| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 第一章 引言 | 第17-34页 |
| 1.1 PRV的研究概况 | 第18-22页 |
| 1.1.1 PRV的分类与特点 | 第18页 |
| 1.1.2 PRV的基因组结构特征 | 第18-19页 |
| 1.1.3 PRV的蛋白 | 第19-20页 |
| 1.1.4 PRV的复制周期 | 第20-22页 |
| 1.2 miRNA概述 | 第22-29页 |
| 1.2.1 miRNA的发现和命名 | 第22-23页 |
| 1.2.2 miRNA的形成过程 | 第23-24页 |
| 1.2.3 miRNA的作用方式 | 第24-25页 |
| 1.2.4 miRNA的沉默机制及其功能 | 第25-26页 |
| 1.2.5 miRNA的鉴定方法 | 第26-27页 |
| 1.2.6 miRNA功能研究方法 | 第27-29页 |
| 1.3 疱疹病毒vmiRNA研究进展 | 第29-32页 |
| 1.3.1 疱疹病毒miRNA基因分布及表达特点 | 第30-31页 |
| 1.3.2 疱疹病毒miRNA功能研究 | 第31页 |
| 1.3.3 疱疹病毒感染对宿主miRNA的影响 | 第31-32页 |
| 1.4 PRV的mi RNA研究进展 | 第32-33页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第33-34页 |
| 第二章 PRV vmiRNA的鉴定与分析 | 第34-50页 |
| 2.1 材料和方法 | 第34-38页 |
| 2.1.1 病毒和细胞 | 第34页 |
| 2.1.2 主要试剂 | 第34页 |
| 2.1.3 测序样品的制备 | 第34-35页 |
| 2.1.4 样品总RNA的提取 | 第35页 |
| 2.1.5 样品总RNA的质量控制 | 第35页 |
| 2.1.6 HiSeq深度测序 | 第35-36页 |
| 2.1.7 测序结果的数据处理 | 第36页 |
| 2.1.8 测序结果的生物信息学分析 | 第36页 |
| 2.1.9 vmiRNA的stem-loop RT-q PCR验证 | 第36-38页 |
| 2.2 结果 | 第38-49页 |
| 2.2.1 测序样品的质量控制 | 第38-40页 |
| 2.2.2 测序数据处理 | 第40-41页 |
| 2.2.3 sRNA的分类注释 | 第41-42页 |
| 2.2.4 已知的PRV vmi RNA分析 | 第42-43页 |
| 2.2.5 新的PRV vmiRNA的预测结果 | 第43-45页 |
| 2.2.6 Stem-loop qRT-PCR验证新的PRV vmiRNA | 第45页 |
| 2.2.7 新的PRV vmiRNA的碱基偏好性 | 第45-46页 |
| 2.2.8 PRV vmi RNA在基因组中的分布 | 第46-48页 |
| 2.2.9 新的PRV vmiRNA的二级结构预测 | 第48-49页 |
| 2.3 讨论 | 第49-50页 |
| 第三章 PRV编码的miRNA的功能鉴定 | 第50-60页 |
| 3.1 材料与方法 | 第50-55页 |
| 3.1.1 细胞与样品 | 第50页 |
| 3.1.2 质粒、抗体和试剂 | 第50-51页 |
| 3.1.3 vmiRNA的病毒靶基因预测 | 第51页 |
| 3.1.4 靶基因GO功能注释 | 第51页 |
| 3.1.5 多克隆抗体的制备 | 第51-52页 |
| 3.1.6 双荧光素酶系统验证vmiRNA的病毒靶基因 | 第52-54页 |
| 3.1.7 vmiRNA对病毒靶基因的蛋白水平影响 | 第54-55页 |
| 3.2 结果 | 第55-59页 |
| 3.2.1 vmiRNA对病毒基因的调控预测 | 第55-56页 |
| 3.2.2 vmiRNA的病毒靶基因的GO功能注释 | 第56-57页 |
| 3.2.3 双荧光素酶报告系统验证vmiRNA对病毒靶基因的作用 | 第57-58页 |
| 3.2.4 过表达vmiRNA对靶基因蛋白表达的影响 | 第58-59页 |
| 3.3 讨论 | 第59-60页 |
| 第四章 宿主差异miRNA的鉴定与分析 | 第60-70页 |
| 4.1 材料与方法 | 第60-62页 |
| 4.1.1 细胞与病毒 | 第60页 |
| 4.1.2 病毒感染和样品处理 | 第60页 |
| 4.1.3 HiSeq深度测序 | 第60页 |
| 4.1.4 样品间sRNA公共及特有序列分析 | 第60-61页 |
| 4.1.5 宿主miRNA丰度分析 | 第61页 |
| 4.1.6 宿主差异miRNA分析 | 第61页 |
| 4.1.7 Stem-loop RT-qPCR验证宿主差异miRNA | 第61-62页 |
| 4.1.8 聚类分析 | 第62页 |
| 4.1.9 宿主miRNA对病毒复制的影响 | 第62页 |
| 4.2 结果 | 第62-69页 |
| 4.2.1 样品间sRNA公共和特有序列分析 | 第62-63页 |
| 4.2.2 样品间miRNA的序列分析 | 第63-64页 |
| 4.2.3 样品间宿主miRNA表达丰度分析 | 第64页 |
| 4.2.4 样品间宿主差异miRNA分析 | 第64-66页 |
| 4.2.5 Stem-loop qRT-PCR验证宿主间差异的miRNA | 第66-67页 |
| 4.2.6 聚类分析 | 第67页 |
| 4.2.7 宿主差异miRNA对病毒复制的影响 | 第67-69页 |
| 4.3 讨论 | 第69-70页 |
| 第五章 PRV变异毒株抗原性差异分析 | 第70-77页 |
| 5.1 材料与方法 | 第70-72页 |
| 5.1.1 病毒、细胞、血清与实验动物 | 第70页 |
| 5.1.2 主要仪器和试剂 | 第70-71页 |
| 5.1.3 JS-2012、SC和Bartha-K61全病毒多抗制备 | 第71页 |
| 5.1.4 多抗血清IFA鉴定 | 第71页 |
| 5.1.5 疫苗免疫动物分组 | 第71-72页 |
| 5.1.6 微量交叉中和试验 | 第72页 |
| 5.2 结果 | 第72-75页 |
| 5.2.1 JS-2012、SC和Bartha-K61病毒兔源和鼠源全病毒多抗的鉴定 | 第72-73页 |
| 5.2.2 JS-2012、SC和Bartha-K61全病毒多抗微量交叉中和试验 | 第73-74页 |
| 5.2.3 Bartha-K61和Bucharest株免疫猪血清微量交叉中和试验 | 第74-75页 |
| 5.3 讨论 | 第75-77页 |
| 第六章 全文结论 | 第77-78页 |
| 参考文献 | 第78-88页 |
| 附录 | 第88-91页 |
| 致谢 | 第91-92页 |
| 作者简历 | 第92-93页 |
