| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-9页 |
| 缩略词表 | 第10-15页 |
| 第一章 绪论 | 第15-27页 |
| 1.1 高通量测序技术的发展现状 | 第15-21页 |
| 1.1.1 短读长测序方法的分类 | 第15-17页 |
| 1.1.2 短读长测序方法的性能比较 | 第17-18页 |
| 1.1.3 长读长测序方法 | 第18-20页 |
| 1.1.4 长读长测序方法的性能比较 | 第20-21页 |
| 1.2 测序样本制备技术及相关微流控技术的最新进展 | 第21-25页 |
| 1.2.1 扩展全基因组测序检测下限的方法 | 第22页 |
| 1.2.2 提升长片段解析能力的方法 | 第22-24页 |
| 1.2.3 提供基因组功能化关联的方法 | 第24-25页 |
| 1.3 本论文的研究内容及章节结构 | 第25-27页 |
| 第二章 微量样本制备中全基因组扩增方法的性能比较 | 第27-42页 |
| 2.1 全基因组扩增技术的分类及原理 | 第27-30页 |
| 2.1.1 简并寡核苷酸引物聚合酶链式反应 | 第28页 |
| 2.1.2 多重置换扩增 | 第28-29页 |
| 2.1.3 多次退火环状循环扩增 | 第29-30页 |
| 2.2 YH-1细胞系全基因组扩增实验 | 第30-38页 |
| 2.2.1 实验材料与仪器 | 第30-32页 |
| 2.2.2 YH-1细胞的复苏和培养 | 第32-33页 |
| 2.2.3 YH-1细胞的核酸提取 | 第33页 |
| 2.2.4 YH-1基因组的MDA扩增 | 第33-34页 |
| 2.2.5 YH-1基因组的MALBAC扩增 | 第34-35页 |
| 2.2.6 YH-1全基因组扩增产物的测序文库构建 | 第35-38页 |
| 2.3 YH-1全基因组扩增实验结果与讨论 | 第38-41页 |
| 2.3.1 YH-1基因组的提取结果 | 第38-39页 |
| 2.3.2 全基因组扩增产物分析结果 | 第39-40页 |
| 2.3.3 测序建库结果检验 | 第40-41页 |
| 2.4 本章小结 | 第41-42页 |
| 第三章 微流道多重置换扩增的全基因组扩增性能分析 | 第42-67页 |
| 3.1 MDA扩增非均匀性改善的研究进展 | 第42-44页 |
| 3.2 微流道多重置换扩增方法的建立 | 第44-50页 |
| 3.2.1 微流道多重置换扩增的原理 | 第45-47页 |
| 3.2.2 微流道多重置换扩增的实验流程 | 第47-48页 |
| 3.2.3 微流道多重置换扩增的定量结果 | 第48-50页 |
| 3.3 全基因组扩增产物测序结果的分析与比较 | 第50-61页 |
| 3.3.1 测序质量评估 | 第50-51页 |
| 3.3.2 测序数据基本比对结果统计 | 第51-54页 |
| 3.3.3 微通道多重置换扩增的覆盖度性能 | 第54-55页 |
| 3.3.4 微通道多重置换的扩增均一性 | 第55-61页 |
| 3.4 微流道多重置换扩增的原理探究及易用性分析 | 第61-65页 |
| 3.4.1 微流道多重置换扩增反应的模型建立 | 第61-64页 |
| 3.4.2 微流道多重置换扩增的易用性分析及成本比较 | 第64-65页 |
| 3.5 本章小结 | 第65-67页 |
| 第四章 微流道多重置换扩增的应用 | 第67-89页 |
| 4.1 基于微流道多重置换扩增的单核苷酸变异检测 | 第67-70页 |
| 4.1.1 单核苷酸变异检测方法 | 第67-68页 |
| 4.1.2 单核苷酸变异检测结果与讨论 | 第68-70页 |
| 4.2 基于微流道多重置换扩增的拷贝数变异检测 | 第70-88页 |
| 4.2.1 拷贝数变异检测实验设计及操作要点 | 第71-73页 |
| 4.2.2 YH-1基因组模拟CNV检测 | 第73-79页 |
| 4.2.3 K562非整倍基因组中的真实CNV检测 | 第79-88页 |
| 4.3 本章小结 | 第88-89页 |
| 第五章 测序样本制备相关的微流控芯片设计 | 第89-97页 |
| 5.1 微流道多重置换扩增的微流控芯片设计 | 第89-91页 |
| 5.1.1 芯片设计 | 第89-90页 |
| 5.1.2 操作方法 | 第90-91页 |
| 5.2 液滴操控的集成化微流控芯片 | 第91-94页 |
| 5.2.1 芯片设计与制作 | 第91-92页 |
| 5.2.2 液滴操纵实验结果 | 第92-93页 |
| 5.2.3 微乳液多重置换扩增芯片 | 第93-94页 |
| 5.3 基于CNC的快速PMMA芯片加工方案 | 第94-96页 |
| 5.3.1 快速加工方案芯片案例 | 第94-96页 |
| 5.3.2 快速加工方案的特点与成本比较 | 第96页 |
| 5.4 本章小结 | 第96-97页 |
| 第六章 总结与展望 | 第97-101页 |
| 6.1 论文总结 | 第97-99页 |
| 6.2 工作展望 | 第99-101页 |
| 致谢 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-108页 |
| 作者简介 | 第108-109页 |
