| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 前言 | 第10-18页 |
| 1.1 捕食线虫真菌的研究背景 | 第10-13页 |
| 1.2 本次研究所针对的问题及其解决方案 | 第13-14页 |
| 1.3 实验技术 | 第14-17页 |
| 1.3.1 实时荧光定量PCR(RT-PCR) | 第14-15页 |
| 1.3.2 转录组测序技术——RNA-seq | 第15-17页 |
| 1.3.2.1 RNA-seq的发展和背景 | 第15-16页 |
| 1.3.2.2 RNA-seq相关数据的处理 | 第16-17页 |
| 1.4 本次研究工作的意义 | 第17-18页 |
| 2 实验用品 | 第18-19页 |
| 2.1 实验材料 | 第18-19页 |
| 2.1.1 菌株 | 第18-19页 |
| 2.1.2 线虫 | 第19页 |
| 2.2 实验仪器 | 第19页 |
| 2.3 主要生化试剂 | 第19页 |
| 3 实验方法 | 第19-33页 |
| 3.1 培养基的配制 | 第19-20页 |
| 3.1.1 玉米琼脂培养基(CMA)的配制 | 第19-20页 |
| 3.1.2 土豆琼脂培养基(PDA)的配制 | 第20页 |
| 3.1.3 燕麦培养基的配制 | 第20页 |
| 3.2 菌株和线虫的培养 | 第20-21页 |
| 3.2.1 菌株的培养 | 第20页 |
| 3.2.2 线虫的培养与收集 | 第20-21页 |
| 3.3 捕食器官的诱导和菌丝的收集 | 第21页 |
| 3.3.1 捕食器官的诱导与观察 | 第21页 |
| 3.3.2 菌丝的收集 | 第21页 |
| 3.4 cDNA样品的收集 | 第21-24页 |
| 3.4.1 RNA提取前的准备 | 第21-22页 |
| 3.4.2 RNA的提取 | 第22页 |
| 3.4.3 提纯RNA | 第22-23页 |
| 3.4.4 检测RNA的纯度 | 第23页 |
| 3.4.5 RNA的反转录 | 第23-24页 |
| 3.5 转录组测序 | 第24页 |
| 3.6 转录组数据分析 | 第24-29页 |
| 3.6.1 TopHat | 第25页 |
| 3.6.2 Cufflinks | 第25-27页 |
| 3.6.3 CummerRund | 第27-29页 |
| 3.7 实时荧光定量PCR (Quantitative Real-time PCR) | 第29-33页 |
| 3.7.1 蛋白基因的选取 | 第29-30页 |
| 3.7.2 基因引物的设计与选取 | 第30-32页 |
| 3.7.3 RNA的提取、提纯、mRNA的反转录 | 第32页 |
| 3.7.4 RT-PCR | 第32-33页 |
| 3.7.5 RT-PCR数据分析 | 第33页 |
| 4 实验结果 | 第33-50页 |
| 4.1 菌株的培养 | 第33-34页 |
| 4.2 线虫诱导A.oligospora实验结果 | 第34-36页 |
| 4.3 提取的RNA质量检测结果 | 第36页 |
| 4.4 转录组测序结果 | 第36-44页 |
| 4.4.1 基因表达情况 | 第36-37页 |
| 4.4.2 各时间点基因的表达情况 | 第37-40页 |
| 4.4.3 差异基因的功能注释及其归类 | 第40-44页 |
| 4.5 实时荧光定量PCR实验结果 | 第44-50页 |
| 4.5.1 扩增曲线 | 第44-46页 |
| 4.5.2 熔解曲线 | 第46-47页 |
| 4.5.3 各黏性蛋白基因的上下调情况 | 第47-50页 |
| 5 讨论 | 第50-53页 |
| 5.1 线虫诱导观察实验 | 第51页 |
| 5.2 RNA样品的质量检测 | 第51页 |
| 5.3 转录组测序及相关分析 | 第51-53页 |
| 5.4 实时荧光定量实验 | 第53页 |
| 6 结论 | 第53-54页 |
| 7 展望 | 第54-55页 |
| 8 附录 | 第55-86页 |
| 附表1 | 第55-57页 |
| 附录2 | 第57-59页 |
| 附录3 | 第59-61页 |
| 附录4 | 第61-65页 |
| 附录5 | 第65-85页 |
| 附录6 | 第85-86页 |
| 8 参考文献 | 第86-92页 |
| 9 致谢 | 第92页 |