| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 引言 | 第11-12页 |
| 1.2 分子内和分子间相互作用 | 第12-13页 |
| 1.2.1 蛋白质体系 | 第12页 |
| 1.2.2 生物材料分子体系 | 第12-13页 |
| 1.3 相互作用力 | 第13-14页 |
| 1.3.1 范德华力 (vander Waals force) | 第13页 |
| 1.3.2 静电相互作用 | 第13-14页 |
| 1.3.3 疏水作用（hydrophobic interaction） | 第14页 |
| 1.4 蛋白质简介 | 第14-17页 |
| 1.4.1 蛋白质的结构 | 第14-16页 |
| 1.4.2 论文中使用的蛋白质简介 | 第16-17页 |
| 1.5 生物材料简介 | 第17-19页 |
| 1.5.1 论文中使用的生物材料简介 | 第18-19页 |
| 1.6 本论文的主要工作 | 第19-20页 |
| 参考文献 | 第20-23页 |
| 第二章 分子模拟计算方法 | 第23-35页 |
| 2.1 引言 | 第23-24页 |
| 2.2 分子模拟相关 | 第24-27页 |
| 2.2.1 分子力场 | 第24-25页 |
| 2.2.2 周期性边界条件 | 第25-26页 |
| 2.2.3 统计系综 | 第26-27页 |
| 2.3 MD 模拟方法 | 第27-31页 |
| 2.3.1 基本原理 | 第27-29页 |
| 2.3.2 MD 中的周期边界条件与势能截断 | 第29页 |
| 2.3.3 分子动力学的模拟流程 | 第29-31页 |
| 2.4 流体动力学分子模拟 | 第31-32页 |
| 参考文献 | 第32-35页 |
| 第三章 分子动力学方法研究盐桥网络对哺乳类动物朊蛋白结构稳定性影响 | 第35-57页 |
| 3.1 引言 | 第35-36页 |
| 3.2 方法和模型 | 第36-38页 |
| 3.2.1 体系的建立 | 第36-37页 |
| 3.2.2 模拟准备 | 第37-38页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第38-50页 |
| 3.3.1 平衡态 | 第38-39页 |
| 3.3.2 平衡过程中的结构变化 | 第39-40页 |
| 3.3.3 关键盐桥的筛选 | 第40-43页 |
| 3.3.4 MD 过程中关键盐桥的距离变化 | 第43-45页 |
| 3.3.5 流体扰动下蛋白质的结构变化 | 第45页 |
| 3.3.6 二级结构的演变 | 第45-47页 |
| 3.3.7 FMD 过程中关键盐桥距离变化 | 第47-50页 |
| 3.4 结论 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-57页 |
| 第四章 胰岛素样生长因子与胰岛素样生长因子结合蛋白-2 相互作用网络研究 | 第57-83页 |
| 4.1 引言 | 第57-59页 |
| 4.2 模型与模拟 | 第59-61页 |
| 4.2.1 模型的构建 | 第59-60页 |
| 4.2.2 MD 模拟 | 第60-61页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第61-78页 |
| 4.3.1 C-BP-2-IGF-1 结合体系分析 | 第61-70页 |
| 4.3.2 C-BP-2-IGF-2 结合体系 | 第70-76页 |
| 4.3.3 所有体系中的关键氨基酸 | 第76-77页 |
| 4.3.4 所有体系中关键氨基酸出现次数 | 第77-78页 |
| 4.4 结论 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-83页 |
| 第五章 聚乙烯吡咯烷酮影响羟基磷灰石生长习性的分子动力学研究 | 第83-108页 |
| 5.1 引言 | 第83-84页 |
| 5.2 方法和材料 | 第84-85页 |
| 5.2.1 体系的建立 | 第84-85页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第85-103页 |
| 5.3.1 PVP 不同聚集状态的获取 | 第85-86页 |
| 5.3.2 三种不同聚集状态的 PVP 在 HAP(002)晶面的吸附 | 第86-95页 |
| 5.3.3 同一聚集状态的 PVP 分子在 HAP 不同晶面的吸附比较 | 第95-103页 |
| 5.4 结论 | 第103-105页 |
| 参考文献 | 第105-108页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第108-109页 |
| 致谢 | 第109-110页 |
