| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4-5页 |
| 英文缩略词 | 第6-9页 |
| 1 前言 | 第9-18页 |
| 1.1 兽用抗生素的使用现状 | 第9页 |
| 1.2 畜禽养殖环境中抗生素的残留现状 | 第9-10页 |
| 1.3 抗生素耐药基因 | 第10-15页 |
| 1.3.1 抗生素耐药基因的来源 | 第10-11页 |
| 1.3.2 抗生素耐药基因的耐药机制 | 第11-15页 |
| 1.4 ARGs在畜禽养殖环境中的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.5 环境微生物多样性 | 第16-17页 |
| 1.6 立题依据与意义 | 第17-18页 |
| 2 材料与方法 | 第18-28页 |
| 2.1 试验材料 | 第18-19页 |
| 2.1.1 主要试剂 | 第18页 |
| 2.1.2 主要仪器 | 第18页 |
| 2.1.3 主要溶液的配制 | 第18-19页 |
| 2.2 试验方法 | 第19-28页 |
| 2.2.1 样品采集 | 第19页 |
| 2.2.2 鸭场环境中抗生素耐药基因的定量检测与分析 | 第19-26页 |
| 2.2.2.1 水中DNA的提取 | 第19-20页 |
| 2.2.2.2 土壤和底泥中的DNA提取 | 第20-21页 |
| 2.2.2.3 普通PCR法检测耐药基因 | 第21-26页 |
| 2.2.2.4 荧光定量PCR检测耐药基因丰度 | 第26页 |
| 2.2.3 高通量测序 | 第26-28页 |
| 2.2.3.1 样品DNA的制备和检测 | 第26-27页 |
| 2.2.3.2 样品高通量测序前的准备工作 | 第27页 |
| 2.2.3.3 样品的高通量测序 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-59页 |
| 3.1 普通PCR的检测筛选 | 第28-29页 |
| 3.2 耐药基因测序结果 | 第29-31页 |
| 3.3 ARGs质粒浓度及拷贝数 | 第31-32页 |
| 3.4 ARGs荧光定量标准曲线 | 第32-34页 |
| 3.5 荧光定量结果 | 第34-43页 |
| 3.5.1 绝对定量结果 | 第34-35页 |
| 3.5.2 相对定量结果 | 第35-38页 |
| 3.5.3 季节对ARGs丰度的影响 | 第38-39页 |
| 3.5.4 耐药基因之间的相关性 | 第39-42页 |
| 3.5.5 耐药基因PCA分析 | 第42-43页 |
| 3.6 高通量测序实验结果 | 第43-57页 |
| 3.6.1 样品质量检测 | 第43页 |
| 3.6.2 测序结果分析 | 第43-57页 |
| 3.6.2.1 测序结果的初步统计 | 第43-44页 |
| 3.6.2.2 对测序数据的优化 | 第44-46页 |
| 3.6.2.3 Rank-Abundance曲线 | 第46页 |
| 3.6.2.4 物种多样性分析 | 第46-48页 |
| 3.6.2.5 群落结构分析 | 第48-56页 |
| 3.6.2.6 养殖环境中致病菌的变化 | 第56-57页 |
| 3.7 耐药基因与致病菌之间的关系 | 第57-59页 |
| 4 讨论 | 第59-63页 |
| 全文总结 | 第63-64页 |
| 致谢 | 第64-65页 |
| 参考文献 | 第65-71页 |
| 附录 | 第71-76页 |