| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-28页 |
| 1.1 miRNA的研究进展 | 第11-18页 |
| 1.1.1 miRNA的简介 | 第11-12页 |
| 1.1.2 miRNA的产生 | 第12-13页 |
| 1.1.3 miRNA的作用机制及功能 | 第13-15页 |
| 1.1.4 miRNA的进化 | 第15页 |
| 1.1.5 miRNA的研究方法 | 第15-18页 |
| 1.2 参与miRNA产生及功能行使的相关核心蛋白的研究进展 | 第18-24页 |
| 1.2.1 RNaseⅢ型蛋白家族 | 第18-21页 |
| 1.2.2 Argonaute蛋白家族 | 第21-23页 |
| 1.2.3 Exportin 5蛋白家族 | 第23-24页 |
| 1.3 文昌鱼miRNA的研究进展 | 第24-25页 |
| 1.3.1 文昌鱼的概括及研究现状 | 第24-25页 |
| 1.3.2 文昌鱼miRNA的研究进展 | 第25页 |
| 1.4 本论文研究的目的及意义 | 第25-26页 |
| 1.5 本论文的创新点 | 第26-27页 |
| 1.6 本论文的技术路线 | 第27-28页 |
| 第二章 佛罗里达文昌鱼基因组中miRNA预测及家族进化分析 | 第28-46页 |
| 2.1 前言 | 第28-29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-32页 |
| 2.2.1 数据的采集 | 第29页 |
| 2.2.2 佛罗里达文昌鱼基因组中miRNA预测的流程 | 第29-30页 |
| 2.2.3 佛罗里达文昌鱼miRNA基因组定位及成簇分析 | 第30页 |
| 2.2.4 佛罗里达文昌鱼miRNA保守性及家族进化分析 | 第30-31页 |
| 2.2.5 佛罗里达文昌鱼miRNA靶基因预测及基因功能注释 | 第31页 |
| 2.2.6 佛罗里达文昌鱼miRNA不同发育阶段的EST表达分析 | 第31-32页 |
| 2.3 结果 | 第32-43页 |
| 2.3.1 佛罗里达文昌鱼基因组中miRNA的鉴定 | 第32页 |
| 2.3.2 佛罗里达文昌鱼miRNA的基因组特征分析 | 第32-33页 |
| 2.3.3 佛罗里达文昌鱼miRNA的保守性及家族进化分析 | 第33-39页 |
| 2.3.4 佛罗里达文昌鱼miRNA的靶基因预测及功能分析 | 第39-41页 |
| 2.3.5 佛罗里达文昌鱼不同发育阶段miRNA的EST表达分析 | 第41-43页 |
| 2.4 讨论 | 第43-46页 |
| 第三章 白氏文昌鱼(Branchiostoma belcheri)miRNA的识别及特征分析 | 第46-65页 |
| 3.1 前言 | 第46-47页 |
| 3.2 材料与方法 | 第47-48页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第47页 |
| 3.2.2 白氏文昌鱼miRNA的鉴定及特征分析 | 第47页 |
| 3.2.3 白氏文昌鱼miRNA二级结构预测及基因组定位分析 | 第47-48页 |
| 3.2.4 白氏文昌鱼miRNA的保守性及家族进化分析 | 第48页 |
| 3.3 结果 | 第48-63页 |
| 3.3.1 白氏文昌鱼Solexa数据miRNA的鉴定 | 第48-50页 |
| 3.3.2 白氏文昌鱼miRNA二级结构预测及基因组定位分析 | 第50-56页 |
| 3.3.3 白氏文昌鱼miRNA的保守性及家族进化分析 | 第56-63页 |
| 3.4 讨论 | 第63-65页 |
| 第四章 文昌鱼miRNA合成代谢相关蛋白的生物信息学预测及特征分析 | 第65-89页 |
| 4.1 前言 | 第65页 |
| 4.2 材料与方法 | 第65-68页 |
| 4.2.1 数据搜集 | 第65-66页 |
| 4.2.2 同源基因的鉴定 | 第66页 |
| 4.2.3 结构域和基序分析 | 第66-67页 |
| 4.2.4 基因结构特征分析 | 第67页 |
| 4.2.5 RT-PCR验证和测序 | 第67页 |
| 4.2.6 EST表达分析 | 第67-68页 |
| 4.2.7 序列比对与系统发育分析 | 第68页 |
| 4.2.8 选择压力分析 | 第68页 |
| 4.3 结果 | 第68-85页 |
| 4.3.1 miRNA合成代谢相关蛋白的鉴定 | 第68-74页 |
| 4.3.2 RT-PCR实验验证及EST丰度分析 | 第74-75页 |
| 4.3.3 miRNA合成代谢相关蛋白的结构域、基序以及催化残基分析 | 第75-80页 |
| 4.3.4 miRNA合成代谢相关蛋白的基因结构分析 | 第80-83页 |
| 4.3.5 系统进化分析与自然选择压力分析 | 第83-85页 |
| 4.4 讨论 | 第85-89页 |
| 第五章 结论 | 第89-91页 |
| 附录 | 第91-121页 |
| 参考文献 | 第121-134页 |
| 在读期间发表的学术论文及研究成果 | 第134-135页 |
| 致谢 | 第135页 |
