| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-9页 |
| 1 绪论 | 第9-13页 |
| ·研究背景 | 第9-10页 |
| ·国内外研究现状 | 第10-12页 |
| ·课题主要研究工作 | 第12页 |
| ·文章的框架结构 | 第12-13页 |
| 2 序列比对问题的分析研究 | 第13-24页 |
| ·密码子与蛋白质和核苷酸的关系 | 第13-16页 |
| ·序列相似性 | 第16页 |
| ·序列比对 | 第16-18页 |
| ·计分系统 | 第18-23页 |
| ·小结 | 第23-24页 |
| 3 使用密码子替代矩阵的多序列比对程序 | 第24-35页 |
| ·C-Muscle 的缘起：密码子替代矩阵 | 第24-25页 |
| ·多序列比对算法的选择 | 第25-27页 |
| ·C-Muscle 构建方法 | 第27-34页 |
| ·小结 | 第34-35页 |
| 4 密码子替代矩阵自动评价系统 | 第35-49页 |
| ·自动评价系统的流程和构建 | 第35-37页 |
| ·评价用标准序列数据库的选择 | 第37-38页 |
| ·序列格式的转换 | 第38-40页 |
| ·氨基酸序列对应核苷酸序列的获取 | 第40-41页 |
| ·实验结果 | 第41-49页 |
| 5 总结与展望 | 第49-50页 |
| ·全文总结 | 第49页 |
| ·展望 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-56页 |
| 附录 攻读学位期间发表学术论文目录 | 第56页 |