| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第14-27页 |
| 1.1 连作障碍的研究进展 | 第14-18页 |
| 1.1.1 连作障碍的危害 | 第14-16页 |
| 1.1.2 连作障碍发生的原因 | 第16-17页 |
| 1.1.3 连作障碍防治措施 | 第17-18页 |
| 1.2 土壤微生物多样性的研究概述 | 第18-22页 |
| 1.2.1 土壤微生物 | 第18-19页 |
| 1.2.2 土壤微生物多样性研究进展 | 第19-20页 |
| 1.2.3 森林土壤微生物群落结构及其影响因素 | 第20-22页 |
| 1.2.4 森林土壤微生物多样性问题及展望 | 第22页 |
| 1.3 棘托竹荪的研究现状 | 第22-24页 |
| 1.3.1 棘托竹荪的分类 | 第22-23页 |
| 1.3.2 棘托竹荪的生物学特性及营养价值 | 第23页 |
| 1.3.3 棘托竹荪的连作障碍及其性状表现 | 第23-24页 |
| 1.3.4 棘托竹荪栽培特点 | 第24页 |
| 1.4 本课题选题依据及创新点 | 第24-25页 |
| 1.5 研究内容、目的与意义及技术路线图 | 第25-27页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第25页 |
| (1)土壤理化性质分析 | 第25页 |
| (2)种植棘托竹荪后土壤细菌多样性研究 | 第25页 |
| (3)土壤宏基因组研究 | 第25页 |
| 1.5.2 研究目的与意义 | 第25-26页 |
| 1.5.3 技术路线图 | 第26-27页 |
| 第二章 棘托竹荪连作对土壤细菌群落结构的影响 | 第27-48页 |
| 2.1 实验区域概况 | 第27页 |
| 2.2 实验样地设置 | 第27-28页 |
| 2.3 主要试剂和仪器 | 第28-29页 |
| 2.4 实验方法 | 第29-32页 |
| 2.4.1 土壤理化性质分析 | 第29页 |
| 2.4.2 土壤样品高通量测序 | 第29-30页 |
| 2.4.3 生物信息学分析 | 第30-32页 |
| 2.5 结果与分析 | 第32-43页 |
| 2.5.1 棘托竹荪土壤理化性质分析 | 第32-33页 |
| 2.5.2 测序数据的处理 | 第33页 |
| 2.5.3 OTU注释及表达谱 | 第33-34页 |
| 2.5.4 物种丰富度分析 | 第34-36页 |
| 2.5.5 土壤细菌微生物群落和土壤理化性质之间的关系 | 第36-37页 |
| 2.5.6 土壤细菌微生物群落差异分析 | 第37-38页 |
| 2.5.7 细菌群落结构分析 | 第38-40页 |
| 2.5.8 棘托竹荪土壤细菌群落结构及进化分析 | 第40-42页 |
| 2.5.9 细菌群落功能基因差异 | 第42-43页 |
| 2.6 小结 | 第43-48页 |
| 2.6.1 种植棘托竹荪对土壤理化性质的影响 | 第44-45页 |
| 2.6.2 种植棘托竹荪对土壤细菌多样性的影响 | 第45页 |
| 2.6.3 种植棘托竹荪对土壤细菌群落结构的影响 | 第45-46页 |
| 2.6.4 不同土壤细菌群落组成及潜在功能比较 | 第46-48页 |
| 第三章 棘托竹荪土壤微生物群落结构与功能 | 第48-63页 |
| 3.1 材料与方法 | 第48-50页 |
| 3.1.1 宏基因组测序 | 第48页 |
| 3.1.2 数据预处理 | 第48-49页 |
| 3.1.3 宏基因组组装 | 第49页 |
| 3.1.4 基因预测及丰度计算 | 第49页 |
| 3.1.5 物种注释 | 第49-50页 |
| 3.1.6 功能注释 | 第50页 |
| 3.2 结果与分析 | 第50-60页 |
| 3.2.1 测序数据质量控制 | 第50页 |
| 3.2.2 序列组装 | 第50-51页 |
| 3.2.3 基因预测 | 第51页 |
| 3.2.4 微生物的群落结构 | 第51-52页 |
| 3.2.5 功能注释 | 第52-55页 |
| 3.2.6 代谢通路 | 第55-60页 |
| 3.3 小结 | 第60-63页 |
| 3.3.1 棘托竹荪种植对土壤微生物功能基因的影响 | 第60-61页 |
| 3.3.2 棘托竹荪种植对信号转导系统的影响 | 第61页 |
| 3.3.3 棘托竹荪种植对N循环的影响 | 第61-62页 |
| 3.3.4 棘托竹荪种植对C循环的影响 | 第62-63页 |
| 第四章 流溪河生态公益林下土壤细菌多样性 | 第63-75页 |
| 4.1 研究区概况 | 第64页 |
| 4.2 研究方法 | 第64-66页 |
| 4.2.1 样地设置和群落调查 | 第64页 |
| 4.2.2 样品采集 | 第64-65页 |
| 4.2.3 主要试剂和仪器 | 第65页 |
| 4.2.4 土壤DNA提取 | 第65页 |
| 4.2.5 数据分析 | 第65-66页 |
| 4.2.6 统计学分析 | 第66页 |
| 4.3 结果与分析 | 第66-72页 |
| 4.3.1 不同密度林分类型土壤养分含量 | 第66-67页 |
| 4.3.2 测序数据分析 | 第67-68页 |
| 4.3.3 微生物多样性指数 | 第68页 |
| 4.3.4 细菌群落组成 | 第68-72页 |
| 4.4 小结 | 第72-75页 |
| 4.4.1 流溪河生态公益林下土壤细菌的多样性 | 第72页 |
| 4.4.2 林分密度影响土壤细菌的多样性、丰富度及其群落结构 | 第72-73页 |
| 4.4.3 流溪河区域中密度林分更适于土壤细菌的繁衍生息 | 第73页 |
| 4.4.4 土壤的肥力状况受林分密度、灌木杂草的影响 | 第73-74页 |
| 4.4.5 16SrRNA基因的基因组异质性 | 第74-75页 |
| 第五章 总结与展望 | 第75-80页 |
| 5.1 结论 | 第75-77页 |
| 5.1.1 棘托竹荪土壤细菌多样性结论 | 第75-76页 |
| 5.1.2 流溪河生态公益林下土壤细菌多样性结论 | 第76-77页 |
| 5.2 展望 | 第77-80页 |
| 5.2.1 棘托竹荪土壤细菌多样性 | 第77-78页 |
| 5.2.2 流溪河生态公益林土壤细菌多样性 | 第78-80页 |
| 参考文献 | 第80-94页 |
| 在读期间的学术研究 | 第94-95页 |
| 致谢 | 第95页 |
