| 致谢 | 第6-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 目录 | 第11-15页 |
| 1 绪论 | 第15-34页 |
| 1.1 百合概述 | 第15-23页 |
| 1.1.1 百合的分布 | 第15-16页 |
| 1.1.2 百合的分类 | 第16-19页 |
| 1.1.2.1 野生种的分类 | 第16-18页 |
| 1.1.2.2 品种的分类 | 第18-19页 |
| 1.1.3 浙江省野生百合资源 | 第19-21页 |
| 1.1.4 百合的育种 | 第21-23页 |
| 1.2 转录组学研究进展及应用 | 第23-26页 |
| 1.2.1 观赏植物转录组学概况 | 第23-24页 |
| 1.2.2 转录组学研究的应用 | 第24-26页 |
| 1.2.2.1 标记开发 | 第24页 |
| 1.2.2.2 基因表达研究 | 第24-25页 |
| 1.2.2.3 功能基因的挖掘 | 第25页 |
| 1.2.2.4 基因结构及进化研究 | 第25-26页 |
| 1.3 分子标记概述 | 第26-32页 |
| 1.3.1 分子标记的类型 | 第26-27页 |
| 1.3.2 分子标记在百合中的研究进展 | 第27-29页 |
| 1.3.2.1 系统发育 | 第27-28页 |
| 1.3.2.2 遗传图谱的构建 | 第28-29页 |
| 1.3.2.3 遗传多样性 | 第29页 |
| 1.3.2.4 品种/种和亲子鉴定 | 第29页 |
| 1.3.3 SSR标记的开发途径 | 第29-31页 |
| 1.3.3.1 从基因组中开发 | 第29-30页 |
| 1.3.3.2 从表达序列标签中开发 | 第30-31页 |
| 1.3.3.3 利用近缘属种的SSR标记 | 第31页 |
| 1.3.4 SSR标记的检测方法 | 第31-32页 |
| 1.3.4.1 凝胶电泳法 | 第31-32页 |
| 1.3.4.2 荧光毛细管电泳法 | 第32页 |
| 1.4 立题依据与研究内容 | 第32-34页 |
| 2 基于ILLUMINA平台的百合器官转录组学研究 | 第34-55页 |
| 2.1 材料与方法 | 第35-38页 |
| 2.1.1 植物材料 | 第35页 |
| 2.1.2 RNA分离和均一化文库的构建 | 第35-36页 |
| 2.1.3 测序及数据组装 | 第36-37页 |
| 2.1.4 tEST与nEST数据库的联配 | 第37页 |
| 2.1.5 转录本功能注释 | 第37页 |
| 2.1.6 编码区预测 | 第37页 |
| 2.1.7 SSR挖掘 | 第37-38页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第38-53页 |
| 2.2.1 测序与序列组装 | 第38-39页 |
| 2.2.2 转录本的功能注释 | 第39-49页 |
| 2.2.3 转录本的GO注释 | 第49-52页 |
| 2.2.4 编码区预测和蛋白序列翻译 | 第52页 |
| 2.2.5 SSR标记的分布 | 第52-53页 |
| 2.3 结论 | 第53-55页 |
| 3 百合花、叶、鳞茎表达谱构建及特征分析 | 第55-70页 |
| 3.1 材料与方法 | 第55-57页 |
| 3.1.1 植物材料和RNA提取 | 第55-56页 |
| 3.1.2 表达谱数据库的构建 | 第56页 |
| 3.1.3 器官间显著差异表达基因的筛选 | 第56页 |
| 3.1.4 基因表达模式聚类分析及功能分析 | 第56-57页 |
| 3.2 结果 | 第57-67页 |
| 3.2.1 表达谱数据概要 | 第57页 |
| 3.2.2 显著差异表达基因的分布 | 第57-58页 |
| 3.2.3 显著差异基因的GO功能分析 | 第58-61页 |
| 3.2.4 显著差异基因表达模式聚类分析 | 第61-62页 |
| 3.2.5 显著差异表达基因的通路分析 | 第62-63页 |
| 3.2.6 花器官特有基因功能富集分析 | 第63-65页 |
| 3.2.7 叶器官特有基因功能富集分析 | 第65-66页 |
| 3.2.8 鳞茎特有基因功能富集分析 | 第66-67页 |
| 3.3 讨论 | 第67-68页 |
| 3.3.1 器官差异表达基因的特点 | 第67-68页 |
| 3.3.2 表达谱与qPCR验证 | 第68页 |
| 3.4 结论 | 第68-70页 |
| 4 基于百合EST数据库SSR标记的开发 | 第70-88页 |
| 4.1 材料与方法 | 第70-76页 |
| 4.1.1 植物材料 | 第70-71页 |
| 4.1.2 DNA的提取 | 第71-72页 |
| 4.1.3 引物设计及合成 | 第72-73页 |
| 4.1.4 SSR-PCR反应条件的优化 | 第73-74页 |
| 4.1.4.1 DNA和酶量 | 第73页 |
| 4.1.4.2 退火温度 | 第73-74页 |
| 4.1.4.3 PCR增强剂 | 第74页 |
| 4.1.4.4 DNA的量和酶种类 | 第74页 |
| 4.1.5 引物筛选及验证 | 第74-75页 |
| 4.1.6 数据分析 | 第75页 |
| 4.1.7 杂交组装前后转录组数据库的联配 | 第75-76页 |
| 4.2 结果 | 第76-83页 |
| 4.2.1 SSR-PCR反应条件的优化 | 第76-77页 |
| 4.2.1.1 DNA和酶量对SSR-PCR反应的影响 | 第76页 |
| 4.2.1.2 退火温度对SSR-PCR反应的影响 | 第76-77页 |
| 4.2.1.3 增强剂对SSR-PCR反应的影响 | 第77页 |
| 4.2.1.4 两种酶对SSR-PCR反应的影响 | 第77页 |
| 4.2.2 SSR标记的特征 | 第77-82页 |
| 4.2.3 基于百合亲缘关系的SSR标记验证 | 第82-83页 |
| 4.3 讨论 | 第83-87页 |
| 4.3.1 PCR反应条件的优化 | 第83-84页 |
| 4.3.2 SSR标记的开发数量 | 第84-85页 |
| 4.3.3 SSR基因的功能 | 第85-87页 |
| 4.4 结论 | 第87-88页 |
| 5 SSRS在百合遗传多样性和亲本鉴定中的应用 | 第88-99页 |
| 5.1 材料与方法 | 第88-91页 |
| 5.1.1 植物材料与DNA的制备 | 第88-90页 |
| 5.1.2 引物来源及PCR扩增 | 第90页 |
| 5.1.3 统计分析 | 第90-91页 |
| 5.2 结果 | 第91-96页 |
| 5.2.1 遗传多样性 | 第91-93页 |
| 5.2.2 遗传分化 | 第93-95页 |
| 5.2.3 父本分析 | 第95-96页 |
| 5.3 讨论 | 第96-98页 |
| 5.3.1 SSR的多态性和遗传多样性 | 第96-97页 |
| 5.3.2 亲本分析 | 第97-98页 |
| 5.4 结论 | 第98-99页 |
| 6 结论、创新点与展望 | 第99-101页 |
| 参考文献 | 第101-117页 |
| 作者简历及在学期间主要的研究成果 | 第117页 |
