| 中文摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-8页 |
| 第一章 绪论 | 第8-18页 |
| ·生命科学与物理学 | 第8-9页 |
| ·生物大分子的特点以及 21 世纪研究热点内容 | 第9-12页 |
| ·计算机模拟方法简述 | 第12-14页 |
| ·分子动力学模拟在蛋白质构象变化方面的应用 | 第14-15页 |
| ·水对蛋白质构象变化的背景和意义 | 第15-17页 |
| ·本论文研究的目的和内容 | 第17-18页 |
| 第二章 分子动力学模拟的理论基础 | 第18-23页 |
| ·基本原理 | 第18-19页 |
| ·力场 | 第19页 |
| ·积分算法 | 第19-21页 |
| ·周期性边界条件及积分步长 | 第21-22页 |
| ·系综 | 第22-23页 |
| 第三章 水对 barstar 蛋白构象的影响 | 第23-41页 |
| ·背景介绍 | 第23-24页 |
| ·模型建立、模拟方法及分析方法 | 第24-33页 |
| ·模型建立 | 第24-25页 |
| ·模拟方法 | 第25-26页 |
| ·分析方法 | 第26-33页 |
| ·结果和讨论 | 第33-40页 |
| ·本章小结 | 第40-41页 |
| 参考文献 | 第41-46页 |
| 致谢 | 第46页 |