| 目录 | 第4-7页 |
| 摘要 | 第7-9页 |
| ABSTRACT | 第9-10页 |
| 本文主要缩略词 | 第11-12页 |
| 第一部分 文献综述 | 第12-48页 |
| 第一章 棉花纤维发育研究进展 | 第12-32页 |
| 1 棉花纤维发育基本过程 | 第12-15页 |
| 1.1 棉花纤维发育的生理学研究 | 第13-15页 |
| 1.1.1 纤维发育起始期 | 第13-14页 |
| 1.1.2 纤维发育延伸期 | 第14页 |
| 1.1.3 纤维发育次生壁合成期 | 第14-15页 |
| 1.1.4 纤维发育成熟期 | 第15页 |
| 2 棉纤维与其它毛状体发育比较 | 第15页 |
| 3 与毛状体发育有关基因研究进展 | 第15-21页 |
| 4 与棉纤维发育相关基因及转录因子研究进展 | 第21-27页 |
| 4.1 转录因子与棉纤维发育 | 第21-23页 |
| 4.2 渗透压调节相关基因 | 第23页 |
| 4.3 细胞骨架相关基因 | 第23-24页 |
| 4.4 细胞壁松弛相关基因 | 第24页 |
| 4.5 纤维素合成相关基因 | 第24-27页 |
| 5 植物激素与纤维发育研究进展 | 第27-32页 |
| 5.1 生长素(IAA) | 第27-28页 |
| 5.2 赤霉素(GAs) | 第28-30页 |
| 5.3 油菜素内酯(BR) | 第30页 |
| 5.4 乙烯(ET) | 第30页 |
| 5.5 脱落酸(ABA) | 第30-31页 |
| 5.6 细胞分裂素(CK) | 第31-32页 |
| 第二章 转录组学研究进展 | 第32-38页 |
| 1 转录组学技术研究进展 | 第32-36页 |
| 1.1 基于测序的转录组学研究 | 第32-36页 |
| 1.1.1 测序技术的发展 | 第32页 |
| 1.1.2 Illumina测序种类 | 第32-36页 |
| 2 棉花转录组学研究进展 | 第36-38页 |
| 第三章 蛋白质组学研究进展 | 第38-48页 |
| 1 定量蛋白质组学技术研究进展 | 第38-45页 |
| 1.1 基于双向凝胶电泳及其染色的蛋白质组学定量技术 | 第38-40页 |
| 1.2 基于质谱的蛋白质组学定量技术 | 第40-45页 |
| 1.2.1 基于质谱的标记定量技术 | 第40-44页 |
| 1.2.2 基于质谱的非标记定量技术 | 第44-45页 |
| 2 棉花蛋白质组学研究进展 | 第45-47页 |
| 3 本研究的目的和意义 | 第47-48页 |
| 第二部分 研究报告 | 第48-127页 |
| 第四章 转录组研究 | 第48-97页 |
| 1 材料与方法 | 第48-54页 |
| 1.1 植物材料 | 第48页 |
| 1.2 试验方法 | 第48-51页 |
| 1.2.1 BT培养基的配制 | 第48-49页 |
| 1.2.2 棉花胚珠的组织培养 | 第49页 |
| 1.2.3 棉花RNA的提取 | 第49-50页 |
| 1.2.4 QRT-PCR分析 | 第50-51页 |
| 1.3 Illumina测序 | 第51-54页 |
| 1.3.1 实验样品准备 | 第51页 |
| 1.3.2 基因覆盖度统计 | 第51页 |
| 1.3.3 基因表达量 | 第51-52页 |
| 1.3.4 差异表达基因筛选 | 第52-53页 |
| 1.3.5 Gene Ontology功能显著性富集分析 | 第53页 |
| 1.3.6 Pathway显著性富集分析 | 第53-54页 |
| 2 结果与分析 | 第54-94页 |
| 2.1 测序结果 | 第54-55页 |
| 2.2 测序评估 | 第55-58页 |
| 2.2.1 测序质量评估 | 第55-56页 |
| 2.2.2 测序饱和度分析和随机统计性分析 | 第56-57页 |
| 2.2.3 基因覆盖度统计 | 第57-58页 |
| 2.3 差异表达基因的筛选 | 第58-62页 |
| 2.4 Gene Ontology显著性分析 | 第62-74页 |
| 2.4.1 IAA诱导下差异表达基因GO分析 | 第63页 |
| 2.4.2 GA_3诱导下差异表达基因GO分析 | 第63-64页 |
| 2.4.3 IAA+GA_3诱导下差异表达基因GO分析 | 第64-74页 |
| 2.5 Pathway显著性分析 | 第74-80页 |
| 2.5.1 IAA诱导下Pathway分析 | 第74-75页 |
| 2.5.2 GA_3诱导下Pathway分析 | 第75-76页 |
| 2.5.3 IAA+GA_3诱导下Pathway分析 | 第76-80页 |
| 2.6 细胞壁(cell wall) | 第80-81页 |
| 2.7 淀粉和蔗糖(starch and sucrose) | 第81-82页 |
| 2.8 转录因子(transcription factor) | 第82-84页 |
| 2.9 植物激素和信号转导(plant hormone and signaling tranduction) | 第84-90页 |
| 2.10 QRT-PCR分析验证 | 第90-94页 |
| 3 讨论 | 第94-96页 |
| 4 小结 | 第96-97页 |
| 第五章 蛋白质组研究 | 第97-122页 |
| 1 材料与方法 | 第97-100页 |
| 1.1 植物材料 | 第97页 |
| 1.2 试验方法 | 第97-100页 |
| 1.2.1 利用改良苯酚法提取棉花胚珠总蛋白 | 第97-98页 |
| 1.2.2 蛋白质浓度的测定 | 第98页 |
| 1.2.3 蛋白质溶解 | 第98页 |
| 1.2.4 iTRAQ标记 | 第98-99页 |
| 1.2.5 质谱分析及数据库检索 | 第99页 |
| 1.2.6 蛋白网络分析 | 第99-100页 |
| 2 结果与分析 | 第100-120页 |
| 2.1 iTRAQ质谱鉴定结果 | 第100-102页 |
| 2.2 Gene Ontology分析 | 第102-106页 |
| 2.3 Pathway分析 | 第106-113页 |
| 2.4 蛋白相互作用网络调节 | 第113-120页 |
| 3 讨论 | 第120-121页 |
| 3.1 细胞骨架蛋白(cytoskeleton protein) | 第120页 |
| 3.2 细胞色素(Cytochrome P450) | 第120页 |
| 3.3 蛋白激酶(Protein kinase) | 第120-121页 |
| 4 小结 | 第121-122页 |
| 第六章 转录组和蛋白质组关联性分析 | 第122-127页 |
| 1 材料和方法 | 第122页 |
| 1.1 试验材料 | 第122页 |
| 1.2 试验方法 | 第122页 |
| 2 结果和分析 | 第122-124页 |
| 2.1 mRNA水平和蛋白质水平的相关性 | 第122-124页 |
| 2.2 mRNA水平和蛋白水平上的代谢路径比较 | 第124页 |
| 3 讨论 | 第124-125页 |
| 4 小结 | 第125-127页 |
| 全文结论 | 第127-129页 |
| 参考文献 | 第129-146页 |
| 附录 | 第146-148页 |
| 致谢 | 第148页 |
