| 致谢 | 第4-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-12页 |
| 第一章 引言 | 第15-40页 |
| 1.1 研究背景简介 | 第15-39页 |
| 1.1.1 海洋石油污染及微生物修复 | 第15-17页 |
| 1.1.2 降解菌的分子生物学及降解机制研究 | 第17-21页 |
| 1.1.3 降解菌的基因组学研究 | 第21-24页 |
| 1.1.4 极地低温降解菌 | 第24-27页 |
| 1.1.5 希瓦氏菌、假交替单胞菌、动性球菌全基因组状况 | 第27-39页 |
| 1.2 本论文研究的意义 | 第39-40页 |
| 第二章 Shewanella sp. NJ49、Pseudoalteromonas sp. NJ289和Planococcus sp. NJ41基因组测序 | 第40-54页 |
| 2.1 材料和方法 | 第40-43页 |
| 2.1.1 菌株 | 第40页 |
| 2.1.2 基因组DNA的制备 | 第40页 |
| 2.1.3 基因组测序策略 | 第40-41页 |
| 2.1.4 质控统计 | 第41-42页 |
| 2.1.5 基因组序列拼装与分析 | 第42-43页 |
| 2.2 Shewanella sp. NJ49测序结果与分析 | 第43-46页 |
| 2.2.1 原始数据处理 | 第43页 |
| 2.2.2 数据质控 | 第43-45页 |
| 2.2.3 基因组序列拼装与分析 | 第45-46页 |
| 2.3 Pseudoalteromonas sp. NJ289基因组测序结果与分析 | 第46-49页 |
| 2.3.1 质控分析 | 第46-49页 |
| 2.3.2 基因组拼装效果评价 | 第49页 |
| 2.4 Planococcus sp. NJ41测序结果与分析 | 第49-53页 |
| 2.4.1 原始数据预处理 | 第49-51页 |
| 2.4.2 质控统计 | 第51-53页 |
| 2.5 小结 | 第53-54页 |
| 第三章 Shewanella sp. NJ49、Pseudoalteromonas sp. NJ289和Planococcus sp. NJ41基因组数据分析 | 第54-101页 |
| 3.1 材料与方法 | 第54-58页 |
| 3.1.1 基因预測 | 第54页 |
| 3.1.2 t RNA和r RNA预测 | 第54页 |
| 3.1.3 CRISPRs预测 | 第54-55页 |
| 3.1.4 前噬菌体预测 | 第55页 |
| 3.1.5 蛋白编码基因的亚细胞定位预测 | 第55-56页 |
| 3.1.6 蛋白编码基因功能注释 | 第56-58页 |
| 3.1.7 基因岛预测 | 第58页 |
| 3.2 结果与分析 | 第58-98页 |
| 3.2.1 Shewanella sp. NJ49基因组结果分析 | 第58-69页 |
| 3.2.2 Pseudoalteromonas sp. NJ289基因组初步分析 | 第69-84页 |
| 3.2.3 Planococcus sp. NJ41基因组初步分析 | 第84-98页 |
| 3.3 小结 | 第98-101页 |
| 第四章 Shewanella sp. NJ49、Pseudoalteromonas sp. NJ289和Planococcus sp. NJ41极端环境适应机制比较分析 | 第101-126页 |
| 4.1 材料与方法 | 第101页 |
| 4.2 结果与分析 | 第101-124页 |
| 4.2.1 3株细菌的低温适应机制分析 | 第101-108页 |
| 4.2.2 3株细菌的抗辐射适应机制分析 | 第108-112页 |
| 4.2.3 3株细菌的耐盐适应机制分析 | 第112-117页 |
| 4.2.4 3株细菌的异源物质代谢机制分析 | 第117-124页 |
| 4.3 小结 | 第124-126页 |
| 第五章 Shewanella sp. NJ49、Pseudoalteromonas sp. NJ289和Planococcus sp. NJ41的比较基因组学分析 | 第126-151页 |
| 5.1 材料与方法 | 第126-128页 |
| 5.1.1 系统发育分析 | 第126页 |
| 5.1.2 共线性分析 | 第126-127页 |
| 5.1.3 基因家族分析 | 第127页 |
| 5.1.4 次级代谢产物分析 | 第127-128页 |
| 5.2 结果与分析 | 第128-148页 |
| 5.2.1 Shewanella NJ49的比较基因组结果 | 第128-137页 |
| 5.2.2 Pseudoalteromonas sp. NJ289的比较基因组结果 | 第137-144页 |
| 5.2.3 Planococcus sp. NJ41的比较基因组学结果 | 第144-148页 |
| 5.3 小结 | 第148-151页 |
| 总结论 | 第151-153页 |
| 1 主要研究结论 | 第151-152页 |
| 2 不足与展望 | 第152-153页 |
| 参考文献 | 第153-159页 |
| 课题资助 | 第159页 |
| 作者简历 | 第159-160页 |
| 攻读博士学位期间发表的学术论文及主持项目 | 第160页 |
