| 摘要 | 第8-9页 |
| Abstract | 第9页 |
| 缩略词 | 第10-11页 |
| 第一部分: 宏分类组学分析秃鹫肠道菌群 | 第11-41页 |
| 前言 | 第11-14页 |
| 材料方法 | 第14-21页 |
| 2.1 材料 | 第14-16页 |
| 2.1.1 实验动物、样本、菌株 | 第14页 |
| 2.1.2 引物合成 | 第14-15页 |
| 2.1.3 主要试剂及商品化试剂盒 | 第15页 |
| 2.1.4 主要溶液的配制 | 第15-16页 |
| 2.1.5 主要仪器 | 第16页 |
| 2.2 肠道菌群分析 | 第16-19页 |
| 2.2.1 秃鹫样本采集与物种鉴定 | 第16-17页 |
| 2.2.2 PacBio三代高通量测序 | 第17页 |
| 2.2.3 Illumina Miseq二代高通量测序 | 第17-18页 |
| 2.2.4 利用ARB软件数据分析 | 第18页 |
| 2.2.5 二代、三代测序平台比较 | 第18-19页 |
| 2.2.6 旧大陆秃鹫与新大陆秃鹫肠道微生物结构比较 | 第19页 |
| 2.3 产气荚膜梭菌的研究 | 第19-21页 |
| 2.3.1 产气荚膜梭菌分离与鉴定 | 第19-20页 |
| 2.3.2 产气荚膜梭菌MLST分析 | 第20页 |
| 2.3.3 产气荚膜梭菌遗传多样性与致病性分析 | 第20-21页 |
| 结果 | 第21-38页 |
| 3.1 秃鹫物种鉴定 | 第21页 |
| 3.2 秃鹫肠道菌群结构分析 | 第21-30页 |
| 3.2.1 数据过滤与初步聚类结果 | 第21-24页 |
| 3.2.2 PacBio分析秃鹫细菌多样性 | 第24-30页 |
| 3.3 PacBio与Illumina平台比较 | 第30-32页 |
| 3.3.1 错误率比较 | 第30-31页 |
| 3.3.2 物种检测深度和准确性比较 | 第31-32页 |
| 3.4 使用宏分类组学分析和比较新、旧大陆秃鹫菌群结构 | 第32-33页 |
| 3.5 产气荚膜梭菌分离鉴定与分析 | 第33-38页 |
| 3.5.1 产气荚膜梭菌的MLST分析 | 第33-36页 |
| 3.5.2 毒素基因检测 | 第36页 |
| 3.5.3 产气荚膜梭菌遗传多样性与致病性分析 | 第36-38页 |
| 讨论 | 第38-41页 |
| 第二部分: 分离和命名放线菌属新种 | 第41-71页 |
| 前言 | 第41-42页 |
| 材料方法 | 第42-47页 |
| 2.1 材料 | 第42-43页 |
| 2.1.1 样本、菌株 | 第42页 |
| 2.1.2 引物合成 | 第42页 |
| 2.1.3 主要试剂及商品化试剂盒 | 第42页 |
| 2.1.4 主要溶液的配制 | 第42-43页 |
| 2.1.5 主要仪器 | 第43页 |
| 2.2 细菌新种的发现 | 第43-47页 |
| 2.2.1 放线菌新种的分离鉴定 | 第43页 |
| 2.2.2 放线菌新种基本特征 | 第43页 |
| 2.2.3 细菌新种生化试验 | 第43-44页 |
| 2.2.4 细菌新种化学分类特征 | 第44-45页 |
| 2.2.5 16S rRNA基因系统进化分析 | 第45页 |
| 2.2.6 基因组分析 | 第45-47页 |
| 结果 | 第47-69页 |
| 3.1 发现和命名秃鹫放线菌(A.vulturis) | 第47-57页 |
| 3.1.1 基本特征 | 第47页 |
| 3.1.2 生化结果 | 第47-51页 |
| 3.1.3 化学分类特征 | 第51-53页 |
| 3.1.4 16S rRNA基因分析 | 第53-55页 |
| 3.1.5 基因组分析 | 第55-57页 |
| 3.2 发现和命名刘秉阳放线菌(A.liubingyangii)和待命名新种(Actinomyces sp. VUL4_3~T) | 第57-64页 |
| 3.2.1 基本特征 | 第58页 |
| 3.2.2 生化结果 | 第58-60页 |
| 3.2.3 化学分类特征 | 第60-62页 |
| 3.2.4 16S rRNA基因分析 | 第62-63页 |
| 3.2.5 基因组分析 | 第63-64页 |
| 3.3 发现和命名高守一放线菌(A. gaoshouyii) | 第64-69页 |
| 3.3.1 基本特征 | 第64-65页 |
| 3.3.2 生化结果 | 第65页 |
| 3.3.3 化学分类特征 | 第65-67页 |
| 3.3.4 16S rRNA基因分析 | 第67页 |
| 3.3.5 基因组分析 | 第67-69页 |
| 讨论 | 第69-71页 |
| 小结 | 第71-72页 |
| 附表 | 第72-97页 |
| 参考文献 | 第97-105页 |
| 综述 | 第105-109页 |
| 参考文献 | 第107-109页 |
| 博士期间发表论文 | 第109-110页 |
| 附件 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111页 |
