| 摘要 | 第3-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 1 绪论 | 第9-18页 |
| 1.1 前言 | 第9页 |
| 1.2 核酸和碱基 | 第9-12页 |
| 1.2.1 核酸 | 第9-10页 |
| 1.2.2 碱基 | 第10-12页 |
| 1.3 研究核酸的方法 | 第12-13页 |
| 1.3.1 实验方法 | 第12-13页 |
| 1.3.2 理论方法 | 第13页 |
| 1.4 计算机模拟 | 第13-16页 |
| 1.4.1 第一原理和密度泛函理论 | 第14页 |
| 1.4.2 分子动力学介绍 | 第14-16页 |
| 1.5 电离辐射 | 第16页 |
| 1.5.1 电离辐射基本概念 | 第16页 |
| 1.5.2 电离辐射重要特点 | 第16页 |
| 1.5.3 电离辐射的两种分类 | 第16页 |
| 1.6 电离辐射对生物分子的影响 | 第16-17页 |
| 1.6.1 对生物大分子辐照的基本原理 | 第16页 |
| 1.6.2 电离辐射对DNA的作用 | 第16-17页 |
| 1.7 本文的研究内容 | 第17-18页 |
| 2 理论模型 | 第18-29页 |
| 2.1 分子动力学(Molecular Dynamics)模拟方法 | 第18-24页 |
| 2.1.1 力场与力场参数 | 第18-20页 |
| 2.1.2 计算每个原子的受力情况 | 第20-21页 |
| 2.1.3 核心程序(基于Intel Fortran编译器) | 第21-24页 |
| 2.2 算法 | 第24-25页 |
| 2.2.1 Verlet算法 | 第24页 |
| 2.2.2 蛙跳法[] | 第24-25页 |
| 2.3 相关计算参数 | 第25-29页 |
| 2.3.1 温度 | 第25-26页 |
| 2.3.2 速度自相关函数(Velocity autocorrelation function,VAF) | 第26-27页 |
| 2.3.3 傅里叶变换 | 第27-29页 |
| 3 计算结果和讨论 | 第29-46页 |
| 3.1 尿嘧啶分子的相关振动性质 | 第30-36页 |
| 3.1.1 尿嘧啶分子的分子动力学模拟 | 第30-34页 |
| 3.1.2 不同温度下尿嘧啶振动性质的比较 | 第34-35页 |
| 3.1.3 相同温度下尿嘧啶的振动比较 | 第35-36页 |
| 3.1.4 与FDH法计算出来的频率相比较,见表3.2 | 第36页 |
| 3.2 胸腺嘧啶的相关振动性质 | 第36-44页 |
| 3.2.1 胸腺嘧啶的分子动力学模拟 | 第36-38页 |
| 3.2.2 不同温度下胸腺嘧啶构型的变化 | 第38-39页 |
| 3.2.3 Gaussian计算了胸腺嘧啶的红外谱 | 第39-44页 |
| 3.3 尿嘧啶与胸腺嘧啶的振动规律对比 | 第44-46页 |
| 4 结论 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-49页 |
| 攻读硕士学位期间发表的论文 | 第49-50页 |
| 致谢 | 第50-52页 |
