| 摘要 | 第1-7页 |
| ABSTRACT | 第7-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-57页 |
| ·计算机模拟方法 | 第12-27页 |
| ·分子动力学模拟方法 | 第12-26页 |
| ·布朗动力学模拟方法 | 第26-27页 |
| ·选题根据及背景介绍 | 第27-45页 |
| ·尿素对纤维素长链包合作用分子动力学研究的背景介绍及选题依据 | 第27-31页 |
| ·2 拉伸分子动力学研究金属离子对凝血酶适配体稳定性的研究背景及选题依据 | 第31-37页 |
| ·通过布朗动力学研究蛋白质和配体分子结合动力学的研究背景及选题依据 | 第37-44页 |
| ·4 通过布朗动力学研究由柔性链链接的两端配体分子和蛋白质结合动力学的背景知识及选题依据 | 第44-45页 |
| 参考文献 | 第45-57页 |
| 第2章 尿素包裹纤维素的氢键相互作用的研究 | 第57-75页 |
| ·引言 | 第57-58页 |
| ·MD 模型与研究方法 | 第58-59页 |
| ·结果与讨论 | 第59-69页 |
| ·系统的合理性 | 第59-61页 |
| ·氢键类型 | 第61-64页 |
| ·纤维素-尿素包合化合物 | 第64-65页 |
| ·温度对尿素分子包合作用的影响 | 第65-69页 |
| ·小结 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-75页 |
| 第3章 拉伸分子动力学研究金属离子对凝血酶适配体的稳定作用 | 第75-85页 |
| ·前言 | 第75-76页 |
| ·模型及方法 | 第76-77页 |
| ·结果和讨论 | 第77-81页 |
| ·小结 | 第81-82页 |
| 参考文献 | 第82-85页 |
| 第4章 蛋白质配体分子小角度反应区域的结合动力学 | 第85-99页 |
| ·前言 | 第85-88页 |
| ·模型及算法 | 第88-92页 |
| ·结果与讨论 | 第92-96页 |
| ·球对称的反应区域 | 第92-93页 |
| ·小角度反应区域 | 第93-96页 |
| ·小结 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-99页 |
| 第5章 柔性链链接蛋白质子区域与配体分子结合动力学 | 第99-111页 |
| ·前言 | 第99-102页 |
| ·模型和方法 | 第102-104页 |
| ·结果与讨论 | 第104-108页 |
| ·柔性链为高斯链模型 | 第104-105页 |
| ·柔性链为蠕虫链模型 | 第105-108页 |
| ·小结 | 第108-109页 |
| 参考文献 | 第109-111页 |
| 致谢 | 第111-113页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的研究成果 | 第113-114页 |
