| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-23页 |
| 1.1 引言 | 第11-12页 |
| 1.2 线粒体基因组扩增技术的发展 | 第12-17页 |
| 1.2.1 基于PCR的线粒体基因组扩增技术 | 第12-16页 |
| 1.2.1.1 PCR技术的起源和原理 | 第13页 |
| 1.2.1.2 The-long PCR of线粒体DNA | 第13-14页 |
| 1.2.1.3 多引物线粒体基因组PCR扩增 | 第14-16页 |
| 1.2.2 基于多重置换扩增技术(MDA)的线粒体基因组扩增方法 | 第16-17页 |
| 1.3 核酸测序技术的发展 | 第17-20页 |
| 1.3.1 第一代Sanger测序技术 | 第17-18页 |
| 1.3.2 第二代测序技术 | 第18-19页 |
| 1.3.2.1 Roche公司的454测序技术 | 第18页 |
| 1.3.2.2 Illumina公司的Solexa测序 | 第18-19页 |
| 1.3.2.3 ABI公司的SOLiD测序技术 | 第19页 |
| 1.3.3 第三代测序技术 | 第19-20页 |
| 1.4 K562细胞系研究 | 第20-21页 |
| 1.5 论文的主要研究内容 | 第21-23页 |
| 第二章 K562细胞的培养 | 第23-29页 |
| 2.1 引言 | 第23页 |
| 2.2 线粒体DNA检测研究的材料K562细胞的培养 | 第23-27页 |
| 2.2.1 K562细胞培养的材料与方法 | 第23-24页 |
| 2.2.1.1 实验细胞株 | 第23页 |
| 2.2.1.2 主要仪器 | 第23页 |
| 2.2.1.3 主要试剂 | 第23-24页 |
| 2.2.1.4 主要试剂的配制 | 第24页 |
| 2.2.2 K562细胞培养 | 第24-27页 |
| 2.2.2.1 细胞计数 | 第24-25页 |
| 2.2.2.2 K562细胞的收集 | 第25页 |
| 2.2.2.3 K562细胞的传代培养 | 第25-26页 |
| 2.2.2.4 K562细胞的冻存 | 第26页 |
| 2.2.2.5 K562细胞的复苏 | 第26-27页 |
| 2.3 本章小结 | 第27-29页 |
| 第三章 利用多种核酸扩增技术获得线粒体基因组 | 第29-57页 |
| 3.1 引言 | 第29页 |
| 3.2 基于PCR的K562细胞线粒体基因组的获取 | 第29-47页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第30-34页 |
| 3.2.1.1 实验仪器设备 | 第30页 |
| 3.2.1.2 实验试剂及耗材 | 第30-31页 |
| 3.2.1.3 实验相关试剂配制 | 第31页 |
| 3.2.1.4 基于PCR扩增方法获取线粒体基因组所用的引物 | 第31-34页 |
| 3.2.2 实验方法 | 第34-38页 |
| 3.2.2.1 K562细胞系全基因组DNA提取 | 第35-36页 |
| 3.2.2.2 对提取的K562细胞全基因组进行定量 | 第36-37页 |
| 3.2.2.3 对提取的K562细胞全基因组进行琼脂糖凝胶电泳检测 | 第37-38页 |
| 3.2.2.4 对定量后的K562细胞全基因组进行线粒体基因组扩增 | 第38页 |
| 3.2.2.5 扩增后的线粒体DNA分子产物片段进行琼脂糖凝胶电泳检测 | 第38页 |
| 3.2.3 实验结果与分析 | 第38-44页 |
| 3.2.3.1 K562细胞全基因组DNA提取琼脂糖凝胶电泳定性结果 | 第38-39页 |
| 3.2.3.2 K562细胞全基因组DNA提取的定量结果 | 第39-40页 |
| 3.2.3.3 45对线粒体引物扩增产物的琼脂糖凝胶电泳图谱结果 | 第40-44页 |
| 3.2.4 K562细胞线粒体基因组DNA分子扩增产物测序与拼接 | 第44-47页 |
| 3.2.4.1 K562细胞线粒体基因组DNA分子PCR扩增产物进行一代测序 | 第44-45页 |
| 3.2.4.2 测序结果进行序列比对 | 第45-46页 |
| 3.2.4.3 序列比对结果进行拼接 | 第46-47页 |
| 3.3 基于多重置换扩增技术的K562细胞线粒体基因组等温扩增 | 第47-54页 |
| 3.3.1 K562细胞线粒体基因组等温扩增 | 第47-49页 |
| 3.3.1.1 全基因组等温扩增试验方法 | 第47-48页 |
| 3.3.1.2 琼脂糖凝胶电泳定性检测和Qubit 2.0定量检测 | 第48页 |
| 3.3.1.3 对扩增后的产物进行线粒体DNA普通PCR检测 | 第48-49页 |
| 3.3.1.4 对PCR产物进行琼脂糖凝胶电泳检测 | 第49页 |
| 3.3.2 实验结果 | 第49-51页 |
| 3.3.2.1 线粒体基因组等温扩增产物琼脂糖凝胶电泳 | 第49-50页 |
| 3.3.2.2 线粒体基因组扩增产物的Qubit定量 | 第50-51页 |
| 3.3.2.3 线粒体基因组扩增后普通PCR(线粒体DNA引物)扩增产物电泳图谱 | 第51页 |
| 3.3.3 基于稀释样本的REPLI-mt kit验证 | 第51-54页 |
| 3.3.3.1 实验方法 | 第51-52页 |
| 3.3.3.2 实验结果 | 第52-54页 |
| 3.3.3.3 实验结果分析 | 第54页 |
| 3.3.4 对K562细胞线粒体基因组样本进行二代测序 | 第54页 |
| 3.4 本章小结 | 第54-57页 |
| 第四章 K562细胞线粒体基因组测序结果分析 | 第57-69页 |
| 4.1 引言 | 第57页 |
| 4.2 一代测序数据的比对、拼接 | 第57-62页 |
| 4.2.1 K562细胞线粒体基因组一代测序数据比对分析 | 第57-59页 |
| 4.2.2 K562细胞线粒体基因组一代测序数据拼接 | 第59-62页 |
| 4.3 一代测序数据SNP位点分析 | 第62-66页 |
| 4.3.1 编码区的SNP位点 | 第62-65页 |
| 4.3.1.1 错义突变 | 第63-65页 |
| 4.3.1.2 同义突变 | 第65页 |
| 4.3.2 非编码区的SNP位点 | 第65-66页 |
| 4.4 Illumina二代测序数据分析 | 第66-68页 |
| 4.4.1 两种不同方法获得的线粒体基因组进行二代测序后比对情况分析 | 第66-67页 |
| 4.4.2 利用二代测序数据对一代测序数据中异议的单碱基位点进行分析 | 第67-68页 |
| 4.5 本章小结 | 第68-69页 |
| 第五章 总结与展望 | 第69-71页 |
| 5.1 研究总结 | 第69页 |
| 5.2 工作展望 | 第69-71页 |
| 参考文献 | 第71-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 附录 | 第78-86页 |
| 攻读硕士学位期间科研成果 | 第86页 |
