页 |
| 第五章 全文结论与研究展望 | 第80-82页 |
| ·结论 | 第80-81页 |
| ·QTL 定位 | 第80页 |
| ·差异基因表达及功能分析 | 第80页 |
| ·根系杂种优势候选基因 | 第80-81页 |
| ·超级稻协优 9308 中等位基因特异性表达 | 第81页 |
| ·研究展望 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-95页 |
| 致谢 | 第95-96页 |
| 作者简历 | 第96页 |
