| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7页 |
| LIST OF ABBREVIATION | 第10-14页 |
| CHAPTER 1 INTRODUCTION | 第14-17页 |
| CHAPTER 2 Identification and Diagnosis of Plant Pathogenic Bacteria Causing Rice Diseases | 第17-21页 |
| 2.1 Introduction | 第17-18页 |
| 2.2 First Report of Burkholderia gladioli Causing Rice Panicle Blight and Grain Discoloration in China | 第18-21页 |
| CHAPTER 3 Precision Genome wide DNA Methylations Characterization of Burkholderia glumae Using Single Molecule Real Time (SMRT) Sequencing | 第21-57页 |
| 3.1 Introduction | 第21-34页 |
| 3.1.1 Rice Bacterial Panicle Blight | 第21-24页 |
| 3.1.2 Epigenetic | 第24-25页 |
| 3.1.3 DNA Methylation | 第25-28页 |
| 3.1.4 Restriction-Modification Systems | 第28-29页 |
| 3.1.5 Third Generation Sequencing Technology | 第29-34页 |
| 3.2 Materials and Methods | 第34-37页 |
| 3.2.1 Strain growth condition and Genomic DNA Extraction | 第34页 |
| 3.2.2 DNA Dot blot assay | 第34页 |
| 3.2.3 DNA library preparation and sequencing | 第34-35页 |
| 3.2.4 Bioinformatic analyses of SMRT sequencing | 第35-36页 |
| 3.2.5 Functional enrichment analysis of the methylated promoter operons | 第36页 |
| 3.2.6 Metabolic Pathway Analysis | 第36-37页 |
| 3.3 Results | 第37-55页 |
| 3.3.1 Preliminary Analysis | 第37-40页 |
| 3.3.2 Deep Sequencing Analysis | 第40-41页 |
| 3.3.3 SMRT sequencing determines divergent DNA modification profiles | 第41-44页 |
| 3.3.4 Base Modification Site Annotation | 第44-45页 |
| 3.3.5 Motif Analysis | 第45-48页 |
| 3.3.6 KEGG and GO annotation analysis | 第48-54页 |
| 3.3.7 Dot Blot Assay | 第54-55页 |
| 3.4 Discussion | 第55-57页 |
| CHAPTER 4 A System to Study the Expression of Phytopathogenic Genes Encoded by Burkholderia glumae | 第57-69页 |
| 4.1 Introduction | 第57-60页 |
| 4.2 Materials and Methods | 第60-62页 |
| 4.2.1 Plant material and collection of root exudates | 第60页 |
| 4.2.2 Bacterial strain and Growth Condition | 第60-61页 |
| 4.2.3 RNA extraction and Quantitative Real-Time PCR | 第61-62页 |
| 4.2.4 Pathogen Assays | 第62页 |
| 4.3 Results | 第62-67页 |
| 4.3.1 Pathogenicity test | 第62-64页 |
| 4.3.2 Expression Patterns of Pathogenicity Genes | 第64-67页 |
| 4.4 Discussion | 第67-69页 |
| CHAPTER 5 MAJOR FINDINGS AND FUTURE PERSPECTIVES | 第69-71页 |
| 5.1 Major Findings | 第69-70页 |
| 5.2 Future Perspectives | 第70-71页 |
| REFERENCES | 第71-76页 |
| LIST OF PUBLICATIONS | 第76-77页 |
| ACKNOWLEDGEMENT | 第77-78页 |
| AUTHOR RESUME | 第78页 |
