| 摘要 | 第1-7页 |
| Abstract | 第7-14页 |
| 第一部分 文献综述 | 第14-37页 |
| 1. 干旱胁迫 | 第14-21页 |
| ·干旱对烟草生产的影响 | 第14-15页 |
| ·植物响应干旱的主要机理 | 第15-18页 |
| ·抗氧化防御机能 | 第15页 |
| ·渗透调节机能 | 第15-16页 |
| ·干旱胁迫响应蛋白 | 第16-18页 |
| ·干旱诱导基因的表达调控 | 第18-21页 |
| ·植物干旱胁迫信号的识别与转导 | 第18-19页 |
| ·干旱胁迫相关基因的表达调控 | 第19-21页 |
| 2. mRNA数字基因表达谱(DGE) | 第21-22页 |
| ·mRNA数字基因表达谱的特点 | 第21页 |
| ·mRNA数字基因表达谱的应用 | 第21-22页 |
| 3. miRNA概述 | 第22-35页 |
| ·miRNA的发现 | 第22-23页 |
| ·miRNA的特点 | 第23页 |
| ·miRNA的合成 | 第23-25页 |
| ·miRNA的作用机制 | 第25-26页 |
| ·miRNA指导靶mRNA的切割 | 第25页 |
| ·miRNA指导抑制mRNA的翻译 | 第25-26页 |
| ·miRNA的分离和鉴定方法 | 第26-33页 |
| ·正向遗传筛选法 | 第26-27页 |
| ·直接克隆法 | 第27页 |
| ·生物信息学预测 | 第27-28页 |
| ·miRNA高通量测序 | 第28-30页 |
| ·miRNA的杂交检测技术 | 第30-31页 |
| ·反转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术 | 第31-33页 |
| ·miRNA靶基因预测 | 第33页 |
| ·miRNA与逆境胁迫 | 第33-35页 |
| 4. 本研究目的和意义 | 第35-36页 |
| 5. 试验技术路线 | 第36-37页 |
| 第二部分 材料与方法 | 第37-52页 |
| 1. 试验材料 | 第37页 |
| ·供试材料 | 第37页 |
| ·主要仪器设备 | 第37页 |
| 2. 试验方法 | 第37-52页 |
| ·理化指标的测定 | 第37-38页 |
| ·总RNA的制备 | 第38-39页 |
| ·数字基因表达谱筛选干旱胁迫的差异表达基因 | 第39-46页 |
| ·数字基因表达谱实验原理 | 第39-40页 |
| ·数字基因表达谱生物信息学分析 | 第40-43页 |
| ·数字基因表达谱(DGE)测序结果验证 | 第43-46页 |
| ·干旱胁迫下的miRNA分析 | 第46-52页 |
| ·miRNA深度测序 | 第46-47页 |
| ·miRNA深度测序结果的生物信息学分析 | 第47-52页 |
| ·序列初步分析 | 第47页 |
| ·miRNA的鉴定 | 第47-48页 |
| ·miRNA测序结果验证 | 第48-51页 |
| ·miRNA的靶基因预测 | 第51-52页 |
| 第三部分 结果与分析 | 第52-80页 |
| 1. 干旱胁迫条件下烟草根系的生理生化指标检测和分析 | 第52-53页 |
| 2. 总RNA提取质量分析 | 第53-54页 |
| 3. 数字基因表达谱(DGE) | 第54-61页 |
| ·DGE测序数据统计 | 第54-55页 |
| ·测序饱和度分析 | 第55-56页 |
| ·DGE标签与烟草参考基因组数据库的比对 | 第56-57页 |
| ·基因表达动态分析与测序结果验证 | 第57-59页 |
| ·Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第59页 |
| ·Pathway显著性富集分析 | 第59-61页 |
| 4. miRNA表达谱 | 第61-80页 |
| ·Small RNA测序结果 | 第61-63页 |
| ·干旱胁迫响应的miRNA验证及表达动态分析 | 第63-73页 |
| ·干旱胁迫响应miRNAs的靶基因 | 第73-80页 |
| 第四部分 讨论 | 第80-95页 |
| 1. 干旱胁迫方式与取样时间点的选择 | 第80页 |
| 2. 数字基因表达谱(DGE)技术在本研究中的应用 | 第80-93页 |
| ·表达基因比对到参考烟草基因组上的数据分析 | 第80-81页 |
| ·GO功能显著性富集 | 第81页 |
| ·Pathway显著性富集 | 第81-82页 |
| ·差异表达基因的转录因子(TFs)在干旱胁迫下的可能功能 | 第82-89页 |
| ·干旱应答候选基因(DRGs) | 第89-93页 |
| 3. miRNA表达谱在本研究中的应用 | 第93页 |
| 4. 干旱胁迫的基因调控网络 | 第93-94页 |
| 5. 下一步研究设想 | 第94-95页 |
| 第五部分 结论 | 第95-97页 |
| 参考文献 | 第97-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文 | 第111页 |
