| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-12页 |
| 第一章 基于全基因组测序数据分析的选择性清除区域鉴定猪争斗行为的候选基因 | 第13-42页 |
| 1 前言 | 第13-22页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第13-14页 |
| 1.2 文献综述 | 第14-21页 |
| 1.2.1 猪争斗行为产生的原因 | 第14-15页 |
| 1.2.2 猪争斗行为的表现 | 第15页 |
| 1.2.3 猪争斗行为的危害 | 第15-16页 |
| 1.2.4 猪争斗行为的测定和评估 | 第16-17页 |
| 1.2.5 猪争斗行为的遗传基础 | 第17-18页 |
| 1.2.6 基于重测序的选择性清扫区域分析 | 第18页 |
| 1.2.7 行为性状选择区域中候选基因的研究进展 | 第18-21页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第21-22页 |
| 2 材料与方法 | 第22-30页 |
| 2.1 技术路线 | 第22页 |
| 2.2 材料 | 第22-25页 |
| 2.2.1 争斗行为合群试验观察、基因型分型和关联分析的群体 | 第22页 |
| 2.2.2 用于性状关联分析的DNA样品 | 第22-23页 |
| 2.2.3 主要仪器与设备 | 第23页 |
| 2.2.4 主要试剂 | 第23-24页 |
| 2.2.5 主要分子生物学软件 | 第24页 |
| 2.2.6 主要网站及数据库 | 第24-25页 |
| 2.3 方法 | 第25-30页 |
| 2.3.1 争斗行为性状的记录 | 第25页 |
| 2.3.2 争斗行为的评定 | 第25-26页 |
| 2.3.3 样品的采集 | 第26页 |
| 2.3.4 耳组织样DNA的提取和纯化 | 第26-27页 |
| 2.3.5 DNA浓度和质量的检测 | 第27页 |
| 2.3.6 引物的设计与合成 | 第27-28页 |
| 2.3.7 PCR扩增条件 | 第28页 |
| 2.3.8 PCR产物测序 | 第28-29页 |
| 2.3.9 PCR产物酶切 | 第29页 |
| 2.3.10 统计分析方法 | 第29-30页 |
| 3 结果 | 第30-38页 |
| 3.1 争斗行为测定与评估结果 | 第30-33页 |
| 3.1.1 九次合群个体的体重分布 | 第30-31页 |
| 3.1.2 合群后24小时打斗次数统计 | 第31-32页 |
| 3.1.3 体表损伤评分统计 | 第32-33页 |
| 3.2 猪基因组DNA提取 | 第33-34页 |
| 3.3 候选基因候选位点的筛选 | 第34-35页 |
| 3.4 SERPINI1基因的g.50073.C>G和g.79473.T>C基因型检测结果 | 第35-36页 |
| 3.4.1 SERPINI1基因g.50073.C>G位点PCR-RFLP酶切分型结果 | 第35-36页 |
| 3.4.2 SERPINI1基因g.79473.T>C位点PCR-RFLP酶切分型结果 | 第36页 |
| 3.5 候选基因的基因频率和基因型频率 | 第36-37页 |
| 3.6 候选基因与争斗行为性状的关联分析 | 第37-38页 |
| 3.6.1 g.50073.C>G位点多态性与争斗行为的关联分析 | 第37页 |
| 3.6.2 g.79473.T>C位点多态性与争斗行为的关联分析 | 第37-38页 |
| 4 讨论 | 第38-41页 |
| 4.1 关于本研究选题与思路的讨论 | 第38-39页 |
| 4.2 关于候选标记位点的讨论 | 第39页 |
| 4.3 关于遗传因素对争斗行为的影响 | 第39-40页 |
| 4.4 关于争斗行为的讨论 | 第40-41页 |
| 5 小结 | 第41-42页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第41页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第41页 |
| 5.3 本研究的不足之处 | 第41-42页 |
| 第二章 基于选择清除区域鉴定“鄂通两头乌”群体与肋骨数相关候选基因 | 第42-64页 |
| 1 前言 | 第42-50页 |
| 1.1 研究问题的由来 | 第42-43页 |
| 1.2 文献综述 | 第43-49页 |
| 1.2.1 通城猪的种质特性 | 第43页 |
| 1.2.2 以通城猪为素材培育的“鄂通两头乌”新品种 | 第43-44页 |
| 1.2.3 肋骨数对于猪经济性状的影响 | 第44-45页 |
| 1.2.4 肋骨数相关候选基因—VRTN、NR6A1、PLAG1、LCORL的研究进展 | 第45-49页 |
| 1.3 本研究的目的与意义 | 第49-50页 |
| 2 材料与方法 | 第50-54页 |
| 2.1 技术路线 | 第50页 |
| 2.2 材料 | 第50-51页 |
| 2.2.1 基因型分型和关联分析的“鄂通两头乌”群体 | 第50页 |
| 2.2.2 用于性状关联分析的DNA样品 | 第50-51页 |
| 2.2.3 主要仪器与设备(见第一章2.2.3) | 第51页 |
| 2.2.4 主要试剂(见第一章2.2.4) | 第51页 |
| 2.2.5 主要分子生物学软件(见第一章2.2.5) | 第51页 |
| 2.2.6 主要网站及数据库(见第一章2.2.6) | 第51页 |
| 2.3 方法 | 第51-54页 |
| 2.3.1 肋骨数性状的记录 | 第51页 |
| 2.3.2 样品的采集 | 第51页 |
| 2.3.3 耳组织样DNA的提取和纯化(见第一章2.3.4) | 第51页 |
| 2.3.4 DNA浓度和质量的检测(见第一章2.3.5) | 第51页 |
| 2.3.5 引物的设计与合成 | 第51-52页 |
| 2.3.6 PCR扩增条件 | 第52页 |
| 2.3.7 PCR产物测序 | 第52-53页 |
| 2.3.8 PCR产物酶切(见第一章2.3.9) | 第53页 |
| 2.3.9 统计分析方法 | 第53-54页 |
| 3 结果 | 第54-59页 |
| 3.1 肋骨数统计结果 | 第54页 |
| 3.2 猪基因组DNA提取 | 第54页 |
| 3.3 候选基因候选位点的筛选 | 第54-55页 |
| 3.4 猪VRTN基因的PCR扩增结果 | 第55-56页 |
| 3.5 猪NR6A1、PLAG1基因的PCR-RFLP酶切分型结果 | 第56-57页 |
| 3.5.1 NR6A1基因的PCR-RFLP酶切分型结果 | 第56-57页 |
| 3.5.2 PLAG1基因的PCR-RFLP酶切分型结果 | 第57页 |
| 3.6 候选基因的基因频率和基因型频率 | 第57-58页 |
| 3.7 候选基因与肋骨数性状的关联分析 | 第58-59页 |
| 3.7.1 单基因性状关联分析 | 第58-59页 |
| 3.7.2 基因间的联合关联分析 | 第59页 |
| 4 讨论 | 第59-62页 |
| 4.1 关于本研究立意与思路的讨论 | 第59-60页 |
| 4.2 关于候选基因和结果的讨论 | 第60-61页 |
| 4.3 关于性状统计讨论 | 第61-62页 |
| 5 小结 | 第62-64页 |
| 5.1 本研究的主要结论 | 第62页 |
| 5.2 本研究的创新点与特色 | 第62页 |
| 5.3 本研究的不足之处与下一步工作 | 第62-64页 |
| 参考文献 | 第64-76页 |
| 致谢 | 第76页 |
