香菇基于RNA-Seq构建遗传连锁图及重要性状的QTL定位
| 摘要 | 第6-8页 |
| ABSTRACT | 第8-9页 |
| 缩略语表 | 第10-12页 |
| 1 前言 | 第12-25页 |
| 1.1 香菇概述 | 第12-15页 |
| 1.1.1 生物学特性 | 第12页 |
| 1.1.2 栽培技术现状 | 第12-14页 |
| 1.1.3 香菇传统遗传育种技术 | 第14-15页 |
| 1.2 食用菌数量性状的分子标记辅助育种 | 第15-18页 |
| 1.2.1 关联分析在食用菌中的应用 | 第15-16页 |
| 1.2.2 连锁分析在食用菌中的应用 | 第16-18页 |
| 1.3 香菇遗传图谱和QTL定位研究进展 | 第18-22页 |
| 1.3.1 香菇遗传连锁图研究进展 | 第18-21页 |
| 1.3.2 香菇QTL定位研究进展 | 第21-22页 |
| 1.4 超高密度遗传连锁图 | 第22-23页 |
| 1.4.1 高通量测序技术 | 第22页 |
| 1.4.2 基于测序的超高密度遗传连锁图的构建 | 第22-23页 |
| 1.5 研究的目的与意义 | 第23-25页 |
| 2 材料与方法 | 第25-33页 |
| 2.1 试验材料 | 第25页 |
| 2.1.1 香菇作图群体 | 第25页 |
| 2.2 供试培养基 | 第25-26页 |
| 2.3 表型鉴定和数据分析 | 第26-28页 |
| 2.3.1 子实体阶段农艺性状表型鉴定 | 第26页 |
| 2.3.2 子实体阶段农艺性状数据分析 | 第26-28页 |
| 2.4 转录组测序 | 第28-30页 |
| 2.4.1 香菇子实体的处理 | 第28页 |
| 2.4.2 RNA制备和质量检测 | 第28页 |
| 2.4.3 文库构建与测序 | 第28-29页 |
| 2.4.4 序列比对 | 第29-30页 |
| 2.4.5 基因表达量 | 第30页 |
| 2.5 连锁分析 | 第30-33页 |
| 2.5.1 群体SNP检测及基因型分型 | 第30页 |
| 2.5.2 可用标记筛选 | 第30页 |
| 2.5.3 连锁群划分和遗传连锁图谱构建 | 第30-31页 |
| 2.5.4 QTL定位 | 第31页 |
| 2.5.5 基因表达量的描述性统计 | 第31-32页 |
| 2.5.6 基因表达量与表型值的相关性分析 | 第32-33页 |
| 3 结果与分析 | 第33-59页 |
| 3.1 表型性状结果分析 | 第33-42页 |
| 3.1.1 农艺性状表型变异结果分析 | 第33-34页 |
| 3.1.2 农艺性状间的相关性分析 | 第34页 |
| 3.1.3 两年间农艺性状的相关性分析 | 第34-37页 |
| 3.1.4 农艺性状广义遗传力分析 | 第37页 |
| 3.1.5 农艺性状BLUP校正结果分析 | 第37-42页 |
| 3.2 遗传连锁图构建 | 第42-45页 |
| 3.2.1 可用标记筛选和连锁群划分 | 第42页 |
| 3.2.2 高密度遗传连锁图的构建 | 第42-45页 |
| 3.3 农艺性状QTL定位结果 | 第45-57页 |
| 3.3.1 出菇期性状的QTL定位 | 第45-46页 |
| 3.3.2 菌盖相关性状的QTL定位 | 第46-49页 |
| 3.3.3 菌柄相关性状的QTL定位 | 第49-52页 |
| 3.3.4 产量相关性状的QTL定位 | 第52-55页 |
| 3.3.5 QTL热点和表型相关性结果 | 第55-57页 |
| 3.4 农艺性状候选基因筛选 | 第57-59页 |
| 4 讨论 | 第59-70页 |
| 4.1 农艺性状统计分析结果 | 第59-60页 |
| 4.2 高密度SNP遗传连锁图 | 第60-61页 |
| 4.3 控制农艺性状QTLs的分布 | 第61-62页 |
| 4.4 QTLs热点与性状表型相关性 | 第62页 |
| 4.5 候选基因功能分析 | 第62-70页 |
| 4.5.1 农艺性状候选基因功能分析 | 第62-65页 |
| 4.5.2 重复检测候选基因功能分析 | 第65-66页 |
| 4.5.3 控制多性状候选基因功能分析 | 第66-70页 |
| 参考文献 | 第70-86页 |
| 附录1 控制多个性状的候选基因 | 第86-94页 |
| 附录2 重复检测到的候选基因 | 第94-96页 |
| 致谢 | 第96页 |
