基于自索引结构的高通量基因组重测序数据压缩算法
| 摘要 | 第4-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第1章 绪论 | 第9-17页 |
| 1.1 课题研究背景 | 第9-11页 |
| 1.2 研究的目的和意义 | 第11-12页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第12-16页 |
| 1.4 论文结构 | 第16-17页 |
| 第2章 DNA测序数据压缩技术 | 第17-34页 |
| 2.1 引言 | 第17页 |
| 2.2 DNA数据特点 | 第17-20页 |
| 2.2.1 构成特点 | 第19页 |
| 2.2.2 功能特点 | 第19页 |
| 2.2.3 信息特点 | 第19页 |
| 2.2.4 相似特点 | 第19-20页 |
| 2.2.5 变异特点 | 第20页 |
| 2.3 高通量DNA数据的存储格式 | 第20-24页 |
| 2.3.1 FASTQ格式 | 第21-22页 |
| 2.3.2 SAM/BAM格式 | 第22-24页 |
| 2.3.3 FASTA格式 | 第24页 |
| 2.4 DNA序列压缩算法 | 第24-33页 |
| 2.4.1 基于统计思想的NDA数据压缩算法 | 第25-26页 |
| 2.4.2 基于字典思想的NDA数据压缩算法 | 第26-29页 |
| 2.4.3 基于参考基因组的NDA数据压缩算法 | 第29-30页 |
| 2.4.4 基于从头测序的NDA数据压缩算法 | 第30-31页 |
| 2.4.5 DNA序列压缩常用评价标准 | 第31-32页 |
| 2.4.6 不同压缩算法的性能比较 | 第32-33页 |
| 2.5 本章小结 | 第33-34页 |
| 第3章 基于参考基因组的数据压缩算法RVZIP | 第34-44页 |
| 3.1 引言 | 第34页 |
| 3.2 RZZIP算法的设计 | 第34-42页 |
| 3.2.1 RVZip算法整体框架 | 第34-35页 |
| 3.2.2 RVZip算法垂直压缩策略 | 第35-38页 |
| 3.2.3 RVZip算法短读压缩策略 | 第38-39页 |
| 3.2.4 RVZip算法质量分数压缩策略 | 第39-41页 |
| 3.2.5 RVZip其他数据流压缩策略 | 第41-42页 |
| 3.3 RVZIP试验结果 | 第42-43页 |
| 3.4 本章小结 | 第43-44页 |
| 第4章 基于自索引结构的数据压缩算法SRVZIP | 第44-54页 |
| 4.1 引言 | 第44-45页 |
| 4.2 SRVZIP算法设计 | 第45-51页 |
| 4.2.1 SRVZip算法总体思想 | 第45页 |
| 4.2.2 SRVZip自索引结构 | 第45-49页 |
| 4.2.3 SRVZip随机解压缩 | 第49-51页 |
| 4.3 算法设计与结果 | 第51-52页 |
| 4.4 本章小结 | 第52-54页 |
| 结论 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-61页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文及其它成果 | 第61-63页 |
| 致谢 | 第63页 |
