| 摘要 | 第1-9页 |
| ABSTRACT | 第9-12页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-24页 |
| ·重复序列概述及分类 | 第12页 |
| ·转座子的功能及分类 | 第12-14页 |
| ·转座子的鉴定、分类及注释 | 第14-21页 |
| ·重复序列库的构建 | 第15-19页 |
| ·重复序列的校正和分类 | 第19页 |
| ·基因组注释 | 第19页 |
| ·使用流程(Pipeline)完成转座子的鉴定、分类和注释 | 第19-21页 |
| ·家蚕转座子研究 | 第21-24页 |
| 第2章 引言 | 第24-28页 |
| ·研究背景 | 第24页 |
| ·研究目的和意义 | 第24-25页 |
| ·研究目的 | 第24-25页 |
| ·研究意义 | 第25页 |
| ·主要研究内容 | 第25页 |
| ·研究思路与实验技术路线 | 第25-28页 |
| ·研究思路 | 第25-26页 |
| ·技术路线 | 第26-28页 |
| 第3章 家蚕转座子数据库BmTEdb的构建 | 第28-38页 |
| ·数据及软件 | 第28-29页 |
| ·数据 | 第28页 |
| ·软件 | 第28-29页 |
| ·方法 | 第29-31页 |
| ·已报道家蚕转座子的收集整理 | 第29页 |
| ·家蚕重复序列库的构建 | 第29-30页 |
| ·重复序列的校正和分类 | 第30-31页 |
| ·家蚕转座子数据库BmTEdb的构建 | 第31页 |
| ·结果与分析 | 第31-36页 |
| ·家蚕转座子的鉴定及分类 | 第31-33页 |
| ·家蚕转座子数据库BmTEdb的功能概述 | 第33-34页 |
| ·家蚕转座子数据库BmTEdb的浏览功能 | 第34页 |
| ·家蚕转座子数据库BmTEdb的关键词搜索功能 | 第34页 |
| ·家蚕转座子数据库BmTEdb提供的序列分析工具 | 第34-36页 |
| ·讨论 | 第36-38页 |
| 第4章 家蚕LTR逆转录转座子的鉴定、分类及系统发育分析 | 第38-52页 |
| ·材料与试剂 | 第38-39页 |
| ·材料 | 第38-39页 |
| ·试剂 | 第39页 |
| ·方法 | 第39-42页 |
| ·LTR逆转录转座子的鉴定及家族分类 | 第39页 |
| ·各家族全长(Full-length)和单独(Solo)元件的鉴定及家族拷贝数鉴定 | 第39-40页 |
| ·序列比对及系统发育分析 | 第40页 |
| ·LTR逆转录转座子各家族插入时间的估计 | 第40页 |
| ·LTR逆转录转座子的插入偏好性和转录活性分析 | 第40-42页 |
| ·结果与分析 | 第42-49页 |
| ·家蚕基因组中LTR逆转录转座子的鉴定和家族分类 | 第42页 |
| ·LTR逆转录转座子的分布及比例 | 第42-45页 |
| ·昆虫LTR逆转录转座子的系统发育分析 | 第45页 |
| ·LTR逆转录转座子各家族插入时间的估计 | 第45页 |
| ·LTR逆转录转座子的插入偏好性和转录活性分析 | 第45-49页 |
| ·讨论 | 第49-52页 |
| 第5章 综合与结论 | 第52-54页 |
| 论文创新点 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-68页 |
| 附录 | 第68-70页 |
| 在读期间参加课题及发表论文情况 | 第70-72页 |
| 致谢 | 第72-73页 |
