| 摘要 | 第1-13页 |
| Abstract | 第13-15页 |
| 第一章 前言 | 第15-28页 |
| ·LTR类反转录转座子的类型、结构特点和转座机制 | 第15-17页 |
| ·LTR类反转录转座子的类型 | 第15页 |
| ·LTR类反转录转座子的结构特点 | 第15-16页 |
| ·LTR类反转录转座子的转座机制 | 第16-17页 |
| ·LTR反转录转座子的特性 | 第17-20页 |
| ·广泛存在于高等生物基因组中 | 第17页 |
| ·高拷贝性 | 第17-18页 |
| ·高异质性 | 第18-20页 |
| ·垂直传递和水平传递 | 第20页 |
| ·反转录转座子的活性及其对基因组的影响 | 第20-23页 |
| ·反转录转座子的活性 | 第20-22页 |
| ·反转录转座子的活性及其对基因组的影响 | 第22-23页 |
| ·植物反转录转座子在功能基因组学中的应用 | 第23-24页 |
| ·基于反转录转座子的分子标记类型及其应用 | 第24-27页 |
| ·序列特异扩增多态性 | 第25页 |
| ·反转录转座子位点间扩增多态性 | 第25-26页 |
| ·反转录转座子微卫星扩增多态性 | 第26页 |
| ·基于反转录转座子插入多态性 | 第26-27页 |
| ·本研究的目的意义 | 第27-28页 |
| 第二章 草莓基因组中LTR反转录转座子的分离 | 第28-54页 |
| ·材料与方法 | 第28-32页 |
| ·植物材料 | 第28页 |
| ·引物 | 第28-29页 |
| ·草莓叶片总DNA的提取及检测 | 第29-30页 |
| ·PCR反应 | 第30页 |
| ·PCR特异DNA片段的回收 | 第30页 |
| ·PCR产物克隆测序 | 第30-32页 |
| ·序列比较与分析 | 第32页 |
| ·结果与分析 | 第32-49页 |
| ·草莓DNA的质量和完整性的检测 | 第32-33页 |
| ·RT基因PCR扩增体系的优化 | 第33-37页 |
| ·序列比对和系统进化分析 | 第37-49页 |
| ·讨论 | 第49-52页 |
| ·TyI组反转录转座子PCR扩增中的假阳性现象 | 第49-50页 |
| ·LTR反转录转座子的异质性 | 第50-51页 |
| ·草莓种间亲缘关系及进化 | 第51-52页 |
| ·小结 | 第52-54页 |
| 第三章 草莓基因组中LTR反转录转座子的拷贝数及其在基因组中所占比例的分析 | 第54-67页 |
| ·材料与方法 | 第54-59页 |
| ·植物材料 | 第54页 |
| ·草莓基因组模板DNA的制备 | 第54-55页 |
| ·草莓叶片总DNA的检测 | 第55页 |
| ·DNA斑点印迹 | 第55-56页 |
| ·DNA的交联 | 第56页 |
| ·杂交探针的制备 | 第56页 |
| ·Southern斑点杂交 | 第56-58页 |
| ·洗膜 | 第58-59页 |
| ·杂交信号的获得 | 第59页 |
| ·结果与分析 | 第59-63页 |
| ·总DNA样品的质量、浓度和完整性检测 | 第59-61页 |
| ·探针的制备 | 第61-62页 |
| ·Southern斑点杂交结果与拷贝数的计算 | 第62-63页 |
| ·讨论 | 第63-66页 |
| ·用于印迹的总DNA质量 | 第63-64页 |
| ·杂交信号强弱的分析 | 第64-65页 |
| ·草莓基因组中存在高拷贝的Ty1组和Ty3组反转录转座子 | 第65-66页 |
| ·小结 | 第66-67页 |
| 第四章 草莓基因组中LTR反转录转座子转录活性分析 | 第67-83页 |
| ·材料和方法 | 第67-70页 |
| ·植物材料 | 第67页 |
| ·愈伤组织的诱导 | 第67-68页 |
| ·激素处理叶片 | 第68页 |
| ·草莓叶片总RNA的提取及检测 | 第68-69页 |
| ·RT-PCR | 第69-70页 |
| ·PCR产物特异DNA片段的回收 | 第70页 |
| ·PCR产物克隆测序 | 第70页 |
| ·序列比较与分析 | 第70页 |
| ·结果与分析 | 第70-80页 |
| ·RNA的质量和完整性的检测 | 第70-71页 |
| ·RT-PCR对表达活性的检测 | 第71-75页 |
| ·序列比对和系统进化分析 | 第75-80页 |
| ·讨论 | 第80-82页 |
| ·DNA污染对RT-PCR反应的影响 | 第80-81页 |
| ·胁迫激活反转录转座子的转录活性 | 第81页 |
| ·草莓中有转录活性的Ty1组反转录转座子RT序列的进化分析 | 第81-82页 |
| ·小结 | 第82-83页 |
| 第五章 结论及创新点 | 第83-85页 |
| ·结论 | 第83页 |
| ·创新点 | 第83页 |
| ·下一步研究设想 | 第83-85页 |
| 参考文献 | 第85-94页 |
| 附录 | 第94-95页 |
| 攻读博士期间发表的文章 | 第95-96页 |
| 致谢 | 第96页 |
